Alternance - Master en Microbiologie - Biologie Moléculaire H/F - Ifremer

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.

Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.

www.ifremer.frDate limite de candidature : 16/05/2025.

Qui sommes-nous ?

L'Ifremer, établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), est l'institut français de référence en matière de sciences et technologies marines. Avec plus de 1500 collaborateurs et un budget annuel de 240 M€, l'Ifremer oeuvre à mieux comprendre les écosystèmes marins, évaluer les impacts des activités humaines sur l'océan et innover pour un usage durable de ses ressources.

Notre mission repose sur trois piliers :
- La recherche scientifique (océanographie, pêche durable, aquaculture, géosciences, etc.)
- L'expertise pour les politiques publiques (évaluation de stocks halieutiques, sécurité sanitaire, etc.)
- L'innovation pour répondre aux défis environnementaux.
- Rejoindre l'Ifremer, c'est contribuer à un océan mieux compris, mieux protégé, et allié du bien-vivre sur la planète.

L'Institut et la structure d'accueil :
- Département : Ressources Biologiques et Environnement
- Unité : MASAE (Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement)
- Laboratoire : EM3B (Écosystèmes Microbiens et Molécules Marines pour les Biotechnologies)

L'unité MASAE s'intéresse aux écosystèmes microbiens et aux microorganismes marins (virus et bactéries) à travers trois axes :
- Dynamique des écosystèmes microbiens littoraux ou associés aux produits de la mer
- Impact des écosystèmes microbiens sur la qualité et la sécurité sanitaire des aliments d'origine marine
- Valorisation des bactéries marines dans les secteurs de l'agro-alimentaire, de la santé humaine et du bien-être

Au sein du laboratoire EM3B (environ 20 personnes), l'alternant.e participera aux travaux de recherche sur les microbiotes de produits de la mer et sur le développement de stratégies naturelles de biopréservation.

Quelle sera votre mission ?

Sous la responsabilité de la responsable du laboratoire EM3B et encadré.e scientifiquement par Delphine Passerini, vous contribuerez à l'étude des communautés bactériennes des produits de la mer et au développement d'outils moléculaires pour mieux comprendre et utiliser ces microbiotes.

Vos missions principales :
- Participer aux expérimentations de microbiologie et de biologie moléculaire pour l'étude du microbiote des produits de la mer.
- Assurer la qualification, le traitement et l'exploitation des données issues de ces analyses.

Vos activités quotidiennes :
- Réaliser des challenges-tests en microbiologie classique en présence de bactéries pathogènes
- Suivre la dynamique des microbiotes d'échantillons par :
- Extraction d'ADN
- Séquençage de type metabarcoding 16S
- QPCR
- Traiter les données de séquençage à l'aide de pipelines bioinformatiques disponibles à l'Ifremer
- Développer des outils moléculaires (construction de souches recombinantes, expression de gènes rapporteurs fluorescents, délétion de gènes)
- Rédiger des protocoles et des comptes rendus

Environnement relationnel :

En interne : Collaboration étroite avec les membres du laboratoire EM3B, de l'unité MASAE et du service de bioinformatique SeBiMer.

En externe : Interactions possibles avec des partenaires selon les projets en cours.

Formation :

Vous préparez un Master en alternance sur deux ans en Microbiologie et/ou Biologie Moléculaire.

Compétences techniques :
- Biologie moléculaire : extraction d'ADN/ARN, PCR, qPCR, RT-qPCR, metabarcoding, clonage, transformation bactérienne, électroporation
- Microbiologie : culture bactérienne, gestion des souches et ressources génétiques (LIMS - Labcollector)
- Bioanalyse : utilisation d'outils bioinformatiques pour l'analyse et la comparaison de séquences, réalisation d'arbres phylogénétiques
- Rédaction scientifique et tenue d'un cahier de laboratoire électronique

Qualités personnelles :
- Rigueur
- Organisation
- Curiosité scientifique
- Esprit d'équipe

Expérience :

Une première expérience en laboratoire (stage ou projet tutoré) sera appréciée.