Bioinformaticienne - Bio-Informaticienne H/F - Inrae Paca Sophia Antipolis

Bioinformaticien.ne (CDD)
Développement d'un pipeline de metabarcoding et analyse comparative short/long reads

Environnement de travail, missions et activités
Dans le cadre d'un projet de recherche portant sur la biodiversité environnementale, le plateau de Bioinformatique et Génomique (BIG) de l'unité Institut Sophia Agrobiotech (ISA) recrute un-e bioinformaticien-ne pour concevoir et mettre en oeuvre un pipeline d'analyse en metabarcoding. Le projet vise à comparer les performances de lectures courtes (Illumina) et longues (PacBio) sur les mêmes échantillons environnementaux ainsi qu'analyser les résultats obtenus.

Missions principales :
1. Concevoir, développer et documenter un pipeline bioinformatique reproductible pour le traitement des données de metabarcoding (démultiplexage, contrôle qualité, assemblage, clustering/ASV, assignation taxonomique).
2. Adapter les étapes d'analyse aux spécificités des short reads et long reads, avec comparaison des performances (diversité alpha/bêta, résolutions taxonomiques, erreurs, etc.).
3. Effectuer des analyses statistiques et visuelles des résultats (diversité, composition, abondances, clustering).
4. Interpréter des résultats en lien avec les partenaires du projet.
5. Rédiger des rapports et de la documentation.
6. Contribuer à la valorisation scientifique (publications, présentations).

Formation et compétences recherchées
- Formation : Master 2, doctorat ou expérience équivalente en bioinformatique.
- Expérience en analyse de données de séquençage haut débit, idéalement en métabarcoding (16S, ITS, COI, etc.).
- Connaissance des outils bioinformatiques standards du domaine : DADA2, QIIME2, etc.
- Compétences en analyse statistique et visualisation (R, ggplot2, phyloseq...).
- Maîtrise d'un ou plusieurs langages de scripting (Python, R, Bash).
- Bonne connaissance des environnements Linux, des outils de gestion de versions (Git), et des workflows (Snakemake, Nextflow, etc.).
- Capacité à travailler de façon autonome.
- Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire et à documenter les analyses.
- Rigueur, sens de l'organisation et goût pour le travail reproductible.

Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :
- Jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- D'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- De dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- D'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- De prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- D'activités sportives et culturelles ;
- D'une restauration collective.

Experience : 12 Mois

Compétences : Analyse de données expérimentales, Langages de programmation informatique, Méthodes de clustering et classification, Actualiser régulièrement ses connaissances, Analyser des résultats d'exploitation bio-informatiques, Collaborer avec des équipes internationales sur des projets de recherche, Collecter et analyser des données, des informations, Communiquer des résultats de recherche à des non-spécialistes, Créer une documentation technique, Favoriser un environnement de travail collaboratif, Préparer et animer une réunion, un groupe de travail, un atelier, Relayer de l'information, Rendre compte de son activité, Respecter les normes de confidentialité des données génétiques, Travailler en groupe, en réseau

Langues : Anglais exigé, Français exigé

Qualification : Cadre

Secteur d'activité : Recherche-développement en autres sciences physiques et naturelles

Liste des qualités professionnelles :
Faire preuve de curiosité : Capacité à aller chercher au-delà de ce qui est donné à voir, à s'ouvrir sur la nouveauté et à investiguer pour comprendre et agir de façon appropriée.
Faire preuve de rigueur et de précision : Capacité à réaliser des tâches en suivant avec exactitude les règles, les procédures, les instructions qui ont été fournies, sans réaliser d'erreur et à transmettre clairement des informations. Se montrer ponctuel et respectueux des règles de savoir-vivre usuelles.
Prendre des initiatives et être force de proposition : Capacité à initier, imaginer des propositions nouvelles pour résoudre les problèmes identifiés ou améliorer une situation. Être proactif.