Post-Doctorat en Écologie Microbienne - Écotoxicologie H/F - Ifremer

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.

Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.

www.ifremer.frDate de clôture de réception de candidatures : 17/06/2025

Au sein de l'IFREMER, l'Institut National des Sciences Océaniques, référence internationale de la recherche scientifique marine, l'Unité de Recherche Contamination Chimique des Ecosystèmes Marins (CCEM - https://ccem.ifremer.fr/en) mène des recherches sur la caractérisation de l'exposome chimique océanique et son impact sur les espèces marines. Ses objectifs sont d'améliorer notre compréhension de la dynamique des contaminants chimiques dans le milieu marin, d'explorer leurs sources et leurs transferts vers et au sein des organismes marins, leurs effets biologiques, et d'appuyer la mise en oeuvre de politiques environnementales sur la surveillance et l'évaluation de la qualité du milieu marin. Le CCEM est situé à Nantes au Centre Atlantique de l'Ifremer et est rattaché à la Direction des Ressources Biologiques et de l'Environnement (RBE).

Principales activités et responsabilités

L'activité de recherche sera menée dans le cadre du projet Horizon Europe CONTRAST (https://www.contrastproject.eu/). L'ambition de CONTRAST est de développer des solutions pour surveiller l'impact des contaminants chimiques émergents sur les océans. Plus précisément, les objectifs du post-doctorat sont de 1) cartographier les niveaux et les profils de contamination chimique dans les sédiments de surface côtiers européens, 2) évaluer si et comment les contaminants chimiques façonnent la biodiversité taxonomique et fonctionnelle des micro-organismes, et 3) identifier si des communautés spécifiques de micro-organismes peuvent être associées à la contamination afin de suggérer de potentiels bioindicateurs de contamination locale ou régionale à travers l'Europe.

Ce travail s'appuiera sur 2 études
- Observation sur le terrain. Des échantillons de sédiments ont été collectés dans le cadre d'une expédition pan-européenne unique, en 2023 et 2024 (TREC - https://www.embl.org/about/info/trec/). Les contaminants chimiques (historiques et CECs) sont analysés par les partenaires de CONTRAST dans une sélection d'échantillons. La biodiversité des micro-organismes (metabarcoding de l'ADNe) sera analysée dans le cadre du projet BIOcean5D. Vous serez responsable de l'analyse biostatistique approfondie de ces résultats. Vous superviserez également la collecte des données et vous vous assurerez que les données seront mises à disposition dans des bases de données publiques, le projet est en effet engagé dans une stratégie de données ouvertes.
- Expériences en laboratoire. Les changements dans les communautés microbiennes seront évalués dans les sédiments dopés en CEC i) Vous contribuerez à la conception de l'expérience et mènera l'expérience, ii) Vous coordonnerez les analyses des échantillons, par exemple, l'analyse des contaminants, le metabarcoding de l'ADNe et la caractérisation supplémentaire de la diversité qui pourrait être effectuée en collaboration (encore à déterminer) et participerez à certaines analyses selon votre expertise, iii) Vous serez responsable de l'analyse biostatistique approfondie de ces résultats.
- RBE/CCEM, ODE/DYNECO-PELAGOS, REM/ BEEP-LEP, IRSI/SeBIMer
- Les partenaires du projet CONTRAST, en particulier ceux impliqués dans l'analyse des contaminants et de la biodiversité dans le cadre d'expériences expérimentales.
- Consortium TREC
- Consortium BIOOCEAN5D (EMBL- UE ; IOPAN -Pologne ; Univ. Copenhague (DK)

La carte de contamination (objectif 1) sera basée sur l'observation de terrain (échantillonnage TREC) et fournira une évaluation spatiale de l'occurrence et des niveaux de contaminants.

La relation entre contamination et biodiversité (objectifs 2 et 3) sera évaluée sur la base d'observations de terrain et expérimentales et pourrait permettre d'identifier des espèces ou des fonctions sensibles à la contamination chimique.

Environnement de travail collaboratif
- La relation de collaboration interne comprendra au moins :
- La relation de collaboration externe comprendra au moins :

Formation et expérience requises
- Doctorat en écologie microbienne/écotoxicologie ou une thématique connexe (thèse obtenue depuis 3 ans maximum)

Connaissances, compétences et caractéristiques requise
- Connaissances, compétences et aptitudes
- Compétence étendue avérée dans la production de données et l'analyse statistique d'au moins un type de données : contaminant ou metabarcoding de l'ADNe
- Excellentes compétences en codage R
- Expérience de la conception et de la réalisation d'expériences d'exposition
- Expérience dans l'élaboration d'indicateurs

Compétences en communication
- Excellentes compétences en rédaction scientifique
- Capacité avérée à présenter des résultats de manière efficace et synthétique
- Intérêt pour les projets collaboratifs (partenaires internationaux)
- Maîtrise de l'anglais (oral et écrit) et compétences efficaces en communication

Compétences interpersonnelles
- Solides compétences organisationnelles et esprit critique
- Rigueur professionnelle et autonomie
- Bonne capacité à travailler en équipe