Ingénieur de Recherche Bio-Informaticien en Génomique Comparative Réf. Scsi15 H/F - Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche

Fonctions : Ingénieur-e de recherche bio-informaticien en génomique comparative
Catégorie : A
Corps : IGR
BAP : A
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données - A1A41

CDD de 18 mois.

Poste à pourvoir à compter du 1er septembre 2025.

Mission et positionnement dans l'organisation :

La Plateforme de bioinformatique ABIMS de la Station biologique de Roscoff, en collaboration avec l'équipe Diseem (Dispersion, spéciation et évolution des espèces marines) de l'unité de recherche UMR 7144, ouvre un contrat de 18 mois d'ingénieur de recherche en génomique comparative et évolutive.

L'absence d'attirance sexuelle entre populations distinctes est un puissant moteur de spéciation. L'ANR SEXISOL (porteur Thomas Broquet) vise à comprendre comment ces mécanismes d'isolement sexuel évoluent, en testant l'hypothèse selon laquelle la sélection sexuelle divergente en est à l'origine, et en explorant le rôle des chromosomes sexuels et des remaniements chromosomiques dans cette évolution.

Activités principales :

Le/la candidat·e aura pour objectif d'analyser des données de séquençage de génomes provenant d'un complexe de cinq isopodes marins (Jaera albifrons) qui serviront ensuite à l'étude des mécanismes de l'évolution de l'isolement sexuel dans ce groupe d'organismes au sein du consortium de l'ANR sexisol.

La personne recrutée sera chargée de l'assemblage au niveau haplotypique, ainsi que de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes des quatre espèces européennes du complexe Jaera albifrons. Les données à traiter seront issues en particulier d'une stratégie de séquençage en trio qui se compose de données de type long-reads HiFi pour plusieurs individus barcodés individuellement et de données short-reads pour leurs parents, dans le but d'identifier et assembler séparément les haplotypes parentaux transmis par la mère et le père. Ces données seront obtenues pour plusieurs individus de plusieurs familles (trios) de 1 à 4 espèces différentes. Pour en faciliter l'assemblage, ces données seront éventuellement à combiner avec des cartes de liaison obtenues précédemment avec des marqueurs dd-RAD seq. La personne recrutée sera également amenée à prendre en charge des assemblages de transcriptomes individuels pour ce même groupe d'espèces.

Conduite de projets : Non

Encadrement : Non

Connaissances :
- Connaissances théorique en génétique et biologie moléculaire
- Connaissances théorique en Génomique comparée
- Interprétation et mise en forme des résultats obtenus (publication)
- Maîtrise des langages de programmation (Bash, Python, R), des outils de gestion de code et d'environnements logiciels (Gitlab, Conda, cluster de calcul de type HPC, etc.), ainsi que des outils d'interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (moteur de workflows)

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Compétences métiers :
- Compétences en l'analyse de données DNA-seq et RNA-seq.
- Compétences en assemblage de novo de haute qualité de génomes d'eucaryotes (données HiFi PacBio, Short reads, cartes de liaison RADseq)
- Compétences en annotation structurale et fonctionnelle de génomes eucaryotes
- Compétences en analyses phylogénétiques et évolutives de familles de gènes

Compétences relationnelles :
- Compétences linguistiques : très bon niveau d'anglais et compétences en communication
- Capacité à travailler de manière autonome, à communiquer et à travailler en équipe
- Le/la candidat-e doit être très motivé-e, curieux/curieuse et enthousiaste à l'idée de travailler dans une équipe collaborative, avec des échanges étroits avec les bio-informaticiens et analystes d'ABiMS et les équipes de recherche de l'ANR Sexisol (en particulier en soutien aux doctorants / post-doctorants du consortium).