Contrat Doctoral Biologie Intégrative des Organismes Photosynthétiques et des Micro-Organismes Associés H/F - CNRS

Résumé du projet
Le phytoplancton est à la base des écosystèmes marins, et le zooplancton qui le broute est le lien avec les niveaux trophiques supérieurs. Notre compréhension des écosystèmes marins a été révolutionnée par la découverte que, en moyenne, il y a plus de 10 millions de virus par ml d'eau de mer côtière, dont on estime qu'ils tuent chaque jour, en poids, ~20% de la vie dans les océans. Les virus ont donc un impact énorme sur la composition des communautés, les réseaux alimentaires marins et le cycle des nutriments (Suttle 2005, 2007).
Ce projet représente une opportunité unique de réunir deux groupes aux expertises différentes mais complémentaires pour étudier l'interaction de deux composants clés des écosystèmes marins avec les virus qui les infectent : le phytoplancton et le zooplancton. Les objectifs généraux du projet sont (i) d'identifier les virus liés à des groupes de plancton clés, les membres du genre Micromonas, l'un des producteurs primaires les plus répandus et les plus importants dans les océans du monde, et le zooplancton crustacé ; et (ii) de mesurer la dynamique spatiale/temporelle de l'infection virale de ces planctons clés.
Ce doctorat, accueilli à l'Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer, France, se concentrera sur la coévolution phytoplancton-virus et la dynamique écologique. Les objectifs spécifiques sont les suivants
1) Elucider la dynamique coévolutive des Micromonas pendant l'infection par les prasinovirus et découvrir les variations génomiques et phénotypiques associées à la coévolution hôte-virus.
2) Mettre en oeuvre un effort exhaustif de découverte des virus infectant les Micromonas et de suivi de la dynamique écologique sur le terrain à partir d'ensembles de données méta'omiques.
3) Développer des modèles mathématiques décrivant la dynamique éco-évolutive de l'infection virale du plancton et l'intégration des mesures expérimentales des caractéristiques des virus pour déduire la dynamique hôte-virus in situ.

Profil du candidat
Nous recherchons un étudiant très motivé et prêt à s'engager dans un projet multidisciplinaire, combinant des compétences informatiques de haut niveau en bio-informatique (détection de variants, assemblage de génomes, génomique comparative, méta'omique) et en modélisation (système dynamique, modélisation mécaniste et hybride, inférence bayésienne), ainsi que des approches de laboratoire (cytométrie de flux, biologie moléculaire, échantillonnage sur le terrain, culture microbienne, phénotypage de virus). Nous recherchons également un candidat capable de travailler de manière autonome et qui possède d'excellentes capacités de communication et de rédaction pour travailler efficacement dans le cadre de cette collaboration internationale.

Contexte de travail
Ce contrat doctoral et les frais de mobilité sont financés par le Centre National de la Recherche Scientifique de l'Université de la Colombie Britannique (CNRS-UBC), Programme de Collaboration France-Canada 2025. Les laboratoires partenaires sont : LBBM (CNRS : Laboratoire de Biotechnologie Microbienne et Biodiversité) et les équipes Curtis Suttle (UBC). L'étudiant sera inscrit à l'école doctorale 277 "Sciences de la nature et de l'homme : Evolution et Ecologie" de Sorbonne Université et du Muséum National d'Histoire Naturelle.
Supervision and mentorship :
Le doctorat CNRS sera supervisé par Marcelino Suzuki (écologie microbienne-bioinformatique), co-supervisé par Sheree Yau et David Demory (expertise en génomique et modélisation des virus du phytoplancton, respectivement). Les doctorants bénéficieront d'un encadrement collaboratif de la part du laboratoire Suttle. Ils seront également formés à de nouvelles techniques (c'est-à-dire HCR-FISH, MoRS, modélisation - Choi et al. 2018 ; Zhong et al. 2023 ; Demory et al. 2024).