Bio Informaticien H/F - Institut Gustave Roussy

L'espoir de guérir le cancer a un nom, Gustave Roussy.

Premier centre européen de lutte contre le cancer et classé au troisième rang mondial des hôpitaux en cancérologie, Gustave Roussy est un institut de soins, de recherche et d'enseignement, qui prend en charge des patients atteints de tout type de cancer, à tout âge de la vie. Son expertise des cancers rares et des tumeurs complexes est internationalement reconnue.

Gustave Roussy est un établissement de santé privé d'intérêt collectif (ESPIC) participant au service public hospitalier, qui réunit excellences médicale, scientifique et technologique au service du traitement des patients. Ses 3200 professionnels et experts regroupés sur les sites de Villejuif et de Chevilly-Larue se mobilisent pour porter l'ambition de guérir le cancer au 21e siècle.

Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l'insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures reçues sont étudiées à compétences égales.Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, recrute un.e Bioinformaticien.ne ou Biologiste computationnel.le pour rejoindre l'Unité de Recherche 1015, dirigée par le Dr L. ZITVOGEL, au sein de l'équipe de Florent GINHOUX travaillant sur le projet "Cibler l'hétérogénéité des cellules myéloïdes dans le cancer". Le poste est proposé sous contrat à durée déterminée de 12 mois, avec possibilité de prolongation de 6 mois.
En tant qu'employé.e à temps plein dans le laboratoire de Ginhoux, la personne recrutée développera des pipelines bioinformatiques pour des données de transcriptomique et de protéomique spatiale (ex. : MERSCOPE, Visium HD, Xenium, MACSima), fournira des analyses standards et personnalisées, et assurera des formations bioinformatiques pour les membres du laboratoire. Une expérience dans le traitement de fichiers FASTQ bruts est indispensable. La maîtrise de la programmation en R et/ou Python, ainsi qu'une bonne connaissance d'un autre langage (Perl, Julia, Matlab ou Java), est requise. Une expérience en apprentissage automatique et/ou deep learning serait un plus.
Le projet porte sur quatre types de cancers très agressifs, pour lesquels il n'existe à ce jour aucun traitement curatif. Ce projet est mené en collaboration avec un groupe pharmaceutique, offrant au.à la candidat.e l'opportunité d'évoluer à l'interface entre Gustave Roussy et un environnement industriel. Ensemble, l'objectif est de développer des approches innovantes d'analyse pour identifier les cibles thérapeutiques et les traitements de demain.

Qualifications requises
Master en bioinformatique / biologie computationnelle ou dans un domaine connexe avec au moins 1 an d'expérience, ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe.
Maîtrise de Unix, R, et bonne connaissance d'un langage de programmation couramment utilisé tel que Python.
Bonnes connaissances en immunologie.

Compétences et qualifications complémentaires
Maîtrise de la programmation shell sous Linux, du calcul haute performance et des systèmes de gestion de workflow comme Snakemake ou Nextflow.
Excellentes compétences en communication écrite et orale, capacité à documenter les méthodes et résultats de façon claire, pour des tutoriels ou publications.
Capacité à interagir efficacement avec une diversité de collaborateurs : étudiants, post-doctorants, chercheurs et personnel technique.