Ingénieur·e en Traitement de Données Génomiques et Épigénomiques H/F - INRAE

Vous intégrerez l'unité PHIM qui déploie des recherches sur la santé des végétaux (>200 agents, 16 équipes). Vous exercerez l'essentiel de vos activités dans les équipes BLAST (40 %) et DefensiRNA (40 %) dont les projets ont pour coeur les approches de pangénomique et d'épigénomique pour décrypter l'évolution des communications inter-règnes et fournir des outils de diagnostic. BLAST étudie les bases génomiques et l'évolution des interactions plantes / champignons et champignons / bactéries. DefensiRNA étudie le rôle des sARN dans les communications virus / vecteurs / plantes. Les approches Omiques s'intensifiant dans PHIM, 10% de votre activité sera consacrée à l'animation collaborative bioinformatique de l'unité et aux activités de la plateforme locale inter-unités SouthGreen. Vous transférerez votre expertise à plus large échelle en dédiant 10% de votre temps au CATI BARIC d'INRAE qui assure le partage des compétences en (épi)génomique des plantes et des bioagresseurs.
Vous mettrez en oeuvre et déploierez des outils et méthodes de traitement et d'analyse automatisés, combinés et intégratifs de différents types de données Omiques pour deux équipes de l'unité PHIM qui travaillent sur les dialogues moléculaires régissant les interactions inter-règnes plantes/pathogènes/vecteurs. Ces outils serviront à (i) exploiter l'information pangénomique générée à l'échelle d'une espèce donnée, (ii) prédire de façon experte les éléments (épi)génomiques impliqués dans les dialogues inter-règnes, et (iii) prédire les réseaux d'interaction dans lesquels ces éléments (épi)génomiques sont impliqués. Vous assurerez la veille technologique et l'actualisation des outils, méthodes et pratiques déployés, et leur transfert vers les collègues de PHIM (via le collectif bioinformatique de l'unité), d'autres unités montpelliéraines (via la plateforme SouthGreen) et d'INRAE (via le CATI BARIC). Vous vous formerez régulièrement pour importer et ajuster les outils et méthodes appropriés et les implémenter dans des procédures automatisées, optimisées et génériques, et rédigerez les protocoles d'utilisation. Vous aurez un rôle de conseil sur le choix de méthodologies lors de l'élaboration des projets scientifiques et dans leur mise en oeuvre. Vous sécuriserez et pérenniserez les procédures, protocoles et données pour en assurer la totale traçabilité. Vous élaborerez les plans de gestion des données permettant leur mise en accès selon les principes FAIR de science ouverte.

Ce poste de niveau Ingénieur d'études (catégorie A) est à pourvoir par voie de mobilité interne ou de détachement.

Les compétences bioinformatiques indispensables sont une connaissance poussée des problématiques d'analyse de données Omiques massives (échantillonnages, variabilité) ; la maîtrise des langages et outils Python, R, Rshiny, git, Singularity, Snakemake ; la maîtrise des systèmes d'exploitation Linux, architectures client/serveur, infrastructures de calcul et techniques d'optimisation.
Des compétences sont requises pour dialoguer avec des interlocuteurs variés parfois non francophones (anglais niveau 2) et pour transmettre son savoir-faire de façon adaptée et didactique.
Une formation en analyse de données de séquençage haut débit (Illumina, Nanopore, PacBio) pour la génomique, l'épigénomique et la transcriptomique, est indispensable.
La connaissance et l'application des bonnes pratiques de programmation informatique, d'utilisation de clusters de calcul et de gestion des données selon les principes FAIR, sont nécessaires.
Une formation additionnelle en biologie moléculaire sera appréciée.