Ingénieur·e en Analyses Bioinformatiques H/F - INRAE

Vous aurez la charge d'apporter de nouvelles compétences à l'équipe SIGENAE, plus particulièrement sur l'épigénomique. Vous contribuerez aux projets scientifiques de différentes équipes des unités INRAE et plus spécifiquement aux équipes de recherche travaillant sur les espèces animales. Dans un premier temps, en étroite collaboration avec les membres de l'équipe GENESIS de l'unité GenPhySE, vous devrez mettre en place les outils bioinformatique nécessaires à l'analyse de la méthylation de l'ADN, puis plus largement, devrez développer du code informatique nécessaire aux analyses génomiques et épigénomiques. Vous élaborerez des pipelines pour l'analyse des données produites dans le cadre des projets de recherche et assurez une veille scientifique sur les développements d'outils et de méthodes innovantes pour l'analyse de données sur l'épigénome. Vous soutiendrez l'ambition des équipes de recherche à suivre les principes de la science ouverte (principes FAIR par exemple) tant pour l'accès aux données publiques que pour la mise à disposition des données produites par les équipes. Enfin vous vous intégrerez dans la communauté bioinformatique nationale (CATI) et internationale (par exemple nf-core) en contribuant à la diffusion des pipelines d'analyses au plus grand nombre.
Vous serez en charge :
- De la mise en place, l'ajustement des pipelines d'analyses spécifiques bioinformatiques et des analyses nécessaires aux projets des équipes du département GA et des autres départements travaillant sur les espèces animales ;
- De l'évaluation de nouveaux outils pour assurer un choix pertinent dans l'analyse des données ;
- De la mise à disposition des pipelines bioinformatiques développés dans les projets de recherche à la communauté au sens large (nationale et internationale) ;
- De contribuer à la formation en bioinformatique des membres des unités et de potentiels stagiaires, doctorants, CDD ;
- Du soutien de proximité aux chercheurs dans l'utilisation des pipelines développés ;
- De la gestion des données brutes et processées ;
- De la mise à disposition des données produites dans les projets de recherche sur des répertoires publics dédiés ;
- De l'accès à des données publiques pour les projets de l'équipe.

Ce poste de niveau Ingénieur d'études (catégorie A) est à pourvoir par voie de mobilité interne ou de détachement.

Vous avez une formation en bioinformatique.
Aptitudes recherchées :
- Connaissance des données génomique et épigénomique ;
- Connaissance des outils de gestion de workflow (nextflow) ;
- Connaissance des outils de versionning (github) ;
- Intérêt pour le développement de pipelines d'analyse ;
- Intérêt pour l'épigénétique, la génétique et la science des données ;
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques ;
- Capacité à communiquer en anglais dans le cadre d'un groupe de travail ;
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe.