Post Doctorant H/F - Institut Gustave Roussy

L'espoir de guérir le cancer a un nom, Gustave Roussy.

Premier centre européen de lutte contre le cancer et classé au troisième rang mondial des hôpitaux en cancérologie, Gustave Roussy est un institut de soins, de recherche et d'enseignement, qui prend en charge des patients atteints de tout type de cancer, à tout âge de la vie. Son expertise des cancers rares et des tumeurs complexes est internationalement reconnue.

Gustave Roussy est un établissement de santé privé d'intérêt collectif (ESPIC) participant au service public hospitalier, qui réunit excellences médicale, scientifique et technologique au service du traitement des patients. Ses 3200 professionnels et experts regroupés sur les sites de Villejuif et de Chevilly-Larue se mobilisent pour porter l'ambition de guérir le cancer au 21e siècle.

Dans le cadre de notre politique volontariste en faveur de l'insertion des personnes en situation de handicap, toutes les candidatures reçues sont étudiées à compétences égales.Projet et missions principales :
Analyse de données single-cell RNA-seq sur PBMC humains prélevés avant et après traitement bloquant les points de contrôle immunitaire (ICB) :
- Détection de signatures transcriptomiques circulantes associées à la survenue d'effets indésirables immuno-induits (irAE) ;
- Analyse longitudinale de la dynamique des populations immunitaires sous traitement ;
- Identification et caractérisation des sous-types cellulaires (lymphocytes T CD4/CD8, cellules NK, B, myéloïdes) impliqués dans la réponse ou la toxicité.
Cartographie ciblée d'eQTL à partir des données single-cell RNA-seq :
- Intégration des génotypes germinaux avec l'expression génique à l'échelle monocellulaire pour détecter des loci de régulation dans des sous-populations immunitaires spécifiques ;
- Analyse des associations entre eQTL et phénotypes cliniques, en particulier la réponse au traitement et la survenue d'irAE ;

Évaluation de la susceptibilité génétique aux toxicités inflammatoires induites par des immunothérapies innovantes (ex. T cell engagers, TCE) :
- Exploitation de données génomiques issues de biopsies liquides (cfDNA), après imputation ;
- Calcul de scores polygéniques (PGS) liés à la régulation des cytokines, à la signalisation inflammatoire et à la fonction immunitaire ;
- Modélisation statistique (analyses multivariées) des associations entre ces scores et les toxicités cliniques (ex. syndrome de relargage des cytokines [CRS], neurotoxicité).
Connaissances et compétences professionnelles :
- Expérience démontrée dans l'analyse de données single-cell RNA-seq, en particulier appliquées à des échantillons humains ;
- Maîtrise des langages de programmation usuels en bioinformatique (R, Python, Bash) et de l'utilisation d'environnements HPC (gestion de jobs avec SLURM, environnements conda, conteneurs Singularity) ;
- Connaissance des principaux outils et pipelines d'analyse single-cell : CellRanger, STAR, Seurat, Scanpy ;
- Expérience dans l'analyse de données génétiques humaines (eQTL, génotypage, association génotype/phénotype) ou intérêt fort pour acquérir ces compétences ;

Compétences interpersonnelles :
- Capacité à évoluer dans un environnement de recherche translationnelle, en interaction avec des cliniciens et biologistes ;
- Autonomie, rigueur, et esprit critique dans la conduite de projets scientifiques complexes ;
- Aisance dans la présentation et la mise en forme des résultats (rapports, figures, présentations)
- Goût pour le travail en équipe et la communication scientifique (orale et écrite, en anglais et en français).
- Expériences en publications et présentations internationales.

- Doctorat (PhD) en bioinformatique, biostatistique, génomique ou domaine connexe, avec une spécialisation ou une expérience significative en analyse de données transcriptomiques en single-cell RNA-seq ;
- Expérience postdoctorale préalable non requise.