Ingénieur Biologiste en Traitement de Données - Bio-Informaticien H/F - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm)

Mission principale

L'agent se verra confier l'analyse bio-informatique de données génétiques, transcriptomiques et épigénétiques en collaboration avec les membres de l'équipe I (Human Genetics), de la plateforme de bio-informatique GenoBiRD de l'institut du thorax (https://umr1087.univ-nantes.fr) et des collaborateurs internationaux participant aux projets.

Activités principales

· Développer, tester et implémenter des pipelines d'analyse bio-informatique

· Analyser des données et discuter des résultats avec les membres de l'équipe

· Mettre en forme des résultats en vue de publications

· Organiser le stockage des données

· Assurer un support pour les étudiants en thèse du groupe

· Conseiller et former aux techniques et outils développés (stagiaires...)

· Participer aux réunions de recherche et développement de nouvelles approches

· Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

· Possibilité de participer aux groupes de travail de la plateforme BiRD

Connaissances

· Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)

· Maîtrise des différents langages de programmation

· Utilisation d'un cluster informatique

· Connaissances des concepts en génétique humaine et génétique des populations

· Veille bibliographique (PubMed)

· Maîtrise du travail sous linux en ligne de commande ('bash')
Afficher la suite
· Être familier avec les formats de fichiers associés au séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF...)

· Cadre légal et déontologique

· Langue anglaise B1 à B2

Savoir-faire

· Maîtrise de langages de programmation compilés (java/c/c++/...), scripté (python/perl...) ainsi que le langage'R'

· Maîtrise des gestionnaires de pipelines (make/snakemake/nextflow...)

· Rédaction et mise à jour de procédures

Aptitudes

· Interactions indispensables avec l'ensemble des interlocuteurs en anglais

· Ouverture à la collaboration interdisciplinaire et au travail en équipe

· Capacité de raisonnement analytique

· Être en mesure d'assurer la reproductibilité de ses résultats

· Organisation du travail afin d'aboutir à des scripts robustes et documentés, sauvegardés et partagés sur serveur git

· Autonomie, sens de l'organisation et pédagogie

Expérience souhaitée

· Connaissance en analyse bio-informatique et bio-statistique de données NGS

· Expérience en langages de programmation

· Connaissances en biologie

Niveau de diplôme et formation(s)

Master / Diplôme d'ingénieur