Ingénieur·e en Ingénierie Logicielle H/F - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm)

La personne recrutée sera rattachée au responsable de l'Accélérateur de Recherche Technologique (ART-INSERM) situé au Centre de Biologie Structurale (CBS) de Montpellier. Elle aura pour mission principale de concevoir, développer et maintenir des outils logiciels et des pipelines d'analyse de données pour accompagner des projets en biologie synthétique et en biologie quantitative. Elle
contribuera également à l'analyse des données, à l'interprétation des résultats et à la valorisation scientifique (rapports, publications, outils).

Principales missions :
- Concevoir, développer et optimiser les pipelines d'analyse de données pour l'imagerie, la cytométrie, le séquençage et la transcriptomique
- Développer des outils pour la conception assistée de circuits génétiques, y compris l'optimisation des séquences, la modélisation et l'analyse
- Mettre en oeuvre des flux de travail reproductibles et automatisés
- Gérer le versionnage des codes et des pipelines à l'aide de systèmes de contrôle de version tels que Git, GitLab et GitHub
- Conteneuriser et déployer des outils sur des environnements de calcul (clusters, cloud, serveurs locaux) à l'aide de Docker ou Singularity
- Maintenir les pipelines et fournir une assistance aux utilisateurs, y compris la résolution des bogues et les mises à jour
- Documenter les outils et les flux de travail à la fois techniquement et fonctionnellement
- Rester à jour avec les dernières technologies, outils, méthodologies et meilleures pratiques dans le domaine
- Participer à l'analyse des besoins des projets de recherche
- Collaborer avec les équipes de biologie synthétique, de bio-informatique et potentiellement avec des plateformes technologiques (imagerie, cytométrie, séquençage)
- Former et accompagner des utilisateurs (scientifiques et ingénieurs)
- Assurer des activités d'encadrement de stagiaires dans son domaine scientifique
- Contribuer à la rédaction de publications, rapports, dossiers techniques ou scientifiques
- Participer ponctuellement aux activités transversales liées au fonctionnement informatique de l'institut, en coordination avec les équipes techniques (exemple : support léger aux utilisateurs, contribution aux bonnes pratiques de gestion des données, réflexion sur les évolutions des infrastructures locales si pertinent)

Connaissances :
- Connaissance approfondie en langages de programmation : Python (essentiel), R, Bash
- Connaissance approfondie des environnements Linux/UNIX
- Connaissance approfondie en gestion de workflows
- Connaissance approfondie en gestion de versions : Git (GitHub, GitLab)
- Connaissance approfondie en conteneurisation : Docker, Singularity
- Notions en gestion de déploiement sur clusters (SLURM) et/ou cloud
- Connaissance approfondie des bonnes pratiques de développement logiciel : documentation, tests, reproductibilité, CI/CD
Afficher la suite
- Connaissance approfondie des méthodes, outils, normes et procédures de la qualité
- Notions en optimisation de codes pour architectures parallèles et GPU
- Culture scientifique de base en biologie cellulaire, biologie quantitative ou biologie synthétique

Savoir-faire :
- Capacité à développer des logiciels et des pipelines robustes, évolutifs et bien documentés
- Capacité à déployer et maintenir des workflows sur des environnements HPC ou cloud
- Assurer la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des analyses
- Adapter et intégrer des outils open-source aux besoins des projets
- Analyser et interpréter des jeux de données biologiques complexes
- Capacité à interagir efficacement avec les différents acteurs scientifiques du projet (biologistes, bio-informaticiens, ingénieurs biologie synthétique)

Savoir-être :
- Rigueur, méthode, sens de l'organisation
- Autonomie et capacité à prioriser les tâches
- Esprit d'analyse et capacité à résoudre des problèmes techniques
- Curiosité et capacité d'apprentissage continu
- Bonnes compétences en communication (écrite et orale)
- Maîtriser les techniques de présentation (écrites et orales) et d'animation de réunions
- Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire

Expérience souhaitée :
- Expérience dans le développement de pipelines d'analyse de données scientifiques ou bio-informatiques
- Expérience en gestion d'infrastructure (clusters, cloud) et déploiement d'outils est un plus
- Première expérience en environnement de recherche ou de plateforme technologique est appréciée

Formation souhaitée :
- Niveau Bac +5 en informatique, génie logiciel, data science ou domaine équivalent
- Niveau B2 ou C1 en anglais à minima