Postdoctorat en Biochimie et Biologie Structurale H/F - CNRS

Les nucléotides cycliques non canoniques 3',5'-monophosphates (cNMPs) cCMP et cUMP ont récemment été identifiés comme de nouveaux seconds messagers chez les bactéries, où ils activent des voies immunitaires de défense contre les infections par les phages. Leur présence a également été démontrée de manière robuste dans différents systèmes eucaryotes, bien que leurs cibles moléculaires et leurs rôles physiologiques demeurent encore énigmatiques.
Ce projet international, financé par l'ANR et la DFG, vise à élucider, à l'échelle moléculaire, comment et où le cUMP et le cCMP sont produits, régulés et intégrés dans les réseaux de signalisation cellulaire. Le/la post-doctorant(e) recruté(e) aura pour mission de caractériser, aux niveaux biochimique et structural, les spécificités enzymatiques des nucléotidyl cyclases (NC) capables de produire du cCMP et du cUMP, ainsi que d'étudier les mécanismes de régulation des effecteurs dépendants de ces nucléotides cycliques pyrimidines.
Deux familles distinctes de NC bactériennes seront explorées : les toxines ExoY, qui ciblent et utilisent les monomères ou filaments d'actine eucaryotes comme cofacteur pour leur activation dans les cellules hôtes, provoquant une production massive de cNMPs puriques et pyrimidiques ; et les pyrimidine cyclases (PycC), qui génèrent du cUMP/cCMP dans le cadre de la défense antivirale bactérienne.
Pour soutenir et approfondir ces investigations enzymatiques et structurales, et afin d'explorer des stratégies d'inhibition des toxines ExoY, le/la candidat(e) optimisera un test fluorométrique en temps réel et à haut débit pour suivre et caractériser l'activité NC in vitro dans diverses conditions. Les études structurales combineront l'ingénierie des protéines avec la cristallographie aux rayons X, complétée par la cryo-microscopie électronique (cryo-EM) pour résoudre les plus gros assemblages protéiques difficiles à cristalliser.
En s'appuyant sur les connaissances structurales obtenues des effecteurs dépendants des cNMPs, le/la candidat(e) participera également au développement de biosenseurs fluorescents innovants permettant de mesurer spécifiquement les niveaux de cNMPs in vitro. Ces approches combinées fourniront à plus long terme les outils nécessaires pour suivre les fluctuations des niveaux de cNMPs puriques et pyrimidiques dans les cellules vivantes, et pour révéler les cibles cellulaires et voies de signalisation régulées par les cNMPs pyrimidiques.
Activités
Le ou la candidat-e retenu-e jouera un rôle central en combinant approches biochimiques, biophysiques et structurales afin d'aborder des questions fondamentales sur la signalisation par nucléotides. Les principales activités comprendront : (i) l'expression et la purification de protéines recombinantes dans E. coli, incluant des cibles solubles et/ou membranaires, pour des études biochimiques et structurales approfondies ; (ii) l'analyse des interactions protéine-protéine et protéine-ligand à l'aide de tests établis dans l'équipe (par ex. polymérisation de l'actine marquée au pyrène, co-sédimentation) ainsi que de techniques biophysiques avancées disponibles sur les plateformes de l'institut, telles que la calorimétrie de titration isotherme, la thermophorèse à l'échelle microscopique ou le SECMALS ; (iii) l'optimisation de tests fluorescents en temps réel et à haut débit sur microplaques pour suivre l'activité des nucléotidyl cyclases, en évaluant de façon systématique les cofacteurs, mécanismes d'activation et spécificités de substrat ; (iv) l'application de méthodes de biologie structurale, incluant la cristallisation de protéines (classique/LCP), la diffraction des rayons X, la microscopie électronique à contraste négatif et la cryo-microscopie électronique, afin d'étudier des états dynamiques et de grands assemblages protéiques difficiles à cristalliser ; (v) la conception et la mise en oeuvre de stratégies de biologie moléculaire, telles que la mutagenèse ciblée ou la construction de fusions protéiques fluorescentes, pour sonder les concentrations de cNMPs in vitro dans des tests de criblage en microplaques fluorescentes ; (vi) la contribution au développement et à l'optimisation de biosenseurs FRET permettant de suivre les concentrations spécifiques de cNMPs in vitro, guidée par les connaissances structurales d'effecteurs dépendants des cNMPs ; (vii) l'analyse rigoureuse des données, leur interprétation et la présentation claire des résultats lors de réunions internes et au sein du réseau collaboratif ; et (viii) la participation active à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de rapports, publications et communications lors de congrès nationaux ou internationaux. Le poste pourra donner accès aux infrastructures de pointe en cryo-EM de l'I2BC et du synchrotron SOLEIL, et offrira de nombreuses opportunités d'interactions avec des collaborateurs français et internationaux en biochimie, microbiologie, biologie cellulaire, protéomique et pharmacologie, garantissant un environnement de formation interdisciplinaire stimulant.
Compétences
Les candidat-e-s doivent être titulaires d'un doctorat en biochimie, biophysique, biologie structurale ou discipline apparentée, avec une solide expérience en clonage moléculaire, expression bactérienne et purification de protéines recombinantes. Une expérience préalable dans un ou plusieurs des domaines suivants constituera un atout important : essais fluorescents de type FRET/BRET, cryo-microscopie électronique (analyse en particules uniques) et/ou purification et caractérisation de protéines membranaires. Un vif intérêt pour la biologie structurale, associé à une bonne maîtrise de la conception expérimentale in vitro et de l'analyse des données, est essentiel. Le projet accueillera particulièrement favorablement des candidat(e)s démontrant un intérêt pour l'enzymologie structurale et/ou le développement d'outils fluorescents innovants (FRET, BRET). Au-delà des compétences techniques, d'excellentes aptitudes en communication scientifique en anglais, à l'écrit comme à l'oral, sont indispensables pour interagir efficacement dans le réseau collaboratif international et contribuer aux présentations et publications. Le ou la candidat-e idéal-e combinera autonomie, rigueur et créativité dans la conception et la réalisation d'expériences biochimiques, biophysiques et structurales, tout en valorisant l'esprit d'équipe et l'échange scientifique. Nous recherchons un(e) collègue qui aime partager ouvertement ses résultats et ses idées et contribuer à la synergie d'un petit groupe de recherche, plutôt que de travailler de manière isolée. De solides compétences interpersonnelles, l'ouverture au retour critique, la capacité d'adaptation et la rigueur dans la documentation, l'interprétation et la présentation des résultats sont essentielles. Une forte motivation pour explorer de nouveaux aspects de la signalisation par nucléotides et collaborer avec des expertises complémentaires en microbiologie, biologie cellulaire et pharmacologie sera particulièrement appréciée.
Contexte de travail

La personne recrutée travaillera au sein de l'équipe « Biochimie structurale des microtubules, kinésines et de leurs cargos » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, environ 600 personnes), Université Paris-Saclay, CNRS et CEA (www.i2bc.paris-saclay.fr/institute/ ), situé à Gif-sur-Yvette, au sud de Paris (à 45 minutes du centre de Paris par le RER B). L'institut est doté d'équipements de pointe pour les études biochimiques et structurales, avec des plateformes dédiées aux interactions macromoléculaires, des robots de cristallisation et une plateforme de cryo-microscopie électronique équipée de deux microscopes (200 kV FEG et 120 kV Tecnai FEI). L'équipe a également un accès régulier au synchrotron SOLEIL pour la cristallographie aux rayons X et, plus récemment, à la cryo-EM haute résolution (300 kV Titan Krios G4). Plus d'informations sur l'équipe sont disponibles sur : https://www.i2bc.paris-saclay.fr/structural-biochemistry-of-microtubules-kinesins-and-their-cargos-gigant-menetrey/ .
Ce projet s'inscrit dans un réseau collaboratif international stimulant soutenu par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et la DFG (agence allemande), favorisant des échanges interdisciplinaires avec des partenaires en microbiologie, biologie cellulaire, protéomique, pharmacologie et recherche sur les interactions hôte-pathogène. Possibilité d'une prolongation éventuelle de plusieurs mois, en fonction des besoins du projet et de la disponibilité des crédits alloués.
La personne recrutée bénéficiera de :
- L'accès au laboratoire via le RER B (environ 45 minutes depuis Paris centre).
- Une prise en charge partielle des frais de transport (sous conditions).
- L'accès à un restaurant collectif subventionné sur le campus.
- Des avantages sociaux : participation à l'assurance santé, accès au Comité local d'Action Sociale (sport, loisirs, billetterie, etc.).
- Temps de travail : 38,5 heures par semaine et 44 jours de congés annuels.
La personne recrutée travaillera au sein de l'équipe « Biochimie structurale des microtubules, kinésines et de leurs cargos » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, environ 600 personnes), Université Paris-Saclay, CNRS et CEA (www.i2bc.paris-saclay.fr/institute/ ), situé à Gif-sur-Yvette, au sud de Paris (à 45 minutes du centre de Paris par le RER B). L'institut est doté d'équipements de pointe pour les études biochimiques et structurales, avec des plateformes dédiées aux interactions macromoléculaires, des robots de cristallisation et une plateforme de cryo-microscopie électronique équipée de deux microscopes (200 kV FEG et 120 kV Tecnai FEI). L'équipe a également un accès régulier au synchrotron SOLEIL pour la cristallographie aux rayons X et, plus récemment, à la cryo-EM haute résolution (300 kV Titan Krios G4). Plus d'informations sur l'équipe sont disponibles sur : https://www.i2bc.paris-saclay.fr/structural-biochemistry-of-microtubules-kinesins-and-their-cargos-gigant-menetrey/ .
Ce projet s'inscrit dans un réseau collaboratif international stimulant soutenu par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et la DFG (agence allemande), favorisant des échanges interdisciplinaires avec des partenaires en microbiologie, biologie cellulaire, protéomique, pharmacologie et recherche sur les interactions hôte-pathogène. Possibilité d'une prolongation éventuelle de plusieurs mois, en fonction des besoins du projet et de la disponibilité des crédits alloués.
La personne recrutée bénéficiera de :
- L'accès au laboratoire via le RER B (environ 45 minutes depuis Paris centre).
- Une prise en charge partielle des frais de transport (sous conditions).
- L'accès à un restaurant collectif subventionné sur le campus.
- Des avantages sociaux : participation à l'assurance santé, accès au Comité local d'Action Sociale (sport, loisirs, billetterie, etc.).
- Temps de travail : 38,5 heures par semaine et 44 jours de congés annuels.
Contraintes et risquesaucune
aucune