Ingénieur d'Etudes en Analyse de Données Transcriptomiques H/F - CNRS

Le poste s'adresse à un candidat motivé (H/F) par une activité de recherche. L'ingénieur recruté(e) aura la charge de mener des analyses bioinformatiques innovantes, sur les données transcriptomiques (RNA-seq, scRNA-seq) déjà générées. Pour cela, il devra s'appuyer sur des outils classiques (EdgeR, DESeq2, Seuret) mais pourra être amené à améliorer les pipelines d'analyses existant.
Activités
1. Analyse de données bulk RNA-seq et single-cell RNA-Seq issues des projets de l'équipe;
2. Veille bibliographique sur les outils d'analyse existants ;
3. Formations des membres de l'équipe aux pipelines d'analyse
Compétences
Connaissances:
(1) Maîtrise de logiciels requis pour l'analyse de données de bulk RNA-seq et de single-cell RNA-seq ;
(2) Compréhension pratique des méthodes mathématiques d'analyse de données multidimensionnelles (t-SNE, UMAP, etc.).
Savoir-faire
(1) Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyses et des résultats générés ainsi que la reproductibilité des résultats ;
(2) Maîtrise de la programmation en R et Python
(3) Rédaction de rapports de synthèse et présentation orale des résultats (réunions d'équipes ou avec les collaborateurs des projets) ;
Savoirs-être
(1) Capacités organisationnelles, de rigueur et d'adaptabilité, présentation synthétique des résultats ;
(2) Autonomie et esprit d'initiative ;
(3) Habitude du travail en équipe, capacités d'écoute et de proposition
(4) Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données et pour les questions biologiques

Contexte de travail

L'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF, UMR 5203, U1191) est une Unité Mixte de Recherche pluridisciplinaire placée sous la tutelle conjointe de l'Université de Montpellier, du CNRS et de l'INSERM. L'institut regroupe environ 350 membres - chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens, post-doctorants et étudiants - répartis dans 22 équipes de recherche, organisées au sein de deux départements scientifiques : (1) Neurosciences et (2) Physiologie et Cancer.
Le poste proposé est rattaché à l'équipe « Signalisation purinergique et neuroinflammation », dirigée par le Dr François Rassendren. L'ingénieur·e recruté·e travaillera sous la supervision du Dr Hélène Hirbec, responsable d'un groupe de recherche au sein de cette équipe. Les travaux de son groupe visent à comprendre les mécanismes d'initiation de la réaction microgliale, notamment dans le contexte de la maladie d'Alzheimer.
L'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF, UMR 5203, U1191) est une Unité Mixte de Recherche pluridisciplinaire placée sous la tutelle conjointe de l'Université de Montpellier, du CNRS et de l'INSERM. L'institut regroupe environ 350 membres - chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens, post-doctorants et étudiants - répartis dans 22 équipes de recherche, organisées au sein de deux départements scientifiques : (1) Neurosciences et (2) Physiologie et Cancer.
Le poste proposé est rattaché à l'équipe « Signalisation purinergique et neuroinflammation », dirigée par le Dr François Rassendren. L'ingénieur·e recruté·e travaillera sous la supervision du Dr Hélène Hirbec, responsable d'un groupe de recherche au sein de cette équipe. Les travaux de son groupe visent à comprendre les mécanismes d'initiation de la réaction microgliale, notamment dans le contexte de la maladie d'Alzheimer.
Contraintes et risques

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