
Ingénieur Biologiste en Traitement de Données Réf. Rps25 H/F - Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche
- Paris 13e - 75
- CDD
- Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche
Les missions du poste
Fonctions : Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Emploi-type : A2A41
Catégorie : A
Corps : IGE
BAP : A
CDD de 1 an.
Mission : Analyse des données bioinformatiques dans l'étude VIRONMENT
Au sein de l'IPLESP/CINBIOS, le/la candidat(e) définira des pipelines de traitement de l'information obtenue à partir de tissus tumoraux et sains comme décrit dans le protocole VIRONMENT. Il s'agira de réaliser des analyses de RNAseq, à la fois en Bulk et en Single Cell, à partir de données générées en interne ainsi que de données publiques. Le/la candidat(e) sera également impliqué(e) dans l'analyse de données issues de technologies de protéomique spatiale. En étroite collaboration avec le responsable opérationnel de CINBIOS et les investigateurs, il/elle participera à l'interprétation des résultats, à la rédaction de rapports ainsi qu'à la valorisation scientifique des travaux.
Activités principales :
- Contribuer à la définition de la stratégie d'analyse des données conformément aux objectifs scientifiques
- Assurer le déroulement de l'étude d'un point de vue bioinformatique
- Organiser et centraliser le stockage des données brutes, de leur traitement et des résultats
- Réaliser ou coordonner les analyses bioinformatiques
- Participer à l'analyse des résultats bioinformatiques en collaboration avec les autres membres du projet
- Archivage des données en lien avec la réglementation en vigueur
- Participation aux réunions du Conseil Scientifique de l'étude
- Participer à la mise à jour et actualisation du projet en fonction des nouvelles données de la littérature (veille bibliographique)
Conduite de projets : Oui
Encadrement : Non
Le profil recherché
Connaissances transversales requises :
- Connaissances en biologie moléculaire avec un intérêt fort pour la recherche contre le cancer
- Maîtrise de R (et/ou Python) pour l'analyse de données et le développement d'outils
- Connaissance des approches de modélisation statistique et probabiliste
- Analyse de données omiques (RNA-seq, single-cell, spatial transcriptomique)
- Rédiger des informations relatives à son domaine d'intervention pour assurer un suivi et une traçabilité
- Rédiger et mettre en forme des notes, documents, rapports et articles scientifiques relatifs à son domaine de compétence
- S'exprimer en face-à-face auprès d'une ou plusieurs personnes
- Travailler en équipe pluridisciplinaire/ en réseau
- Utiliser les logiciels d'analyses bioinformatique
- Utiliser un environnement de calcul haut débit
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Savoir-faire :
- Bureautique, Base de données
- Programmation, Calcul haut débit (utilisation de HPC)
- Gestion de données, relatives à son domaine
- Expérience d'analyse de données -omique en oncologie
- Organisation et fonctionnement interne de projets de recherche
- Vocabulaire médical
- Anglais scientifique
- Éthique et déontologie médicale
Savoir-être :
- Travail en équipe
- Capacité à transmettre ses résultats à un public non spécialiste
- Autonomie dans la mise en place de pipelines bioinformatiques