Améliorer l'Analyse Génomique des Agents Pathogènes Combler les Lacunes Informatiques pour Lutter Contre la Propagation des Épidémies H/F - CNRS

1. Examiner l'écart entre les méthodes « idéales » de calcul existantes et les données génomiques pathogènes « réalistes » disponibles, et évaluer comment cet écart limite les connaissances potentielles liées à la santé, voire conduit à des conclusions erronées.
2. Comblér cet écart du côté des méthodes en concevant des modèles et des approches phylodynamiques et phylogéographiques qui tiennent compte des particularités des données réelles (p. ex. hétérogénéité d'échantillonnage).
3. Comblér cet écart du côté des données en élaborant des lignes directrices d'échantillonnage indiquant où et quand prélever en priorité les génomes des agents pathogènes.

Activités
- Développement de nouveaux modèles mathématiques ;
- Développement de méthodes computationnelles et leur implémentation sous forme de logiciels libres ;
- Rédaction scientifique ;
- Communication scientifique ;
- Supervision de stagiaires.

Compétences
- Solides compétences en programmation (Python, Java ou R)
- Maîtrise de l'anglais à l'oral et à l'écrit
- Expérience en développement de logiciels
- Expérience dans la mise en place de pipelines d'analyse de données à l'aide d'outils de gestion de workflow (p. ex. Snakemake, Nextflow)
- Engagement pour la recherche reproductible (git, conda, etc.)
- Connaissances des méthodes et modèles phylodynamiques et/ou phylogéographiques
- Expérience dans l'analyse de jeux de données génomiques de pathogènes
- Expérience en rédaction d'articles scientifiques et en présentations orales
- (Optionnel) Expérience en enseignement, tutorat ou diffusion scientifique

Contexte de travail

Le(a) post doctorant(e) rejoindra l'équipe Modelling of Pathogens de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS), un institut européen de premier plan en sciences de la vie, dédié à la compréhension des mécanismes et des principes fondamentaux qui régissent les systèmes vivants, tant en santé qu'en maladie. L'IBENS est implanté au coeur de Paris. Il regroupe 30 équipes de recherche et plus de 300 personnels spécialisés en génétique et génomique, biologie du développement, neurosciences et écologie & biologie évolutive. Le(a) post doctorant(e) travaillera dans un bureau partagé avec les autres membres de l'équipe et bénéficiera d'un accès complet aux plateformes centrales de l'IBENS, y compris le cluster de calcul. Puisque l'équipe Modelling of Pathogens est une équipe jointe entre l'IBENS et l'Institut Pasteur, le(a) post doctorant(e) sera également co affilié(e) à l'Institut Pasteur et pourra profiter de son environnement scientifique stimulant (par exemple, la possibilité d'assister aux séminaires).
Le(a) post doctorant(e) rejoindra l'équipe Modelling of Pathogens de l'Institut de Biologie de l'ENS (IBENS), un institut européen de premier plan en sciences de la vie, dédié à la compréhension des mécanismes et des principes fondamentaux qui régissent les systèmes vivants, tant en santé qu'en maladie. L'IBENS est implanté au coeur de Paris. Il regroupe 30 équipes de recherche et plus de 300 personnels spécialisés en génétique et génomique, biologie du développement, neurosciences et écologie & biologie évolutive. Le(a) post doctorant(e) travaillera dans un bureau partagé avec les autres membres de l'équipe et bénéficiera d'un accès complet aux plateformes centrales de l'IBENS, y compris le cluster de calcul. Puisque l'équipe Modelling of Pathogens est une équipe jointe entre l'IBENS et l'Institut Pasteur, le(a) post doctorant(e) sera également co affilié(e) à l'Institut Pasteur et pourra profiter de son environnement scientifique stimulant (par exemple, la possibilité d'assister aux séminaires).
Contraintes et risques

Aucun
Aucun