Ingénieur d'Études en Génomique Environnementale H/F - Ifremer

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.

Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.

www.ifremer.frDate de clôture de réception de candidatures : 16/11/2025

Qui sommes-nous ?

Le Laboratoire Environnement Ressources d'Occitanie (LEROC) est l'un des 9 laboratoires de l'Unité COAST (observation et éCOlogie de la réstAuration des écoSystèmes liTtoraux). Il apporte son expertise scientifique et technique sur la qualité de l'écosystème marin de la méditerranée Occidentale principalement sur deux départements, les Côtes d'Armor et l'Ille-et-Vilaine. Son activité se décline suivant trois axes :

- La surveillance et l'observation de la qualité des eaux marines et des habitats lagunaires;
- L'expertise sur son domaine de compétence auprès des collectivités territoriales, des organismes publics et des structures professionnelles et l'émission d'avis auprès des ministères et services déconcentrés
- La recherche en réponse directe à des enjeux sociaux et économiques marins, à une échelle régionale, nationale et internationale.

Depuis janvier 2015, le LEROC a intégré l'Unité Mixte de Recherche (UMR) MARBEC1, MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation, dont les quatre tutelles principales sont l'IRD, l'Ifremer, l'Université de Montpellier, CNRS et l'INRAE comme tutelle secondaire. MARBEC est l'un des plus importants laboratoires travaillant sur la biodiversité marine et ses usages en France avec 285 agents, dont 96 chercheurs et enseignants-chercheurs.

Au sein du Département ODE et de l'Unité COAST, le poste localisé à Sète, est placé sous la responsabilité hiérarchique du Responsable du LEROC et intégré(e) au sein de l'UMR MARBEC. L'ingénieur(e) travaillera en collaboration avec les autres membres du LEROC et de l'UMR MARBEC.

Quelles seront vos missions ?

Votre mission sera de mobiliser les connaissances scientifiques autour de la génomique environnementale et de développer de nouveaux outils d'acquisition de données pour l'observation et la surveillance dans le cadre de projets scientifiques et d' expertises en appui aux politiques publiques. La réalisation de ces activités requiert des connaissances sur le fonctionnement des écosystèmes marins ainsi que des capacités d'analyse et de synthèse. L'objectif final sera de rendre ces connaissances accessibles aux décideurs en charge de prendre des mesures de gestion et de suivi appropriées.

Quelles seront vos activités ?

Les objectifs principaux sont d'acquérir et d'exploiter des données de génomiques moléculaires d'échantillons populationnels ou environnementaux pour parfaire notre connaissance des écosystèmes côtiers et en particulier méditerranéens.

Pour ce faire, vos activités seront les suivantes :

- Contribuer au développement et au déploiement de nouveaux dispositifs intégrés pour les activités d'observation et de surveillance des environnements côtiers ;
- Participer aux innovations méthodologiques permettant de détecter et de suivre les microorganismes d'intérêts pour l'étude des environnements côtiers ;
- Accompagner les recherches en écologie pour définir les facteurs de risque favorables à l'émergence des espèces toxiques, des pathogènes et autres indicateurs de changements environnementaux ;
- Développer ces nouvelles approches en concertation avec le besoin des équipes de recherche ;
- Proposer, organiser et animer des formations destinées aux étudiants, chercheurs, post-doctorants et techniciens pour les rendre autonomes sur les différentes techniques dans le cadre de formations permanentes ou organisées par MARBEC;
- Diffuser et valoriser les résultats et le développement technologique sous forme de rapports, publications, présentations orales et enseignements.

Dans le cadre des activités de surveillance, d'observation et de recherche, vous vous impliquerez dans les activités socles du laboratoire et leur gestion (activités de prélèvements, de suivis et d'expérimentations sur les écosystèmes littoraux et côtiers méditerranéens, gestion du Rephy sanitaire et participerez à la lecture par microscopie optique des flores toxiques).

Comment se déroulera votre activité ?

- Taux d'activité : temps plein
- Embarquements (navires côtiers et embarcations légères)
- Travail sur estran
- Manipulation de produits chimiques
- Horaires flexibles (en fonction des contraintes de terrain)
- Déplacements fréquents au niveau de national
- Télétravail 4 jours maximum par mois

Qui êtes-vous ?

- Formation Bac +5 (Master, diplôme d'ingénieur) en biologie moléculaire / génomique / écologie, connaissances en bio-informatique, biodiversité et gestion du milieu marin, expérience dans la mise en oeuvre des approches omiques.

Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

- Bonne connaissance en écologie marine côtière appréciée ;
- Bonne connaissance des approches omiques (e.g. prélèvement, outils de séquençage haut-débit, metabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique)
- Bonne connaissance sur le phytoplancton appréciée ;
- Aptitude à la rédaction de rapports ;
- Analyse de données
- Bioinformatique, rédaction de scripts sous R (autres langages appréciés, e.g. Python)
- Permis B obligatoire.

Vous avez les qualités suivantes :

- Aptitude au travail sur le terrain et aux embarquements,
- Rigueur, méthode
- Aptitude à travailler en équipe et en autonomie
- Sens du service