Chargé de Recherche « Surveillance des Poissons Pélagiques Côtiers par Échosondage » H/F - Muséum Nationel d'Histoire Naturelle

Contexte du recrutement et définition de poste

L'Unité Patrimoine Naturel (PatriNat) - co-habilitée par le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), l'Office français de la biodiversité (OFB), le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et l'Institut de recherche pour le développement (IRD) - a pour mission de produire une expertise scientifique et technique en faveur de la conservation de la biodiversité.

Au sein du MNHN, PatriNat est rattachée à la Direction Générale Déléguée Recherche, Expertise, Valorisation et Enseignement du Muséum (DGD REVE), et a pour objectif de fournir, en lien fort avec les activités de recherche, une expertise scientifique sur la biodiversité et géodiversité de France métropolitaine et ultra-marine, sur les thématiques terrestres et marines, pour l'environnement passé et actuel. Cette expertise et l'ingénierie associée portent sur la connaissance du patrimoine naturel, dont les systèmes d'informations et s'intéressent à l'application de ces connaissances pour l'appui aux politiques et programmes de conservation de la biodiversité.

CONTEXTE

Dans le cadre de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), les référents Poissons de l'équipe Expertise en Ecologie Marine de PatriNat, contribuent au développement méthodologique du programme de surveillances et à l'évaluation (du Bon Etat Ecologique et des Objectifs Environnementaux) des poissons côtiers pélagiques et récifaux à l'échelle nationale métropolitaine.

Adoptée en juin 2008, la DCSMM engage les États membres de l'Union Européenne dans une approche de gestion durable des écosystèmes marins et des activités humaines les impactant. En France, l'application de cette directive passe par l'élaboration et la mise en oeuvre de Plans d'Action pour le Milieu Marin (PAMM) destinés à assurer la conservation ou la restauration des écosystèmes marins, à l'échelle de chaque sousrégion marine (MancheMer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne, Méditerranée occidentale). Sa mise en oeuvre repose notamment sur les Programmes de Surveillance (PdS) qui visent à collecter les données nécessaires pour (1) évaluer l'atteinte du bon état écologique (BEE) des populations et peuplements de poissons et céphalopodes, (2) quantifier les impacts des activités anthropiques, (3) évaluer l'atteinte des Objectifs Environnementaux ainsi que l'efficacité du Programme de Mesures. Tout cela vise à contribuer au renseignement des critères relatifs aux poissonscéphalopodes au sein des descripteurs 1, 2 et 4 (voir arrêté BEE 2019 et article 8 de la DCSMM).

Pour répondre aux besoins de surveillance et d'évaluations des poissons côtiers pélagiques et récifaux, PatriNat et un ensemble de partenaires dont le MNHN, travaillent au développement de plusieurs dispositifs complémentaires. Les poissons pélagiques côtiers sont étudiés par acoustique active dans le cadre du programme ACaPELA (ACoustique PELAgique) initié dès 2019 au sein de plusieurs sites bretons. L'évaluation des abondances, biomasses et spectres de tailles des principales espèces récifales est réalisée par comptage visuels (en plongée et/ou vidéos) via le réseau « Pocoroch » initié dès 2016 en Manche/Atlantique. Enfin, pour mieux couvrir les espèces rares et cryptobenthiques, un inventaire par metabarcoding d'ADNe a été mis en place récemment (2023). En 2026, le projet ESPOC (Evaluation et Surveillance des POissons Côtiers) permettra la continuité des inventaires de chacun des dispositifs au sein des sites historiques. Il permettra aussi de déployer de manière cohérente les 3 dispositifs de suivis dans les secteurs suivants : Baie de Saint Malo, RNN Sept-îles/Roches Douvres, Baie de Morlaix, Iroise et RNN Glénans.

ACaPELA (ACoustique PELagique) est un projet démarré en Juillet 2019 qui a pour objectif de développer les bases méthodologiques d'une surveillance DCSMM des poissons côtiers des milieux pélagiques côtiers au niveau national par échosondage. Les protocoles d'échantillonnages proposés consistent en une adaptation aux contraintes côtières des protocoles d'échosondage et de pêche sur détection utilisés par les campagnes halieutiques PELGAS (PELagiques GAScogne) et PELMED (PELagiques MEDiterrannée). Ces adaptations consistent notamment à combiner l'utilisation de deux technologies acoustiques complémentaires, des sondeurs larges bandes orientés verticalement sous le navire et un sonar multifaisceaux. Les radiales acoustiques sont effectuées chaque année en Bretagne Nord (Baie de Saint Malo, Baie de Morlaix) et Bretagne Sud (Iroise dont rade de Brest et Baie de Douarnenez) au printemps et/ou en été quand les biomasses de poissons pélagiques sont les plus importantes. Les embarquements ont lieu sur les navires de station de la flotte océanographique de France R/V Albert Lucas pour l'Iroise (rade de Brest et Baie de Douarnenez), R/V Néomysis pour la Baie de Morlaix. A Saint Malo, les radiales sont réalisées avec le navire de la Station Marine de Dinard (R/V Korrigane). En fonction de leurs disponibilités et périmètres d'action, ces navires pourraient être également mobilisés en 2026 pour les secteurs de RNN Sept-îles/Roches Douvres et RNN Glénans.

La validation des cibles détectées est réalisée en croisant les données acoustiques (index de réflectivité et échotraces) par des vérités terrain adaptées aux conditions locales (profondeur, turbidité de l'eau, etc.). Jusqu'à présent, plusieurs méthodes ont été testées : i) pêches sur détection via un filet méso-pélagique, ii) comptages visuels en plongée sous-marine, iii) observation vidéo via caméras stéréoscopiques. Pour les prochains embarquements, des prélèvements d'eau seront réalisés par le candidat pour évaluer, à terme, les bénéfices éventuels des méthodes basées sur l'ADN environnemental.

DESCRIPTION DES MISSIONS

En collaboration étroite avec le référent Amphihalins, poissons côtiers et espèces patrimoniales, le titulaire du poste aura pour missions de

- Organiser et mettre en oeuvre les campagnes acoustiques 2026 (appels à projets FOF, logistique, hébergement, gréage des navires, installation des sondeurs).
- Planifier et mettre en oeuvre des prélèvements d'eau lors des radiales acoustiques en vue d'analyses ultérieures d'ADN environnemental
- Bancariser les données et assurer le dépôt des données acoustiques nouvellement collectées dans la base Indores (CNRS)
- Analyser les métriques acoustiques (proxy d'abondance) et déterminer les sources de variabilités spatiales et temporelles des signaux acoustiques (déclinés par espèce ou groupe d'espèces)
- Assurer la rédaction des livrables associés au programme : rapport de campagne et rapport d'analyses (évolution des proxys d'abondance au sein de chaque site)

Profil recherché

CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES

Être titulaire d'un Doctorat ou Master (Universitaire ou école d'ingénieur) idéalement en acoustique ou écologie aquatique.

QUALIFICATIONS REQUISES

- Expérience en acoustique, bio(géo)statistiques, et écologie des espèces et/ou des habitats. Des connaissances en technique d'échosondage sont indispensables.
- Maitrise (niveau expert) du logiciel R et Matlab, connaissance des logiciels de SIG.
- Connaissance de l'écologie des poissons pélagiques marins métropolitains et de leur identification serait appréciée.
- Aptitudes à travailler en équipe mais aussi en autonomie, bonnes qualités relationnelles, goût pour les embarquements (Env. 1,5 mois cumulé par an).
- Analyse et synthèse ; expérience dans la rédaction de publications scientifiques et/ou présentation à des colloques nationaux et/ou internationaux
- Permis B indispensable.
- Permis côtier et E (remorque) seraient un plus.

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

MODALITÉS DE RECRUTEMENT

- Type de contrat : Contrat à durée déterminée de droit public
- Durée : 17 mois à compter du 1er janvier 2026.
- Rémunération : En fonction des grilles de rémunération et du profil du candidat retenu
- Date de prise de fonction : Janvier 2026
- Résidence administrative : Station Marine de Dinard

AVANTAGES

- Accès illimité aux sites du Muséum
- Télétravail jusqu'à deux jours par semaine selon cycle de travail choisi (à partir de 4 mois de contrat)
- Prise en charge partielle de votre mutuelle (selon conditions)
- Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)
- Accès aux Tickets Restaurants