Ingénieur d'Études en Bioinformatique H/F - CNRS

Le poste d'ingénieur d'études en Bioinformatique (H/F) est d'une durée de 8 mois et le sujet de recherche porte sur l'analyse transcriptomique spatiale de modèles organoides et des déterminants métaboliques de l'adaptation au stress des cellules souches de glioblastome.
Activités
Développer et optimiser des workflows pour analyses transcriptomiques, métagénomiques/méta transcriptomiques, maîtriser des workflows d'analyse RNA-seq et single-cell (scRNA-seq, scATAC-seq), phylogénie et analyses comparatives, et réaliser des enrichissements fonctionnels avec interprétation biologique.
L'accès aux nutriments représente une nécessité vitale pour toutes les cellules, tumorales ou saines. De nombreuses études ont montré que les cellules tumorales sont capables de reprogrammer leur métabolisme afin de parvenir à survivre aux différents stress présents dans le microenvironnement tumoral. Ainsi, les pressions métaboliques imposées par ce microenvironnement engendrent certaines dépendances métaboliques et vulnérabilités des cellules tumorales qui peuvent être exploitées au niveau thérapeutique. L'objectif général de ce projet est d'étudier et de comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires mis en place par les cellules tumorales afin de mieux tolérer et survivre. D'un point de vue fondamental, ce projet cherche à identifier des mécanismes moléculaires gouvernant l'adaptation des cellules tumorales de GBM aux différents types de stress. D'un point de vue translationnel, ce projet permettra de révéler de nouveaux biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques pour le traitement des GBMs.
Compétences
Le candidat doit être titulaire d'une licence en bioinformatique et biostatistique. Il/elle doit faire preuve d'une grande motivation, d'un très bon esprit d'équipe, de créativité et d'indépendance d'esprit. Un excellent niveau d'anglais (écrit/oral) est souhaité. Il/elle doit développer et optimiser des workflows pour analyses métagénomiques/méta transcriptomiques, maîtriser des workflows d'analyse RNA-seq et single-cell (scRNA-seq, scATAC-seq), phylogénie et analyses comparatives, et réaliser des enrichissements fonctionnels avec interprétation biologique.
Contexte de travail

Le Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) est un centre de renommée internationale dédié à la recherche innovante en oncologie. Composé de plus de 600 chercheurs et cliniciens, le CRCL se consacre à comprendre les mécanismes du cancer et à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Vous travaillerez dans un environnement scientifique international dédié à la recherche sur le cancer, grâce à la présence des 24 équipes de recherche et des 12 plateformes technologiques présentes sur le site.
Les candidats intéressés doivent fournir un curriculum vitae détaillant leur formation/l'expérience, les compétences pratiques et théoriques ainsi qu'une liste complète de publications, une lettre de motivation, ainsi que les coordonnées d'au moins deux référents académiques.
Le Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) est un centre de renommée internationale dédié à la recherche innovante en oncologie. Composé de plus de 600 chercheurs et cliniciens, le CRCL se consacre à comprendre les mécanismes du cancer et à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Vous travaillerez dans un environnement scientifique international dédié à la recherche sur le cancer, grâce à la présence des 24 équipes de recherche et des 12 plateformes technologiques présentes sur le site.
Les candidats intéressés doivent fournir un curriculum vitae détaillant leur formation/l'expérience, les compétences pratiques et théoriques ainsi qu'une liste complète de publications, une lettre de motivation, ainsi que les coordonnées d'au moins deux référents académiques.