Ingénieur·e d'Étude en Bio-Informatique H/F - AP-HP

MétierAdministratif - Autres métiersType de contratCDD uniquementRémunérationSelon profilService d'affectationService de Médecine Intensive-Réanimation et Unité de recherche IAME Présentation du service
· Service de Médecine Intensive-Réanimation, Hôpital Louis Mourier (AP-HP, Colombes)

· Unité de recherche IAME (UMR 1137) - Équipe EvREST, Faculté de Médecine Bichat (Université Paris Cité / INSERM, Paris)
Vos missions
Missions principales:

1. Développement de pipelines bio-informatiques

· Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l'étude génomique de

phages et de bactéries.

· Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative.

2. Analyse de données et modélisation
· Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes.

· Développer des modèles d'apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost).

· Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses.

3. Intégration et gestion des données
· Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données.

· Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats.

4. Interaction avec l'équipe expérimentale
· Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance.

· Participation à la conception des méthodes expérimentales.

Contexte scientifique

Ce poste s'inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage-bactérie dans un contexte infectieux.

Le projet explorera notamment :

· les récepteurs bactériens aux bactériophages,

· les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP),

· les systèmes de défense bactériens,

· les systèmes d'anti-défense phagiques,

· l'influence de la régulation de l'expression génique sur les dynamiques d'interaction.

L'objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d'estimer l'efficacité d'un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d'une approche de phagothérapie personnalisée.

Profil recherché
Profil recherché Formation:

- Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, génomique, biostatistiques, microbiologie computationnelle ou domaine associé.

Compétences techniques:

- Excellente maîtrise de Python et/ou R.
- Bonne connaissance de Bash / Linux.
- Maîtrise des outils bioinformatiques courants (assemblage, annotation, analyse comparative).
- Bases solides en statistiques.
- Connaissances en machine learning appréciées.

Qualités personnelles:

- Rigueur, autonomie, organisation.
- Curiosité scientifique et esprit critique.
- Capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire.
Schéma horaireJourTemps de travail7h30TélétravailNon
Description de l'hôpitalSitué à Paris (10è arrondissement), l'hôpital Saint-Louis est reconnu au plan national et international en hématologie, dermatologie, cancérologie, infectiologie ainsi que dans le domaine des greffes d'organe et de moelle osseuse. Il possède également une expertise de haut niveau en chirurgie digestive, urologique et plastique. Il assure la prise en charge des grands brûlés en qualité de centre de recours régional.Référence de l'offre2025-19115