Ingénieur·e d'Étude en Bio-Informatique H/F - Hôpital Saint-Louis

Missions principales:

1. Développement de pipelines bio-informatiques
· Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l'étude génomique de
phages et de bactéries.
· Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative.
2. Analyse de données et modélisation
· Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes.
· Développer des modèles d'apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost).
· Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses.
3. Intégration et gestion des données
· Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données.
· Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats.
4. Interaction avec l'équipe expérimentale
· Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance.
· Participation à la conception des méthodes expérimentales.

Contexte scientifique
Ce poste s'inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage-bactérie dans un contexte infectieux.
Le projet explorera notamment :
· les récepteurs bactériens aux bactériophages,
· les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP),
· les systèmes de défense bactériens,
· les systèmes d'anti-défense phagiques,
· l'influence de la régulation de l'expression génique sur les dynamiques d'interaction.
L'objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d'estimer l'efficacité d'un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d'une approche de phagothérapie personnalisée.

Profil recherché Formation:

- Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, génomique, biostatistiques, microbiologie computationnelle ou domaine associé.

Compétences techniques:

- Excellente maîtrise de Python et/ou R.
- Bonne connaissance de Bash / Linux.
- Maîtrise des outils bioinformatiques courants (assemblage, annotation, analyse comparative).
- Bases solides en statistiques.
- Connaissances en machine learning appréciées.

Qualités personnelles:

- Rigueur, autonomie, organisation.
- Curiosité scientifique et esprit critique.
- Capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire.