Université Lyon 1 - Ingénieur de Recherche H/F - Université Claude Bernard Lyon 1

L'université Lyon 1, en collaboration avec 12 partenaires, coordonne le projet SHAPE-Med@Lyon. Le projet Virome@tlas, récemment récompensé par le consortium SHAPEMed@Lyon dans le cadre de l'appel à projets structurants 2023, développe une plateforme numérique dédiée à la surveillance de la virosphère. Ce projet collaboratif est mené par la plateforme PRABI-AMSB, le laboratoire Environnement Ville et Société, le Centre International de Recherche en Infectiologie et le laboratoire Infections Virales et Pathologies Comparées en partenariat avec le laboratoire Biométrie et Biologie Evolutive et l'Institut Français de Bioinformatique. Le projet Virome@tlas recrute un ingénieur pour travailler sur la visualisation biogéographique de la virosphère à l'échelle mondiale. Ce travail sera mené dans le cadre interdisciplinaire « One Health » et impliquera des scientifiques possédant une solide expertise dans les domaines de la bio-informatique, de la métagénomique, de l'évolution moléculaire, de la virologie, de la géographie, de l'hydrologie et de la géomatique.Principales missions :

La mission principale est de développer un portail front-end performant permettant d'explorer les interactions entre les virus, les hôtes et l'environnement à l'échelle mondiale. Ce site web s'appuiera sur des données stockées dans des archives et servira de cadre pour améliorer notre compréhension de la transmission virale entre les humains, les animaux et leur diffusion dans l'environnement. Cette plateforme en libre accès sera précieuse pour la communauté scientifique, qui pourra ainsi identifier les organismes hôtes ou les échantillons biologiques environnementaux abritant de nouvelles signatures viromiques. Elle complète, et à grande échelle, améliorera nos systèmes de préparation et de surveillance afin de prévenir la prochaine épidémie potentielle en identifiant les règles et les modèles biogéographiques mondiaux impliqués dans l'évolution et l'adaptation de la virosphère, en particulier dans le contexte du changement environnemental mondial.

Activités principales :

L'activité principale consistera à développer un site web permettant d'explorer les facteurs moléculaires, écologiques et biogéographiques complexes responsables des futurs débordements zoonotiques, c'est-à-dire la transmission de virus animaux à des individus humains , ou leur retour , c'est à dire la transmission de virus humains à des animaux ou dans l'environnement. Cette exploration visuelle s'appuie sur un catalogue complet des associations virus/hôtes, présentes dans les populations humaines et animales, ainsi que sur une annotation de leur distribution géospatiale et temporelle. Le candidat bénéficiera du soutien technique et de l'expertise de trois ingénieurs de recherche hautement qualifiés en bio-informatique et en géomatique, dans le but d'intégrer et d'annoter la qualité des données biogéographiques et de séquençage ainsi que les métadonnées stockées dans le lac de données virome@tlas. Une partie du spectre des hôtes du virus reste peu étudiée, ce qui empêche d'avoir une vision intégrée et interconnectée de la santé mondiale. En conséquence, seul un nombre limité d'associations virus/hôte sont décrites dans les bases de données publiques, et la majorité d'entre elles sont biaisées en faveur des virus humains et/ou des virus causant des maladies. De plus, l'influence de l'environnement biophysique et de ses changements contemporains sur ces associations virus-hôte reste inconnue. L'ingénieur intégrera le cadre de visualisation existant développé par notre équipe avec une carte géographiqueafin d'aider notre équipe à mettre en évidence les relations virus/hôte/environnement encore inconnues et à annoter les nouveaux événements potentiels de spillover/spillback à partir de l'exploitation demillions d'échantillons biologiques SRA et des milliards d'attributiontaxonomiques SRA-STAT associées déjà stockées dans notre lac de données Virome@tlas.

Compétences attendues :

-Front-end (HTML, CSS, JavaScript, l'un des frameworks React, Angular, Vue)
-Programmation Python (Dash, FLASK, package Python géospatial), Linux, bases de données
relationnelles/NOSQL
-Analyse multivariée (PCA, PLS, UMAP, tSNE, DBSCAN) et analyse exploratoire de données spatiales
-Sciences des réseaux et des données
-Apprentissage automatique

Connaissances :

-Bio-informatique
-Virologie
-Métagénomique environnementale
-Biogéographie
-Géomatique

Savoir-faire :

-Sensibilité au concept One Health
-Capacité à travailler en mode projet avec une équipe pluridisciplinaire d'ingénieurs et de chercheurs
-Réactivité, autonomie, initiative, rigueur
-Sens de l'organisation
-Esprit d'équipe et sens de la collaboration
-Capacité à travailler en équipe, à l'aide d'outils numériques modernes