Ingénieur Génomique Bactérienne H/F - Actalia

Dans le cadre de l'UMT ACTIA FASTYPERS, fédérant 2 partenaires académiques (Anses (Laboratoire de Sécurité des Aliments de l'Anses de Maisons-Alfort et Unité AB2R de l'Anses de Fougères) ; Institut Micalis (UMR INRAE, Agro-ParisTech, Paris-Saclay (Equipe Biofilms et Communautés Spatialement Organisées)) et 2 instituts techniques agro-industriels (Actalia (animateur de l'UMT) ; Ifip), le projet Diff'diarizonae vise à identifier des marqueurs PCR permettant de différencier, parmi Salmonella enterica, les sous-espèces diarizonae et enterica.

Un(e) ingénieur(e) en microbiologie avec une formation en génomique bactérienne est recruté(e) par ACTALIA (Département Microbiologie Laitière -Pôle Expertise Analytique) afin de participer aux analyses microbiologiques et bio-informatiques du projet Diff'diarizonae.

Détaché(e) à l'Anses de Maisons-Alfort, au sein de l'Unité SEL (Salmonella et Listeria) et sous la supervision du chargé de recherche spécialisé sur les salmonelles et en recherche génomique, vous aurez pour missions principales de :

- Réaliser une veille bibliographique sur les marqueurs PCR précédemment publiés (commercialisés ou développés en interne par des laboratoires de recherche) ciblant Salmonelladiarizonae,
- Réaliser l'extraction des ADN d'un grand nombre de souches de Salmonella de différentes sous-espèces à destination de séquençage (entre 200 et 250 souches),
- Traiter les données de séquençage de souches de Salmonella de différentes sous-espèces,
- Identifier les marqueurs spécifiques et sensibles associés à la sous-espèce S. diarizonae,
- Réaliser des tests PCR avec les marqueurs identifiés au sein de l'Unité SEL (LightCycler, Roche) et à la plateforme Anses IdentyPath (BioMArk, Fluidigm),
- Participer à la synthèse des résultats

Compétences et Qualités requises :

- Savoir travailler avec un grand nombre de souches et de données
- Culture et extraction d'ADN bactérien
- Analyses de séquences génomiques
- Tests PCR en temps réel et sur plateforme haut-débit
- Autonomie et rigueur
- Pragmatisme et minutie
- Capacités de synthèse

Le centre d expertise ACTALIA a pour vocation d accompagner les acteurs(trices) de la filière agroalimentaire dans leur process pour la maîtrise de la qualité et l innovation.

A l écoute des besoins des entreprises, ACTALIA et ses équipes mènent des programmes de recherche appliquée et proposent une gamme de prestations sur mesure pour apporter des solutions et services à l ensemble des problématiques des entreprises agroalimentaires et laitières.

Taille de l entreprise : 190 collaborateurs(trices), 12 implantations en France.