Ingénieur Biologiste en Analyse des Données H/F - CNRS

La personne recrutée aura pour mission de participer à la coordination du flux de données planctoniques généré par des imageurs et cytomètres automatisés, depuis l'acquisition jusqu'à leur bancarisation dans les plateformes européennes dédiées. La Elle contribuera également au développement et à l'opérationnalisation de Démonstrateurs de Cas d'Usages (Demonstrator Use Cases - DUC) du projet Européen Horizons DTO-BioFlow, permettant de démontrer l'intérêt d'un flux de données harmonisé au sein du Jumeau Numérique de l'Océan (Digital Twin of the Ocean - DTO).
Activités
- Participer à la structuration de flux complets de données, conversion des fichiers bruts, extraction d'images, harmonisation, classification, contrôle qualité et intégration dans les plateformes et/ou bases de données (EcoTaxa, EMODnet).
- Assurer la qualité, la traçabilité et la cohérence des données en appliquant les standards et vocabulaires contrôlés utilisés par les infrastructures européennes.
- Contribuer à l'amélioration des protocoles et outils de traitement, en collaboration avec les partenaires scientifiques et techniques du projet.
- Participer à l'analyse automatisée des images planctoniques (méthodes de classification supervisées, extraction de signaux).
- Réaliser une veille scientifique sur les méthodes d'imagerie, d'automatisation et d'intégration de données.
- Contribuer à la rédaction de rapports techniques, protocoles, synthèses destinés au consortium DTO-BioFlow.
- Développer, tester et documenter les scripts et outils facilitant le traitement et la mise en forme des jeux de données.
- Participer à la mise en oeuvre des Démonstrateurs de Cas d'Usage, en mobilisant les données harmonisées pour l'analyse et l'évaluation des services scientifiques du DTO.
- Identifier les besoins et contraintes liés aux DUC et proposer des évolutions du flux de données pour y répondre.
Compétences
- Connaissances en océanographie biologique, écologie planctonique ou diversité du phytoplancton.
- Connaissances des indices de diversité et des indicateurs d'état des habitats pélagiques
- Familiarité avec les systèmes d'imagerie planctonique ou de cytométrie en flux.
- Utilisation d'un ou plusieurs langages de programmation (Python, R ; C++ apprécié).
- Connaissance des environnements Unix/Linux et des outils collaboratifs (Git/GitHub).
- Compréhension des standards utilisés dans les infrastructures européennes (Darwin Core, principes FAIR).
- Capacité à coordonner un flux de travail complexe et à travailler en réseau.
- Rigueur, sens de l'organisation, capacités analytiques.
- Très bonne autonomie et adaptabilité.
- Maîtrise de l'anglais (niveau professionnel).
Contexte de travail

Le CDD s'inscrit dans le cadre du projet européen DTO-BioFlow, qui contribue au développement de la composante biodiversité du Digital Twin Ocean (DTO) visant à intégrer, harmoniser et valoriser les données de biodiversité marine à l'échelle européenne.
La personne recrutée travaillera en étroite collaboration étroite avec les partenaires impliqués dans :
- le WP3.2, dédié à la construction du flux de données issu des réseaux d'observation planctoniques,
- le WP4, consacré au développement et à l'évaluation des Démonstrateurs de Cas d'Usage.
Le poste impliquera des interactions régulières avec des ingénieurs, techniciens et chercheurs des laboratoires européens engagés dans le projet.
Le CDD s'inscrit dans le cadre du projet européen DTO-BioFlow, qui contribue au développement de la composante biodiversité du Digital Twin Ocean (DTO) visant à intégrer, harmoniser et valoriser les données de biodiversité marine à l'échelle européenne.
La personne recrutée travaillera en étroite collaboration étroite avec les partenaires impliqués dans :
- le WP3.2, dédié à la construction du flux de données issu des réseaux d'observation planctoniques,
- le WP4, consacré au développement et à l'évaluation des Démonstrateurs de Cas d'Usage.
Le poste impliquera des interactions régulières avec des ingénieurs, techniciens et chercheurs des laboratoires européens engagés dans le projet.
Contraintes et risques

Travail au bureau avec utilisation intensive d'outils informatiques.
Déplacements possibles en France ou à l'étranger pour des réunions de travail, ateliers ou présentations scientifiques.
Des missions ponctuelles sur le terrain peuvent être envisagées selon les besoins du projet.
Travail au bureau avec utilisation intensive d'outils informatiques.
Déplacements possibles en France ou à l'étranger pour des réunions de travail, ateliers ou présentations scientifiques.
Des missions ponctuelles sur le terrain peuvent être envisagées selon les besoins du projet.