Technicien-Technicienne en Virologie et Génomique Cliniques H/F - ENVT

L'UMR ENVT-INRAE IHAP (Interactions Hôtes Agents Pathogènes) est un laboratoire pluridisciplinaire qui conduit des recherches sur les maladies infectieuses animales d'importance prioritaire pour la santé de l'animal et la santé publique, dans une approche « une seule santé ». Cette unité couvre différents types d'agents pathogènes (virus, bactéries, parasites), d'hôtes (ruminants, volailles, modèles rongeurs, faune sauvage, ...) et d'échelles. Au plan de la formation à la recherche, IHAP est un acteur majeur de l'Ecole Universitaire de Recherche « maladies infectieuses émergentes » (UNITEID) nouvellement créée.
Le poste de technicien(ne) s'inscrit dans le contexte du développement très important des projets de recherche en virologie clinique depuis plus de 5 ans.Au sens large, les objectifs du poste consistent à appuyer les projets de recherche en virologie (équipe VIRAL, UMR IHAP): assurer un soutien technique, participer aux taches transversales dans l'unité et participer à l'encadrement et la formation des étudiants et stagiaires.
Mission 1: virologie clinique
· Réceptionner, reconditionner, enregistrer (barcoding) et stocker les échantillons selon un protocole de qualité défini, tenir un cahier d'expériences, rassembler et analyser les résultats, les mettre en forme et en rendre compte.
· Réaliser, à partir de protocoles définis, des expériences de préparation et d'analyse utilisant un ensemble de techniques (culture virale sur cellules et in ovo, PCR conventionnelle, temps réel et digitale, électrophorèse sur gel d'agarose, autres techniques de biologie moléculaire...)
· Actualiser le dossier de protocoles techniques.
· Consulter et exploiter une documentation technique.

Mission 2: génomique appliquée à la virologie clinique
· Mettre en oeuvre les méthodes spécifiques de préparation des acides nucléique en vue du séquençage NGS
· Préparer des banques de séquençage NGS, lancement des essais («runs») de séquençage et gestion des consommables de séquençage.
· Sauvegarde des données de séquençage NGS et premières analyses de contrôle qualité.

Mission 3: formation et encadrement des étudiants et stagiaires
· Accompagnement de stagiaires et de thésards vétérinaires (thèse d'exercice vétérinaire), résidents des collèges de spécialistes vétérinaires,
· Accompagnement d'étudiants en stage de master et doctorants en thèse de 3ème cycle), notamment dans le cadre de l'EUR UNITEID.
· Participer à la formation technique des utilisateurs et des stagiaires (bonnes pratiques de laboratoire, règles d'hygiène et sécurité), en lien avec l'assistante de prévention Hygiène et sécurité de l'UMR IHAP et des assistants de prévention des tutelles ENVT et INRAE.

Mission 4: appui logistique à l'activité du laboratoire de virologie clinique et de l'UMR IHAP

· Assurer la surveillance des équipements scientifiques, la maintenance de premier niveau et l'entretien du laboratoire
· Se former à la mise en oeuvre des nouvelles techniques dans le service et initier/accompagner les utilisateurs.
· Appliquer, en situation de travail, les bonnes pratiques de laboratoire, les règles d'hygiène et de sécurité et celles spécifiques à la manipulation de certains produits.
· Participer à la gestion des stocks et des commandes
· Participer activement à la mise à jour du processus qualité du laboratoire.

Savoirs
- Connaitre les techniques de biologie moléculaire de base
- Bonnes pratiques de laboratoire
- Savoir appréhender les risques chimiques et biologiques liés aux produits, matériels et techniques utilisées.
- Savoir utiliser les logiciels liés aux techniques expérimentales et à la présentation des résultats.
- Comprendre une documentation en anglais
- Bonnes capacités rédactionnelles
- Des notions de NGS et métagénomiques seraient appréciées.

Savoir-faire
- Organiser et conduire son activité avec rigueur, autonomie et fiabilité
- Savoir manipuler dans des conditions stériles et travailler en milieu confiné
- Savoir utiliser les équipements de base d'un laboratoire (thermocycleur, microscope, centrifugeuse, spectrophotomètre, balance, ...)
- Communiquer et collaborer avec les autres parties prenantes d'un projet.
- Savoir rendre compte, travailler en équipe
Savoir transférer ses connaissances pour l'accompagnement à l'utilisation d'outils