Ingénieur·e Référent·e du Plateau de Microbiologie H/F - INSERM-Délégation Régionale IDF Centre-Est

Le CRSA, Inserm U938, localisé au coeur de l'hôpital Saint-Antoine, est composé de 12 équipes de recherche, d'une équipe administrative, de 3 plateformes (Cytométrie et Imagerie, Spectrométrie de masse et Plateforme d'Hébergement et Expérimentation animale)) et de 2 plateaux (Immuno-essais et Microbiologie). Il regroupe environ 420 membres (chercheurs, enseignant-chercheurs, cliniciens, techniciens, ingénieurs, doctorants, post-doctorants et stagiaires). Les équipes de recherche travaillent sur des thématiques variées (cancérologie, maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), maladies articulaires, mucoviscidose, maladies neurodégénératives, maladies métaboliques...), mais ont toutes pour objectif commun de mieux comprendre les pathologies afin de pouvoir proposer de nouvelles stratégies de diagnostic et de traitements. L'objectif de l'équipe « Microbiote, Intestin et Inflammation » (MII), dirigée par Harry Sokol et Philippe Seksik et à laquelle le plateau de Microbiologie est rattaché, est de décortiquer les mécanismes sous-jacents aux interactions microbiote intestinal-hôte en physiologie et dans diverses pathologies, notamment les MICI, afin de développer des biomarqueurs et des traitements innovants. Les projets de recherche développés dans cette équipe s'appuient sur des expertises complémentaires. L'ensemble des équipements de microbiologie sont déjà mis en place sur le plateau et l'axénie sera mise en place sous l'impulsion de l'équipe MII courant 2026.Mission principale:

Au sein du plateau de microbiologie, localisé dans l'équipe MII, l'ingénieur.e d'études aura pour mission générale de renforcer et développer les projets "transdisciplinaires" intégrant une approche relative au microbiote intestinal et d'autres disciplines.
A cet effet, les missions plus spécifiques de l'ingénieur.e d'études seront de :
(i) cultiver des microbiotes (intestinaux ou pulmonaires, murins ou humains, issus de prélèvements de sujets sains ou de patients atteints de pathologies humaines) en aérobie, stations anaérobie, fermenteurs ou système d'intestin artificiel (SHIME®).
(ii) isoler des souches microbiennes à partir de ces microbiotes et participer à la gestion de la biocollection
(iii) participer à l'analyse de la composition et de la fonction de ces microbiotes (extraction d'ADN et métabolomique) et aux tests microbiologiques de surveillance des souris axéniques.
(iv) assurer la maintenance des équipements, en particulier de l'intestin artificiel.
(v) favoriser les collaborations entre l'équipe MII et les autres équipes du centre, mais également les équipes hors centre (collaborations académiques et industrielles nationales et internationales), pour l'étude de la composition et des fonctions des microbiotes grâce aux équipements disponibles sur le plateau de microbiologie.

Activités principales:

· concevoir, conduire et optimiser des expériences de microbiologie : préparation de milieux, ensemencement, isolement de micro-organismes (bactéries, phages, champignons), congélation de micro-organismes, culture de micro-organismes en conditions aérobie ou anaérobie, en tubes, en microplaques, en fermenteurs ou en SHIME® ;
· participer à la logistique concernant l'acheminement et le stockage des échantillons ;
· réaliser l'ensemble du processus d'analyse de composition des microbiotes : extraction d'ADN (fécal, pulmonaire, luminal, mucosal...), validation de la qualité de l'ADN extrait, analyse de la composition par PCR quantitative (PCR elle-même et analyse des résultats), préparation des échantillons d'ADN pour envoi au séquençage ;
· préparation, stockage et envoi des échantillons pour l'analyse de la fonction des microbiotes par métabolomique ciblée (dosage de métabolites)
· test des fonctions du microbiote sur cellules en culture in vitro (stimulation de lignées cellulaires, ou cellules primaires isolées de sang ou de biopsies de sujets sains ou de patients puis dosage de cytokines)
· réalisation des tests microbiologiques de surveillance des souris axéniques (tests sur gélose et PCR) (avec la possibilité pour l'ingénieur.e de s'impliquer pleinement au cours du temps dans les projets d'axénie au-delà des controles microbiologiques)
· choisir et adapter les technologies d'analyse et d'expérimentation en fonction des objectifs de recherche ;
· rédiger des procédures d'utilisation des équipements ;

Connaissances:

· Microbiologie appliquée et de l'environnement

· Biologie moléculaire

· Physiologie (notamment intestinale)

Savoir-faire:

Savoir-faire techniques :

· mettre en oeuvre des techniques de microbiologie et plus particulièrement de culture microbienne.

· mettre en oeuvre des techniques de biologie moléculaire de base (extraction ADN, PCR...)

· organiser et gérer des échantillons ou des collections de souches microbiennes

Autres savoir-faire :

· organiser et gérer différents projets en parallèle

· analyser et présenter ses résultats

· communiquer et gérer des relations avec les interlocuteurs internes, les interlocuteurs externes et les différents corps de métiers (techniciens, ingénieurs, chercheurs, médecins et enseignant-chercheurs)

· être disponible et organisé pour assurer la maintenance des équipements

· comprendre et s'exprimer en anglais scientifique

Aptitudes:

· Savoir travailler en équipe, se mettre au service d'autres équipes et interagir avec plusieurs corps de métiers

· Communiquer, être rigoureux et impliqué

· Partager ses idées avec ses interlocuteurs
Expérience(s) souhaité(s)
· Une expérience de culture microbienne en station anaérobie est souhaitée

· Des connaissances sur la culture microbienne en fermenteurs ou bioréacteurs serait un plus