Ingénieur en Analyse de Données en Transcriptomique H/F - Inserm

L'ingénieur(e) de recherche aura pour mission de structurer et de développer la plateforme bioinformatique du CRNL dédiée aux projets omiques. Cette plateforme sera mise à disposition de la communauté des laboratoires de neurosciences présents sur le site. L'ingénieur(e) accompagnera les équipes dans le design expérimental, la préparation des échantillons et l'analyse des données omiques. Il/elle se chargera également de former le personnel, de développer et d'évaluer de nouvelles techniques, ainsi que de superviser les projets, tout en assurant une gestion optimale des ressources techniques. Par ailleurs, il/elle devra anticiper les besoins en technologies et équipements, en menant des discussions aux niveaux local, régional et national, afin de proposer des solutions adaptées et proactives répondant aux attentes de la communauté scientifique.

Coordination et réalisation de projet:
· Assurer l'évolution des méthodes d'analyses bioinformatiques en standardisant les pipelines et en y intégrant les nouveaux outils, y compris ceux faisant appel à des approches d'intelligence artificielle et d'intégration d'analyses multimodales telles que les techniques d'in situ imaging, d'in situ sequencing et de protéomique.
· Gérer les moyens humains, techniques et financiers alloués aux dispositifs de production,de traitement et d'analyse de données.
· Participer à la rédaction de dossiers dans le cadre des demandes de financements e
· valoriser les résultats sous forme de publications et présentations orales.

Collaborations et réseaux :
· Collaborer avec tous les membres des équipes - chercheurs/cliniciens/autres - du CRNL et de la communauté des neurosciences sollicitant l'accès aux analyses de données transcriptomiques single-cell et spatiale.
· Collaborer avec la plateforme de génomique Profilexpert, de génomique des cancers (CRCL), de l'Equipex Spatial-Cell-Id dédiées à la production des données transcriptomiques.
· Collaborer avec les plateformes participant à la préparation des échantillons (cytométrie/CRCL, histologie/CIQLE, extraction des ARN et préparation les banques d'ADN pour le séquençage/CRNL, Profilexpert et CRCL).
· Collaborer avec les bioinformaticiens des autres instituts de recherche et hôpitaux environnants (équipe AIstroSight - INRIA -, HCL), dans les plateformes bioinformatiques (plateforme Gille Thomas CRCL) ainsi qu'au pôle régional de bioinformatique PRABI.
· Poursuivre l'animation initiée des réseaux professionnels locaux d'échange de compétences en bioinformatique (SFR santé Lyon-EST, MERIT, Spatial-Cell-Id, PRABI).
· Diffuser et valoriser les résultats et l'activité (présentation des résultats et des projets à des congrès nationaux et internationaux).

· Mettre en place et valider des outils innovants d'analyse bioinformatique pour traiter les données produites pour ou par les équipes de recherche.
· Mise au point et innovation des protocoles de préparation des éc

Connaissances

· Connaissances en biologie cellulaire et moléculaire, et en neurosciences

· Connaissance approfondie des approches méthodologiques de préparation d'échantillons pour l'isolation des cellules et particulièrement des noyaux (extraction noyaux/cellules, tri nucléaire/cellulaire, culture cellulaire, tissus primaires et modèles animaux).

· Connaissance approfondie des langages de programmation et d'analyse R et Python.

· Connaissance approfondie en analyse transcriptomique single-cell et spatiale incluant les données produites sur les plateformes 10x Genomics (single-cell, VisiumHD, Xenium), PARSE, STOmics (Stereo-seq) et Vizgen (Merscope).

· Connaissance des plateformes technologiques locales existantes.

· Langage de programmation (R notamment).

· Anglais scientifique et technique.

Savoir-faire
· Analyser et prioriser les besoins scientifiques, techniques et opérationnels.

· Élaborer et appliquer des plans de tests fiables et adaptés.

· Concevoir, structurer et gérer des bases de données.

· Assurer un management personnalisé et une gestion technique et financière efficace de la plateforme.

· Former étudiants et personnels aux outils et techniques de la plateforme.

· Concevoir et mettre en oeuvre des méthodologies efficaces pour la conduite de projets.

· Animer, promouvoir et développer les activités de la plateforme.

· Coordonner, superviser et valider les étapes clés des projets.

· Anticiper les évolutions technologiques et fonctionnelles.

· Conseiller et appuyer les décisions stratégiques des utilisateurs.

Aptitudes
· Rigueur, organisation et autonomie.

· Excellent relationnel.

· Capacité à développer un management personnalisé.

· Esprit d'équipe et de collaboration.

· Réactivité.

· Capacité d'adaptation.

· Curiosité pour les nouvelles technologies.