Développeur d'Outils pour Analyse et Catalogue de Données Génétiques H/F - Université Paris-Saclay

Au sein de la faculté de médecine, le Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP) est l'un des principaux établissements de recherche épidémiologique en France (https://cesp.inserm.fr/). Il est soutenu par trois institutions académiques : l'Inserm, l'Université Paris-Saclay et l'Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), ainsi que par plusieurs hôpitaux partenaires d'Île-de-France.

Au sein du CESP, l'équipe Exposome, Hérédité, Cancer et Santé étudie l'interaction entre l'exposome, qui regroupe les comportements et modes de vie liés à la santé, les expositions professionnelles et environnementales, ainsi que certaines caractéristiques biologiques et le patrimoine génétique. Ces études visent à mieux comprendre leur rôle dans la survenue et l'évolution de maladies fréquentes telles que le cancer, les maladies cardiométaboliques et les pathologies neurodégénératives.

Afin d'atteindre ses objectifs, le CESP ambitionne à bâtir une infrastructure de recherche de premier plan, mise à disposition de l'équipe et de l'ensemble de la communauté scientifique nationale. Dans ce contexte, l'équipe Exposome et Hérédité recherche un·e développeur·se/ Ingénieur·e informatique pour renforcer son pôle bioinformatique.Activités principales de l'agent·e :

1- Développement d'outils et de pipelines

- Développer et automatiser des pipelines pour l'analyse de données génétiques (imputation, GWAS, post-GWAS, scores polygéniques)
- Concevoir des API pour l'accès programmatique aux données
- Implémenter des outils facilitant la recherche, la visualisation ou l'analyse de données

2- Développement et maintenance des ressources génétiques

- Mettre en place des modèles de données adaptés aux formats génétiques (FASTA, GWAS).
- Organiser, documenter et assurer l'accessibilité des données de génotypage et des résultats génétiques
- Élaborer un catalogue de résultats de GWAS

3- Qualité, documentation et support

- Rédiger la documentation technique (pipelines, API, schémas de données)
- Participer à la définition des bonnes pratiques de gestion FAIR (Findable,
- Accessible, Interoperable, Reusable)
- Assurer un support technique aux utilisateurs internes
- Veille technologique et amélioration continue
- Suivre l'évolution des outils bio/informatiques et des standards omiques
- Proposer des améliorations continues du catalogue et de l'écosystème logiciel

Connaissances :

- Langages Python, R, Bash et Java (niveau expert)
- Bases de données (SQL)
- Formats et standards omiques
- Méthodologies et techniques statistiques et informatiques liées au traitement de données génétiques (approfondie)
- Standards FAIR, des métadonnées, et des référentiels biologiques
- Anglais: niveau B1 à B2 (CECRL)

Compétences opérationnelles :

- Concevoir et mettre en oeuvre des démarches de traitement et d'analyse de données génétiques
- Rédiger de la documentation technique et méthodologique (rapport, article)

Compétences comportementales :

- Autonomie, capacité d'analyse et de résolution de problèmes
- Bon relationnel et aptitude au travail en équipe pluridisciplinaire
- Rigueur scientifique et sens de l'éthique
- Sens du service public et de l'intérêt général
- Esprit d'initiative, d'analyse et de synthèse

Diplôme souhaité :

M2 ou doctorat en bioinformatique, épidémiologie génétique ou autres domaines associés