Ingénieur Informatique - Base de Données et Système d'Information Croptraits H/F - CNRS

Nous recherchons un ingénieur informatique (H/F) motivé pour rejoindre le projet CROPTRAITS, dont l'ambition est de développer le premier système d'information mondial, centralisé et interopérable, dédié aux traits fonctionnels des plantes cultivées. Cette ressource scientifique inédite rassemblera, harmonisera et diffusera des données provenant de publications, de bases existantes et de nouvelles collectes. Elle constituera un outil majeur pour la recherche en agroécologie, biodiversité, adaptation et conservation.
Une première version de la base de données CROPTRAITS - incluant un modèle relationnel complet sous PostgreSQL - a déjà été conçue et codée.
La personne recrutée aura pour missions principales de (i) finaliser l'infrastructure existante et en assurer l'optimisation, (ii) développer des outils et interfaces facilitant son utilisation par la communauté scientifique (API, tableaux de bord, modules de consultation...), et (iii) mettre en place des solutions garantissant la pérennité, la documentation et l'évolutivité de CROPTRAITS dans une logique d'ouverture (FAIR) et de long terme.
Activités
1) Finalisation et alimentation de CROPTRAITS :
- Vérifier et optimiser la structure de la base relationnelle existante (PostgreS QL).
- Intégrer de nouveaux jeux de données de traits issus de publications et de bases complémentaires.
- Concevoir, développer et maintenir des fonctionnalités front-end et back-end performantes et sécurisées.
- Développer et maintenir des API (FastAPI)
2) Développement d'outils de diffusion et de contribution :
- Terminer le développement de l'interface web de consultation et de téléchargement des données.
- Mettre en place un outil de data mapping pour faciliter l'import et la standardisation de nouvelles données (formats hétérogènes standard CROPTRAITS).
- Mettre en place l'interopérabilité avec d'autres bases.
3) Durabilité et évolutivité de CROPTRAITS :
- Proposer et mettre en oeuvre de bonnes pratiques de maintenance, sauvegardes et sécurité des données.
- Rédiger la documentation technique et assurer la reproductibilité.
- Former les chercheurs du consortium aux outils et procédures

Compétences
Profil recherché
Bac +4 en informatique, bio-informatique, data science ou équivalent.
Compétences techniques
o Maitrise en SGBD (Postgresql)
o Maîtrise en programmation et déploiement (python, R, React, bash, FastAPI)
o Versionning : gitlab
o Conteneurisation : Docker
o Des connaissances sur les principes F.A.I.R seraient un plus
o Des connaissances sur les métadonnées, les standards utilisés (EML,Darwin Core, Dublin Core..), les ontologies seraient un plus.
Compétences transversales
o Rigueur, autonomie, sens de l'organisation
o Capacité à travailler en équipe pluridisciplnaire
o Connaitre les bonnes pratiques en développement (versionning, documentation, norme de programmation, tests, notion de sécurité)

Contexte de travail

Le projet est porté par Lucie Mahaut, chercheure au Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE - Montpellier), l'un des plus grands laboratoires de recherche en écologie en France. Vous serez intégré·e à l'équipe ECOPAR (Écologie Comparative), qui développe une approche interdisciplinaire pour comprendre la diversité fonctionnelle des plantes et la résilience des agroécosystèmes. L'équipe possède une expertise reconnue dans la construction, la gestion et l'ouverture de bases de données mondiales sur la biodiversité. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un stagiaire de M2 recruté sur le même projet, en charge du développement d'un pipeline de text-mining dédié à l'extraction automatisée des données de traits fonctionnels à partir du web scientifique. Enfin, vous serez pleinement intégré·e au Pôle Numérique du CEFE, un collectif d'ingénieurs et développeurs spécialisés dans le développement d'outils numériques, la gestion de bases de données, l'analyse de données massives et le calcul scientifique. Le Pôle Numérique vous accompagnera pour garantir la mise en place des bonnes pratiques d'ingénierie logicielle, la sécurisation et l'optimisation des bases de données, ainsi que la diffusion ouverte et pérenne des ressources produites. Cet environnement stimulant vous permettra de contribuer au développement d'une infrastructure scientifique mondiale, destinée à devenir un outil clé pour comprendre et valoriser la diversité cultivée dans un contexte de transition agroécologique.
Le projet est porté par Lucie Mahaut, chercheure au Centre d'Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE - Montpellier), l'un des plus grands laboratoires de recherche en écologie en France. Vous serez intégré·e à l'équipe ECOPAR (Écologie Comparative), qui développe une approche interdisciplinaire pour comprendre la diversité fonctionnelle des plantes et la résilience des agroécosystèmes. L'équipe possède une expertise reconnue dans la construction, la gestion et l'ouverture de bases de données mondiales sur la biodiversité. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un stagiaire de M2 recruté sur le même projet, en charge du développement d'un pipeline de text-mining dédié à l'extraction automatisée des données de traits fonctionnels à partir du web scientifique. Enfin, vous serez pleinement intégré·e au Pôle Numérique du CEFE, un collectif d'ingénieurs et développeurs spécialisés dans le développement d'outils numériques, la gestion de bases de données, l'analyse de données massives et le calcul scientifique. Le Pôle Numérique vous accompagnera pour garantir la mise en place des bonnes pratiques d'ingénierie logicielle, la sécurisation et l'optimisation des bases de données, ainsi que la diffusion ouverte et pérenne des ressources produites. Cet environnement stimulant vous permettra de contribuer au développement d'une infrastructure scientifique mondiale, destinée à devenir un outil clé pour comprendre et valoriser la diversité cultivée dans un contexte de transition agroécologique.
Contraintes et risques

Aucune
Aucune