Bioinformaticien Agents Infectieux Spécialisé en Analyse de Génomes Bactériens H/F - Hôpital Saint-Louis

Mission principale
- L'implémentation et la mise en place des outils et des workflows d'analyses des données biologiques issues du séquençage haut-débit des génomes bactériens sur la plateforme Moabi
- Finalisation installation interphase pipeline pour le diagnostic de la syphilis
- L'administration et la maintenance des pipelines d'analyses des génomes bactériens
- La participation aux activités du site internet du cnr https://www.cnr-ist.fr/
- La veille scientifique afin de proposer les méthodes d'analyses de données de séquençage à la pointe de l'innovation
- La valorisation et le partage des application développées dans la communauté scientifique
- Le support technique & scientifique, et la formation des biologistes aux solutions bioinformatiques proposées

Personnel paramédical attribué au CNR des IST bactériennes
2 ingénieurs, 1 bio-informaticien, 1 technicien, 1 technicien ANRS/PHRC

PRE-REQUIS
Master ou doctorat en Biologie/Informatique (double compétence appréciée)

SAVOIR FAIRE REQUIS
- Maitrise de l'environnement UNIX/LINUX et d'un ou des langages de programmation (PYTHON,PERL, R, Bash...)
- Connaissance du gestionnaire snakemake et de Docker
- Maitrise des concepts et outils bioinformatiques en particulier ceux utilisés en génomique et pour l'analyse des données NGS
- Maitrise des bonnes pratiques de développement informatique amenant à la production d'un code fiable
- Organisation et gestion de projet
- Pratique courante de l'anglais scientifique écrit et oral

CONNAISSANCES ASSOCIEES
Formation en Bio-informatique