Ingenieur en Bioinformatique H/F - Hôpital Saint-Louis

Le laboratoire d'Hematologie est divise en plusieurs secteurs :

- Cytologie specialisee

- lmmunophenotypage

- Cytogenetique

- Hematologie moleculaire et biobanque

Liaisons hierarchiques

Biologistes du secteur d'hematologie

Chef de service Pr J. Soulier

Liaisons fonctionnelles :

Biologistes du laboratoire

lngenieur.es, Technicien.es, Cadres

Services cliniques et biologiques

Plateforme bioinformatique de l'APHP MOABI

Equipe de recherche de l'IRSL

Personnel non medical :

2 cadres medico-techniques

5 ingenieurs

36 techniciens

1 secretaire

2 agents de reception/logistique internes, vacataires

Personnel médical :

3 PU-PH

1 MCU-PH

5 PH

3 AHUPresentation de l'activite :

L'h6pital Saint-Louis et son lnstitut Hospitalo-Universitaire THEMA « Centre National de Medecine de Precision sur les Leucemies » est le premier centre europeen pour les hemopathies malignes (https://irsl.u-paris.fr/thema). Le laboratoire d'Hematologie de l'h6pital Saint-Louis occupe une place centrale dans le diagnostic et le suivi des patients, ainsi que dans la recherche clinique et translationnelle sur les maladies du sang.

Le laboratoire d'hematologie est a !'interface entre le soin et la recherche. En effet, les analyses cellulaires et moleculaires permettant de caracteriser les leucemies et les syndromes pre-leucemiques, de rechercher des predispositions genetiques a ces maladies et d'evaluer la reponse au traitement. De plus, le laboratoire continue de developper des approches innovantes d'analyse genomique et mener des travaux de recherche translationnels sur des echantillons de patients afin

de progresser dans la comprehension et le traitement de ces maladies.

Mission Generale :

Contribuer aux activites de soin et de recherche translationnelle du laboratoire en participant a l'archivage des donnees brutes generees par les differents secteurs, au developpement de pipeline d'analyse et a la structuration des resultats dans des bases de donnees interoperables pour lesbiologistes du laboratoire d'hematologie et la recherche.

Missions detaillees :

- Participer a l'archivage des donnees generees par le laboratoire (par exemple : donnees de cytometrie en flux, donnees de sequengage).

- Developper et maintenir des pipelines d'analyse de donnees generees par le laboratoire (par exemple : donnees de sequen9age capture, donnees de RNA-seq) et travailler en collaboration avec la plateforme de bio-informatique de l'APHP MOABI.

- Former les ingenieur.es et technicien.nes du laboratoire au lancement de ces analyses.

- Rediger des protocoles d'utilisation des outils developpes et de la gestion documentaire relative ala qualite.

- Participer a la mise en place d'une base de donnees interoperable des resultats des donnees de soins generees par le laboratoire pour permettre leur utilisation par les biologistes du laboratoire.

Profil:

Niveau I (Bac +4/+5)

Avoir des connaissances approfondies, theoriques et pratiques, en analyses courantes bio-

informatique en genomique et dans la gestion de bases de donnees.
Experience professionnelle souhaitee dans le milieu hospitalier ou la recherche en biologie

Competences/savoir-faire requis :

- Bonne maitrise des langages de programmation R, Python, Bash

- Utilisation de gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow)

- Utilisation des systemes d'exploitation Linux et de la compilation de logiciels

- Experience dans les principales analyses bio-informatique en sante (variant calling, RNA-seq)

- Experience dans la gestion de bases de donnees

Connaissances requises :

- Connaissances generales en medecine et en biologie, en particulier en genomique

- Connaissances generales en statistiques

- Maitrise de l'anglais ecrit

Qualites professionnelles requises :

- Grande rigueur dans le traitement des donnees

- Capacite d'organisation et d'initiative

- Apprecier le travail en equipe

- Motivation et dynamisme apprendre et developper de nouvelles competences