Assistant Ingénieur en Virologie et Génomique Cliniques H/F - ENVT

La demande de poste d'assistant ingénieur (H/F) s'inscrit dans le contexte du développement très important des projets de recherche en virologie clinique.

Cette activité couvre un large champ technique : biologie moléculaire, culture virale, sérologie, séquençage et appui à l'histopathologie moléculaire (technologie d'hybridation in situ et extraction d'acides nucléique à partir d'échantillons fixés et paraffinés).

Dans ce contexte, les objectifs du poste consistent, au sein de l'équipe VIRAL de l'UMR IHAP, à prendre en charge des essais de diagnostic et de recherche en virologie clinique.Mission 1: virologie clinique (diagnostic et recherche): biologie moléculaire et sérologie

- Réceptionner, enregistrer et stocker les échantillons selon un protocole de qualité défini, Tenir un cahier d'expériences, rassembler les résultats, les mettre en forme et en rendre compte.
- Réaliser, à partir de protocoles définis, des expériences de préparation et d'analyse utilisant un ensemble de techniques, notamment en biologie moléculaire (PCR conventionnelle, PCR temps réel, PCR digitale) et en sérologie (ELISA essentiellement, IHA ou séroneutralisation).
- Actualiser le dossier de protocoles techniques.

Missions 2: métagénomique clinique

- Participer à la mise au point et mettre en oeuvre les méthodes spécifiques de préparation des acides nucléiques en vue du séquençage NGS (technologie Oxford Nanopore notamment)
- Préparer des banques de séquençage NGS, lancement des essais («runs») de séquençage.
- Sauvegarder des données de séquençage NGS

Mission 3: missions transversales d'appui à l'activité du laboratoire de virologie clinique

- Contribuer à la surveillance des équipements scientifiques, la maintenance de premier niveau et l'entretien du laboratoire
- Se former à la mise en oeuvre des nouvelles techniques dans le service et initier/accompagner les utilisateurs
- Appliquer, en situation de travail, les bonnes pratiques de laboratoire, les règles d'hygiène et de sécurité et celles spécifiques à la manipulation de certains produits
- Participer à la gestion des stocks et des commandes
- Contraintes d'hygiène et sécurité relatives au travail en L2 et L3.
- Travail prolongé sous poste de sécurité microbiologique.
- Station debout et/ou assise prolongée.

L'activité de l'agent s'exercera sous la responsabilité de l'ingénieur de recherche qui pilote le plateau de virologie et génomique de l'unité IHAP (équipe VIRAL), sous l'autorité du Directeur de l'Unité IHAP. Il/elle interagira au quotidien avec les chercheurs, doctorants de l'équipe VIRAL et d'autres équipes de l'UMR IHAP.

L'agent interagira également avec les services support de l'ENVT (administratifs, techniques et informatiques) et les interlocuteurs externes du laboratoire.

Savoirs

- Connaitre les techniques de biologie moléculaire de base
- Bonnes pratiques de laboratoire
- Savoir appréhender les risques chimiques et biologiques liés aux produits, matériels et techniques utilisées.
- Savoir utiliser les logiciels liés aux techniques expérimentales et à la présentation des résultats.
- Comprendre une documentation en anglais
- Des notions de NGS, de métagénomique et de sérologie seraient appréciées.

Savoir-faire

- Organiser et conduire son activité avec rigueur, autonomie et fiabilité
- Savoir manipuler dans des conditions stériles et travailler en milieu confiné
- Savoir utiliser les équipements de base d'un laboratoire (thermocycleur, microscope, centrifugeuse, spectrophotomètre, balance, ...)
- Communiquer et collaborer avec les autres parties prenantes d'un projet.
- Savoir rendre compte, travailler en équipe
- Savoir transférer ses connaissances pour l'accompagnement à l'utilisation d'outils