Post-Doctorant Modélisation Moléculaire IA H/F - Université de Bordeaux

Le collège Sciences de la santé a pour mission l'enseignement et la recherche dans le domaine de la santé au sens large : sciences fondamentales, sciences appliquées aux médicaments et produits de santé, biologie médicale, sciences de la vie et de la santé publique, sciences de l'environnement, sciences médicales et sciences odontologiques.Ce projet de recherche vise à combiner des simulations moléculaires multi-échelles (tout atome et gros-grains, Martini) avec des approches d'intelligence artificielle afin d'élucider les mécanismes d'agrégation des peptides, notamment la formation de fibres amyloïdes, en présence de membranes de compositions lipidiques variées.

Dans des contextes pathologiques majeurs tels que la maladie d'Alzheimer ou les infections bactériennes résistantes aux antibiotiques, l'agrégation de peptides amyloïdogènes et leur interaction avec les membranes constituent des événements moléculaires déterminants. Malgré les avancées sur la structure des fibrilles amyloïdes, le rôle précis de l'environnement lipidique dans les étapes précoces de l'agrégation, l'insertion membranaire et la toxicité demeure insuffisamment compris.

Le projet développera un process analytique innovant, intégrant l'analyse de trajectoires de simulation par extraction de descripteurs, réduction de dimension, clustering et modélisation prédictive. Cette approche permettra l'élaboration d'un score de risque lipidique assisté par l'IA, visant à prédire la toxicité amyloïde en fonction de la composition membranaire.

Recherche scientifique :

- Vous mettez en oeuvre et analysez des simulations moléculaires multi-échelles (tout atome et gros-grains) de peptides amyloïdogènes en interaction avec des membranes lipidiques
- Vous étudiez les mécanismes d'agrégation peptidique, d'insertion membranaire et les relations entre composition lipidique et toxicité
- Vous développez et appliquez des méthodes d'analyse de trajectoires de simulation
- Vous intégrez des méthodes d'intelligence artificielle et de machine learning pour relier propriétés membranaires, comportements d'agrégation et toxicité
- Vous contribuez à la définition et à la validation d'un score de risque lipidique assisté par l'IA
- Vous participez à la rédaction de publications scientifiques, communications et rapports de projet

Enseignement et formation :

- Vous contribuez au développement de courts modules d'enseignement destinés à des étudiants de licence, master, doctorat et à des chercheurs
- Vous vous appuyez sur les données et résultats du projet pour illustrer : l'apport des simulations moléculaires, la valeur ajoutée de l'IA dans la recherche en santé, l'étude des mécanismes de physiopathologie et l'identification de pistes thérapeutiques
- Vous participez ponctuellement à des actions de formation ou de médiation scientifique

CDD dans le cadre d'un contrat de projet.

Modalités d'évaluation et de contrôle du résultat : Évaluation effectuée par les responsables lors d'entretiens réguliers

Formation recommandée: Doctorat en modélisation moléculaire, chimie physique, bioinformatique, chimie ou discipline étroitement apparentée

- Expérience en simulations de dynamique moléculaire, avec GROMACS ou des logiciels équivalents
- Solide expertise ou intérêt démontré pour la biophysique des membranes, les interactions protéines-lipides ou la recherche sur les amyloïdes
- Compétences en programmation Python (NumPy, pandas, MDAnalysis, scikit-learn), considérées comme une valeur ajoutée
- Connaissances de base à intermédiaires en apprentissage automatique, notamment en réduction de dimension, clustering ou apprentissage profond
- Forte créativité scientifique, capacité à travailler de manière autonome et collaborative dans un environnement de recherche interdisciplinaire et international
- Compétences en communication en anglais, à l'écrit comme à l'oral

Débutant.e accepté.e

Une 1ère expérience dans le domaine de l'enseignement supérieur ou de la formation serait souhaitable