Thèse Régulation Épigénétique du Devenir Mélanocytaire H/F - Aix Marseille Université

Établissement : Aix Marseille Université École doctorale : Recherches Biomédicales Laboratoire de recherche : MMG - Marseille Medical Genetics Direction de la thèse : Heather ETCHEVERS ORCID 0000000302013799 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-04-17T23:59:59 Ce projet de thèse établira les bases moléculaires de l'homéostasie des cellules pigmentaires et du développement pathologique, depuis différents types de nævus mélanocytaires congénitaux (NMC) jusqu'aux nodules prolifératifs géants associés aux NMC, qui sont histopathologiquement difficiles à distinguer du mélanome pédiatrique, ou le mélanome cutané et extra-cutané chez les enfants, adolescents et jeunes adultes. L'objectif est d'utiliser ce paradigme pour étudier les mécanismes de perturbation des transitions des prédispositions progénitrices compétentes à la prolifération, à la spécification et à la restriction du destin, puis à la différenciation contextuelle et à la structuration tissulaire. La thèse s'appuiera sur des modèles développés à partir de cellules humaines in vitro et de modèles animaux pour découvrir et tester les impacts de la variation de ces mécanismes.
Les nævus mélanocytaires « géants » congénitaux (NGC) et les nævus mélanocytaires acquis (NMA) sont tous les deux des accumulations délimitées à bords francs de mélanocytes, mais qui diffèrent par leur chronologie développementale, leur taille et leurs implications cliniques. Les NGC, présents dès la naissance, varient en taille (de 40 cm) et sont associés à des complications syndromiques graves (épilepsie, hydrocéphalie, moelle attachée basse avec symptômes neurologiques, néoplasies du système nerveux central). Leur surface totale de peau concernée corrèle avec un risque accru de mélanome prépubertaire, contrairement aux NMA, qui apparaissent après la naissance, sont petits (

Les NGC et NMA partagent un mosaïcisme pour des mutations activatrices de la voie RAS-MAPK (ex. : NRAS p.Q61, BRAF p.V600E), mais les mécanismes reliant cette signalisation à la régulation épigénétique (méthylation de l'ADN, modifications des histones) et à la détermination du destin cellulaire restent obscurs. Nos travaux préliminaires ont révélé des différences dans la triméthylation de H3K27 et l'instabilité chromosomique entre nodules prolifératifs et mélanomes associés aux NGC, suggérant un rôle clé de l'épigénétique dans leur pathogénie.

Ce projet s'appuie sur l'hypothèse que l'activation constitutive de la voie MAPK, combinée à des facteurs contextuels (microenvironnement tissulaire, interactions paracrines), module l'organisation de la chromatine et la plasticité des mélanocytes, influençant ainsi leur susceptibilité à la transformation néoplasique.

1. Comprendre les mécanismes épigénétiques (méthylation de l'ADN, organisation de la chromatine) liés à l'activation constitutive de la voie MAPK dans les nævi mélanocytaires.

2. Établir le lien causal entre la signalisation MAPK, la régulation épigénétique et la détermination du destin cellulaire des mélanocytes.

3. Caractériser la plasticité phénotypique des mélanocytes en fonction de leur contexte tissulaire et de leur origine.

4. Identifier les signatures chromatiniennes uniques associées au risque de transformation néoplasique, notamment dans les NGC de grande taille.

5. Développer des modèles expérimentaux (in vitro et in vivo) pour étudier la modulation contextuelle du destin mélanocytaire.

1. Analyses de l'organisation de la chromatine :

Différenciation in vitro de mélanocytes à partir de lignées de cellules souches pluripotentes induites (CSPi) issues de patients (NGC, RASopathies) et de donneurs sains. Comparaison avec des lignées isogéniques porteuses de mutations NRAS/BRAF introduites par CRISPR/Cas9. Techniques : Puces de profilage de la méthylation de l'ADN (MethylationEPIC v2), CUT&Tag, séquençage à haut débit de l'ADN et analyses bioinformatiques en aval, encadrées par l'équipe et notre plateforme interne GBiM.

2. Modulation fonctionnelle épigénétique :

Approches de gain/perte de fonction par CRISPR/Cas9 lentiviral ciblant des sites de liaison de facteurs de transcription ou des régions méthylées prioritaires. Évaluation des conséquences phénotypiques in vitro (prolifération, différenciation, réponses au stress oxidatif).

3. Caractérisation in vivo des phénotypes mélanocytaires et de leur plasticité :

Cet axe utilisera des modèles animaux conditionnels inductibles, des cultures d'explant, des organoïdes 3D ou des cultures de peau reconstruite. Nous mènerons une étude moléculaire de la modulation contextuelle du destin mélanocytaire après transplantation dans des portions vascularisées ou co-innervées et vascularisées d'oeufs de poule fertilisés. Nous nous appuyons sur des collaborations en cours avec des équipes à Paris et Édimbourg pour des raisons techniques mais également de formation pour que le/la doctorant.e puisse étendre son réseau professionnel et sa palette d'outils scientifiques.

M2 avec spécialisation dans les domaines d'oncologie, de génétique médicale, ou de biologie du développement. Compétences : Culture cellulaire stérile, notamment cellules souches pluripotentes induites, cellules primaires et/ou organotypiques ou 3D. Microdissection et techniques histologiques un plus. Intérêt pour la microscopie confocale ou à feuillets lumineux et l'analyse quantitatif d'images. Maîtrise de la bioinformatique (Python et/ou R) appréciée.

Qualités : Autonomie, curiosité, ouverture d'esprit, motivation et capacité de communication en anglais. Le candidat retenu saura les démontrer par des exemples concrets.