Thèse Sélection Sexuellement Antagoniste dans le Génome Humain Quand Comment quelles Conséquences H/F - Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health

Établissement : Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health
École doctorale : Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
Laboratoire de recherche : Écologie, Société et Évolution
Direction de la thèse : Guislaine REFRÉGIER ORCID 0000000346722140
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-03-23T23:59:59

Le projet de thèse visera à répondre, dans la continuité de précédents travaux de la principale encadrante, Elise Lucotte, à la question du timing de la sélection sexuellement antagoniste chez l'humain, ainsi que des mécanismes à l'origine des différences de fréquences alléliques entre les sexes, une signature de la sélection sexuellement antagoniste dans les populations. Dans un second temps il s'agira d'évaluer si des mécanismes d'atténuation de conflits ont émergé en réponse aux contraintes imposées par la sélection sexuellement antagoniste. Enfin, les conséquences en termes de fitness de ces conflits seront évaluées en explorant les maladies à incidences différentes entre les sexes chez l'humain.

Dans ce projet, le doctorant utilisera une méthode déjà développée (Lucotte et al. 2022) ainsi qu'une méthode en cours de développement pour détecter des distorsions de transmissions selon le sexe des enfants et/ou des parents directement au sein de données génomiques de trio parents enfant. Cette méthode est basée sur la comparaison de trois modèles de transmission, un modèle de transmission Mendélienne, un modèle de distorsion de transmission classique et un modèle de distorsion de transmission biaisée selon le sexe. Deux versions du modèle de transmission biaisée selon le sexe ont été développées : une version prenant en compte le sexe des enfants et une version prenant en compte le sexe des parents, permettant de décomposer la transmission des allèles à chaque sexe, d'en déterminer l'origine parentale et ainsi d'estimer le timing de la distorsion de transmission.
Plusieurs bases de données de séquençage à grandes échelles contenant un grand nombre de trios sont devenues récemment disponibles : la UK Biobank (900 trios) à laquelle nous avons accès, ainsi que Genome of England (12 000 trios), 1000 Genomes qui est publique (602 trios de 26 populations), augmentant considérablement la puissance de nos méthodes et créant une opportunité pour répondre à la question fondamentale de l'impact de la sélection sexuellement antagoniste sur l'évolution des populations humaines.
D'autre part, le projet évaluera la présence de mécanismes d'atténuation des effets néfastes du maintien de polymorphismes sexuellement antagonistes dans les populations humaines grâce à des données d'expression (RNAseq) publique chez l'humain (données GTEX 54 tissus sains pour 711 adultes et leurs génotypes, 232 femmes vs 479 hommes). Parmi ces mécanismes, on pourra évaluer la présence d'expression sexe-spécifique des allèles sous conflits, ainsi qu'une inversion de la dominance, c'est-à-dire que les individus hétérozygotes n'expriment pas le même allèle en fonction de leur sexe.
Ce projet fait partie du projet ANR JCJC DISCOSEX proposé pour la session 2026 par Elise Lucotte, et une extension du projet DISTORSEX qui a obtenu un « starting package » de la graduate school LSH pour 2026 (21K€). Il intervient en continuité avec les travaux précédents d'Elise Lucotte (co-directrice de thèse), qui ont permis d'identifier des régions génomiques sous sélection sexuellement antagoniste en utilisant des données génétiques de trios (parents + enfant).

Ce projet se découpe en trois objectifs : 1) Identifier les régions génomiques soumises à une sélection sexuellement antagoniste et déterminer quand les différences de fréquences alléliques entre les sexes apparaissent (pendant la production des gamètes, la fécondation, le développement embryonnaire ou après la naissance). 2) Étudier les mécanismes d'atténuation en analysant l'expression génétique sexuellement biaisée et les effets de dominance. 3) Relier les gènes candidats aux maladies à incidences différentes entre les sexes et aux phénotypes sexuellement dimorphiques. En intégrant des données de génomique, d'expression génique et de phénotype, ce projet apportera un éclairage nouveau sur la manière dont la sélection sexuellement antagoniste a façonné la diversité génétique humaine et la susceptibilité aux maladies, offrant ainsi des perspectives inédites sur la question fondamentale de l'impact des conflits sexuels sur l'évolution des espèces.

1)Analyse de données génétiques populationnelles (Python, plink, vcftools)
2)Analyse de données d'expression (Python, R)
3)Détection de transmission biaisée selon le sexe des enfants au sein de trio, selon la méthode développée précédemment (Lucotte et al. 2022). Cette méthode se base sur la comparaison de modèles de transmission en utilisant des tests de maximum de vraisemblance.
4)Détection de transmission biaisée selon le sexe des parents au sein de trio, selon une méthode en cours de développement. Cette méthode se base sur la comparaison de modèles de transmission en utilisant des tests de maximum de vraisemblance.
5)Etudes d'association (Genome Wide Association Study) (R)
6)Simulation de données populationnelles et de processus sélectifs (Python)

Compétences en bioinformatiques- un approfondissement de ces compétences pendant le doctorat par le biais de formation externe sera proposé.
Aisance dans au moins un de ces langages de programmation : R, Python, bash.
Maîtrise des concepts d'évolution et génétique des populations afin de pouvoir interpréter ses résultats.
Des connaissances en épidémiologie génétique seraient un plus mais ne sont pas obligatoires.
Capacité de travail en équipe, d'organisation de son travail et de communication avec ses encadrants.
Aisance en communication écrite et orale en français.
Aisance en communication orale et écrite en anglais, avec une appétence pour la littérature scientifique.
Intégrité scientifique et sens éthique indispensables.