Thèse Dalipt Décryptage des Altérations Génétiques dans la Llc Implications pour le Pronostic et les Stratégies Thérapeutiques H/F - Université de Limoges

Établissement : Université de Limoges
École doctorale : Biologie, Chimie, Santé
Laboratoire de recherche : Contrôle de la Réponse Immune B et lymphoproliférations
Direction de la thèse : Sophie PERON ORCID 0000000200563271
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-18T23:59:59

La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est un cancer fréquent des lymphocytes B, avec 4 674 nouveaux cas diagnostiqués en France en 2018. Sa diversité clinique s'explique en partie par des anomalies génétiques accumulées dans les cellules tumorales. Des mutations somatiques dans les gènes liés aux maladies hématologiques augmentent avec l'âge, ce qui pourrait contribuer à la forte incidence de la LLC chez les personnes âgées. Cependant, ces mutations ne suffisent pas à expliquer l'instabilité chromosomique et les lésions de l'ADN observées dans la LLC, souvent exacerbées par des altérations des mécanismes de réparation de l'ADN, essentielles à la progression et la résistance de la maladie aux traitements.
Notre projet de recherche vise à explorer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la génération de ces lésions. En particulier, nous nous intéressons à deux types de lésions génétiques : d'une part, les réarrangements chromosomiques atypiques affectant les gènes des immunoglobulines et, d'autre part, les réarrangements génétiques associés à la LLC avec trisomie 12.
Dans environ 5 % des cas, des remaniements chromosomiques impliquant un gène des immunoglobulines sont mis en évidence. Ce type de remaniement implique généralement des oncogènes connus (MYC ou BCL2), mais aussi des partenaires variés, parfois non identifiés. Nos travaux préliminaires ont permis d'identifier de nouveaux gènes partenaires pouvant constituer des oncogènes. Pour confirmer cette hypothèse, nous souhaitons modéliser dans des lignées cellulaires lymphoblastoïdes B humaines les remaniements chromosomiques identifiés par technique CRISPR-Cas9. Ceci nous permettra d'étudier les conséquences de ces remaniements sur la prolifération cellulaire et l'apoptose ainsi que les voies dérégulées, permettant de mieux comprendre la pathogénèse de la LLC et d'identifier potentiellement de nouvelles cibles thérapeutiques.
Parmi les anomalies génétiques, la trisomie 12 (T12) est la deuxième plus fréquente et est associée à des sous-groupes distincts de LLC marqués par des altérations chromosomiques variées. Nos résultats préliminaires montrent que les cellules LLC T12 ont une proportion élevée de cellules en phase S du cycle cellulaire, indiquant une prolifération accrue et une résistance potentielle aux agents chimiothérapeutiques. Ces cellules présentent en effet une fraction de cellules en phase S « quiescente » résistante aux dommages causés par la bléomycine, suggérant une tolérance accrue aux traitements de chimiothérapie.
Ces travaux visent à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la génération de ces lésions génétiques et leurs impacts cliniques. L'identification de marqueurs pronostiques et de nouvelles cibles thérapeutiques permettra à terme de mieux anticiper l'évolution de la LLC et d'adopter des stratégies thérapeutiques adaptées pour chaque sous-groupe de patients.

La Leucémie Lymphoïde Chronique (LLC) est un cancer caractérisé par la prolifération de lymphocytes B (LB) CD5+, CD23+ infiltrant les ganglions et avec phase circulante. Cette maladie touche principalement le sujet âgé chez qui elle constitue la première cause d'hyperlymphocytose. L'évolution est très variable d'un sujet à l'autre. En effet, certains patients auront une maladie indolente et ne nécessiteront jamais de traitement, tandis que d'autres auront une forme rapidement progressive avec instauration d'emblée d'une thérapeutique adéquate. Il existe de nombreux marqueurs pronostiques. Ainsi, le statut mutationnel de la région variable du gène des chaines lourdes (ou statut IGHV), la présence d'anomalies cytogénétiques récurrentes ou encore de mutations géniques sont systématiquement recherchés au diagnostic ou avant décision thérapeutique chez les patients atteints de LLC. Actuellement, des thérapeutiques ciblées, telles que les inhibiteurs de BTK et de BCL2, sont principalement utilisées. Cependant, certains patients développent des résistances au traitement.
La découverte de nouvelles voies oncogéniques est importante pour mieux comprendre la physiopathologie de cette maladie et pouvoir à terme proposer de nouvelles thérapeutiques ciblées.
L'étude des caryotypes des patients atteints de LLC met en évidence dans environ 5 % des cas des translocations impliquant les gènes des immunoglobulines (IG). Ce type de translocation est bien connu dans les lymphomes et permet la juxtaposition d'un élément enhancer des gènes des IG avec un oncogène qui est alors surexprimé. C'est le cas par exemple dans le lymphome de Burkitt avec le gène MYC ou encore dans le lymphome folliculaire avec le gène BCL2. La mise en évidence de nouveaux partenaires dans les translocations impliquant les gènes des IG peut permettre l'identification de nouveaux oncogènes.
A partir des caryotypes issus de la routine hospitalière, nous avons étudié plusieurs cas de translocations impliquant les gènes des IG et un partenaire non connu. Grâce aux données de séquençage du génome entier, nous avons ainsi pu identifier de nouveaux gènes partenaires jusqu'ici non décrits dans la littérature comme impliqués dans les syndromes lymphoprolifératifs, que ce soit sur le plan cytogénétique, mutationnel ou transcriptionnel. Nous nous intéressons particulièrement au gène RCC1 situé sur le bras court du chromosome 1, impliqué dans un cas de translocation IG. Très récemment, ce gène a été décrit comme impliqué dans des fusions avec IRF4 dans des cas de t(1;6)(p35;p25). Nous avons analysé l'expression génique par RNA-Seq total de ces cas, en comparaison avec les prélèvements sanguins de témoins sains et de cas de LLC sans translocation impliquant les gènes des IG. Les résultats mettent en évidence une surexpression de RCC1, impliqué dans le point de cassure. Le gène RCC1 est impliqué dans la régulation du cycle cellulaire, et son hyperexpression a été démontrée dans certains cancers solides (Ren et al.). Le point de cassure identifié est situé au niveau de l'intron 1 de RCC1, en amont d'un promoteur du gène et du codon initiateur au niveau de l'exon 2, ainsi qu'au niveau de la région Switch Gamma 3 du locus IGH. Ainsi, la translocation génère sur le dérivé 1 la juxtaposition de l'enhancer Eµ avec le promoteur de RCC1 et le codon initiateur. Par ailleurs, une analyse des résultats de cytogénétique réalisés dans un contexte de LLC au laboratoire d'Hématologie de Limoges a permis d'identifier 6 cas de translocations impliquant la région 1p35 et un partenaire non IG : la vérification de l'implication du gène RCC1 par FISH à façon est en cours, ce qui renforcerait l'intérêt de ce gène dans la LLC. D'autres gènes d'intérêt ont également été mis en évidence. En particulier, nous avons identifié le gène METRNL, avec des translocations IG ayant pour partenaires des gènes à proximité de celui-ci et entraînant sa surexpression.

Nous souhaitons établir la preuve de concept que ces gènes sont des oncogènes (Objectif 1). Dans un premier temps, nous nous focaliserons sur le gène RCC1. L'objectif primaire est d'établir un modèle cellulaire humain original de surexpression inductible de gène en reproduisant la translocation IGH::RCC1 par technique CRISPR-Cas9. En parallèle, un modèle de surexpression plasmidique sera utilisé. L'établissement de ces lignées cellulaires nous permettra d'étudier le potentiel oncogénique de cette translocation à travers l'analyse de la survie cellulaire, la prolifération et l'apoptose en comparaison avec une lignée cellulaire contrôle.

La trisomie 12 est la deuxième anomalie cytogénétique la plus fréquente décrite dans la LLC. C'est aussi la plus fréquente au stade de lymphocytose B monoclonale (considéré comme le stade antérieur à celui de la LLC). Pourtant le mécanisme physiopathologique de cette trisomie n'est pas encore élucidé. Cette anomalie, de pronostic intermédiaire dans les classifications, est associée à une évolution plus proliférative et plus courte que les LLC à cytogénétique normale et à délétion 13q isolée, mais le clone tumoral est moins agressif qu'en présence d'une délétion ou mutation de TP53. De façon spécifique dans ce groupe de LLC, on décrit une incidence plus élevée de syndrome de Richter, de thrombopénies et de cancers secondaires que dans les LLC sans trisomie 12. La trisomie 12 est considérée comme un événement génétique « driver ». Au cours de l'évolution, ces LLC acquièrent des évènements génétiques supplémentaires. Les plus fréquents sont les trisomies 19 et/ou 18, les délétions 14q et des mutations de NOTCH1 ou BIRC3. Une autre spécificité de ce groupe est la présence de translocations impliquant le locus de la chaine lourde des IG ou IGH,. Malgré ce tableau clinico-biologique spécifique, la physiopathologie des LLC avec trisomie 12 est peu décrite et n'aborde que des points ponctuels du mécanisme de dérégulation tumoral. Le chromosome 12 est composé de gènes importants, notamment AICDA et MDM2, pour les mécanismes recombinatoire, mutationnel, de prolifération et de réparation de l'ADN. La présence d'une copie supplémentaire et l'augmentation possible de leur dosage génique nous a orienté vers l'étude des activités recombinatoire et mutationnelle en lien avec AID et l'étude du cycle cellulaire et de l'apoptose en lien avec MDM2.
Des résultats préliminaires obtenus dans notre groupe confirment l'importance des différents sous-groupes de LLC avec trisomie 12 avec des spécificités au niveau du statut IGHV, de l'expression de gènes importants comme AID, MDM2 et MYC mais également au niveau du cycle cellulaire.
Ces données peuvent constituer des éléments à prendre en compte pour pondérer le risque intermédiaire des LLC avec trisomie 12. Ce travail préliminaire avec des résultats d'intérêt mérite d'être approfondi (Objectif 2) et notre projet a pour ambition de mener les expériences décrites ci-dessus sur un nombre suffisant de patients (n>10) de chaque groupe et en plus poursuivre ces travaux en i)
analysant la traduction protéique des gènes dont l'expression est détectée comme étant modulée dans les LLC avec trisomie 12 sur des culots cellulaires secs congelés ; ii) recherchant par des analyses cytogénétiques l'apparition ou non d'anomalies additionnelles après traitement à la bléomycine de cellules en culture de LLC de patients du groupe T12, pour mettre en évidence la permissivité de la trisomie 12 à l'accumulation d'autres anomalies cytogénétiques.

Les translocations impliquant les gènes des IG sont connues dans la LLC, mais souvent avec des partenaires non identifiés. Or, les gènes identifiés et impliqués de façon récurrente sont des oncogènes qui, pour certains, peuvent être ciblés en thérapeutique tels que BCL2.
Découvrir de nouveaux gènes partenaires, potentiels oncogènes, et a fortiori impliqués de façon récurrente, comme cela semble être le cas pour RCC1 qui est également décrit dans des translocations avec IRF4, pourra probablement permettre d'identifier de nouvelles voies oncogéniques.
Concernant la trisomie 12 dans la LLC, bien que la trisomie 12 soit la deuxième anomalie cytogénétique la plus fréquente dans la LLC, son rôle oncogénique n'est encore que peu compris dans la physiopathologie. Au sein d'une pathologie déjà très hétérogène d'un point de vue clinique ou biologique, cette anomalie ajoute un niveau de complexité supplémentaire avec différents sous-groupes sans pouvoir les discriminer aisément. En effet, au sein d'un pronostic initial intermédiaire d'un point de vue cytogénétique si la trisomie 12 est isolée, on retrouve au final des pronostics très divers du fait des anomalies cytogénétiques additionnelles et de la complexité du caryotype ainsi qu'une évolution clonale hétérogène. Cela démontre l'importance des études de la physiopathologie de la trisomie 12 et d'analyser les sous-groupes afin de mettre en évidence des différences pouvant expliquer les pronostics variés.

Nous recherchons un/une doctorant(e) motivé(e) et rigoureux/se, ayant un fort intérêt pour la biologie moléculaire et cellulaire, la régulation de l'expression génique et les mécanismes épigénétiques associés aux cancers.
Des notions concernant le développement normal des lymphocytes B seront appréciées mais ne sont pas un prérequis.

Compétences générales Requises :
-Autonomie et rigueur scientifique : capacité à organiser et mener ses expériences de manière autonome
-Travail en équipe : collaboration avec d'autres chercheurs et bio-informaticiens
-Capacités de communication : rédaction de présentations en conférences et séminaires
-Maîtrise de l'anglais scientifique (écrit et oral)

Formation et expérience souhaitées
-Master 2 en biologie moléculaire, biotechnologie, bioinformatique ou domaine connexe
-Expérience pratique en biologie moléculaire et/ou en génomique
-Expérience en culture cellulaire
-Connaissance des approches de séquençage à haut débit
-Connaissances de cytogénétique

Connaissances appréciées mais non requises : traitement et analyse de données issues du séquençage haut débit
oFamiliarité avec des outils bioinformatiques pour l'analyse de RNA-seq et Hi-C (ex. HiCExplorer, DESeq2, EdgeR)
oNotions en R ou Python pour l'analyse des données transcriptomiques et épigénétiques
oUtilisation de bases de données publiques (TCGA, ENCODE) pour comparer les profils d'expression