Ingénieur·e en Immunologie H/F - Nantes Université

Le poste s'intègre dans le groupe du Dr Matthieu Giraud dans l'équipe 2a du CR2TI. L'équipe 2a est constituée de 4 groupes dirigés par 4 chercheurs avec des compétences complémentaires dans le champ de la tolérance immunologique et du développement des cellules immunologiques. La thématique du groupe du Dr Giraud est principalement axée sur la tolérance immunologique centrale imposée par le thymus ainsi que son développement, avec un fort axe sur la biologie des cellules épithéliales thymiques médullaires (mTEC) et leur rôle dans la sélection des lymphocytes T.

L'ingénieur-e d'étude recruté-e aura pour mission principale l'isolement et la caractérisation des sous-populations de cellules épithéliales thymiques médullaires (mTEC) à partir d'échantillons de thymus humains, dans le cadre de la constitution d'un atlas de RNA-seq total des mTEC. Il/elle participera également à la caractérisation de la lignée cellulaire mTEC 4D6 avec et sans expression d'AIRE, incluant la préparation de librairies pour le séquençage RNA-seq total et le ribo-seq.

Activités principales

· Isolement des cellules épithéliales thymiques médullaires (mTEC) à partir d'échantillons de thymus humains obtenus en chirurgie cardiaque. Mise en oeuvre de la stratégie d'isolement par digestion mécanique et enzymatique, sélection par billes magnétiques (CD45- EpCAM+) et tri cellulaire FACS (CD205- HLA-DR+). Isolement des sous-populations mTEC high (AIRE+ MHC-II high) et mTEC low à partir d'environ 35 donneurs (105 échantillons au total).

· Préparation des librairies de RNA-seq total à partir des mTEC isolées en utilisant le kit SMARTER stranded total RNA-seq. Culture et transfection de la lignée cellulaire mTEC 4D6 avec un vecteur d'expression AIRE pour générer des cellules 4D6-AIRE+. Préparation d'échantillons pour le séquençage RNA-seq total (short et long reads) et le ribo-seq.

· Analyse par cytométrie en flux (FACS) et immunofluorescence des populations cellulaires isolées. Gestion des réactifs, consommables et matériels nécessaires au projet. Contribution à la rédaction de rapports d'avancement et à la valorisation des résultats (publications, présentations).

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- Formation et/ou qualification : Le candidat doit posséder un Master 2 ou un diplôme d'ingénieur en biologie cellulaire, immunologie ou biologie moléculaire

- Expériences antérieures bienvenues pour occuper le poste : expérience minimale souhaitée de 2 ans