Thèse Dynamiques Éco-Épidémiologiques dans des Systèmes Vertebres Marins-Pathogènes Approches Integrees H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau
Laboratoire de recherche : CEFE - Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive
Direction de la thèse : Thierry BOULINIER ORCID 0000000258987667
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-07T23:59:59

La description et la compréhension des facteurs affectant la circulation d'agents infectieux dans les populations animales et leurs effets sur leur démographie sont importantes d'un point de vue fondamental, mais aussi appliqué. Ceci est en particulier illustré actuellement dans le cas des virus responsables de l'Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP) dans les populations de vertébrés sauvages, avec des implications en termes de conservation de la biodiversité, mais aussi potentiellement de risque zoonotique. Les épizooties récurrentes de choléra aviaire affectant plusieurs espèces d'oiseaux marins dans les terres australes sont aussi un sujet de préoccupation. Les menaces dues à des maladies infectieuses viennent en plus d'autres menaces du changement global associé aux activités humaines (réchauffement climatique, exploitation des ressources, espèces introduites...), et il est primordial de disposer de données sur l'état éco-épidémiologique de ces systèmes et de comprendre leurs dynamiques. Ceci est le cas de populations en France métropolitaine, mais aussi dans les zones polaires, où certains changements sont particulièrement forts. Dans le cadre de ce doctorat, il s'agira de d'explorer par l'analyse de données les facteurs affectant les dynamiques éco-épidémiologiques dans ces systèmes et l'utilité potentielle de mesures de gestion. En termes de mesures de gestions, il pourra être abordé l'importance de stratégies de suivi des dynamiques éco-épidémiologiques dans le temps et dans l'espace, et le recours potentiel à des approches vaccinales. Les travaux seront l'occasion d'illustrer l'importance de considérer les particularités de l'écologie (traits d'histoire de vie, mode d'approvisionnement alimentaire, phénologie, proportion du temps de présences aux colonies) et de l'immunologie des espèces hôtes, ainsi que les modes de transmission et la virulence des agents infectieux. Les analyses de données reposeront sur des jeux de données originaux acquis par l'équipe d'accueil (données observationnelles mais aussi expérimentales, intégrant différentes approches : démographie, sérologie, détection par PCR, suivi de déplacement par pose de GPS-UHF, phylogénétique) dans des systèmes naturels clefs, notamment dans la Réserve Nationale des Terres Australes (projets IPEV ECOPATH, ANR WILDFLU, CWRF). Les résultats pourront être utiles pour optimiser la mise en place de plans de surveillance sanitaire et de conservation de la biodiversité dans les systèmes étudiés. Les modèles utilisés combineront des modèles en compartiments afin de considérer les dynamiques écologiques et épidémiologiques.

La description et la compréhension des facteurs affectant la circulation d'agents infectieux dans les populations animales et leurs effets sur leur démographie sont importantes d'un point de vue fondamental, mais aussi appliqué. Ceci est en particulier illustré actuellement dans le cas des virus responsables de l'Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP) dans les populations d'oiseaux sauvages, avec des implications en termes de conservation de la biodiversité, mais aussi potentiellement du risque zoonotique. Les épizooties récurrentes de choléra aviaire affectant plusieurs espèces d'oiseaux marins dans les terres australes sont aussi un sujet de préoccupation. Les menaces dues à des maladies infectieuses viennent en plus d'autres menaces du changement global associé aux activités humaines (réchauffement climatique, exploitation des ressources, espèces introduites...), et il est primordial de disposer de données de base sur l'état éco-épidémiologique de ces systèmes et de comprendre leurs dynamiques. Ceci est le cas de populations en France métropolitaine, mais aussi dans les zones polaires, où certains changements sont particulièrement forts. Les populations de vertébrés se reproduisant en colonies, comme les manchots, albatros, fous de Bassan ou otaries, sont particulièrement importantes à étudier car elles peuvent subir des épisodes de mortalités pouvant atteindre des centaines voire des milliers d'individus. Elles partagent aussi la particularité d'être distribuées une partie de l'année en unités discrètes, les colonies de reproduction, au sein et entre lesquelles la transmission d'agents infectieux peut être étudiée d'une manière plus simple que dans des communautés moins structurées dans l'espace et comprenant de plus grandes diversités d'espèces d'hôtes. Par ailleurs, une large partie de ces espèces sont menacées, en particulier parmi les oiseaux marins. Dans ce contexte, l'équipe d'accueil du projet doctoral développe une approche intégrée d'écologie des maladies infectieuses, combinant différentes approches, comme par exemple dans le contexte de l'émergence de l'IAHP dans les communautés de vertébrés marins des terres australes (Clessin et al. 2025, Lejeune et al. 2026).

Dans le cadre de ce doctorat, il s'agira de d'explorer par la modélisation les facteurs affectant les dynamiques éco-épidémiologiques dans ces systèmes et l'utilité potentielle de mesures de gestion. En termes de mesures de gestions, il pourra être abordé l'importance de stratégies de suivi des dynamiques éco-épidémiologiques dans le temps et dans l'espace, et le recours potentiel à des approches vaccinales. Pour ce qui de l'optimisation de stratégies de suivi des dynamiques éco-épidémiologiques, il sera notamment considéré des espèces pouvant jouer le rôle sentinelles, parmi les charognards ou celles à mode de reproduction en colonies denses, ainsi que l'utilisation de différents outils de détection de l'exposition à des agents infectieux particulier (détection directe par PCR versus indirecte par la sérologie, intégration de données de phylogénomique...). Les travaux seront l'occasion d'illustrer l'importance de considérer les particularités de l'écologie (traits d'histoire de vie, mode d'approvisionnement alimentaire, phénologie, proportion du temps de présences aux colonies) et de l'immunologie des espèces hôtes, ainsi que les modes de transmission et la virulence des agents infectieux. Ils permettront d'explorer les effets possibles de mesures gestions, telles que l'éradication d'espèces introduites et des approches vaccinales.

Les analyses reposeront sur des jeux de données et d'échantillons originaux acquis par l'équipe d'accueil (données observationnelles mais aussi expérimentales, intégrant différentes approches : démographie, sérologie, détection par PCR, suivi de déplacement par pose de GPS-UHF, séquençage et phylogénomique) dans des systèmes naturels, notamment dans la Réserve Nationale des Terres Australes. Des approches par simulations permettront d'explorer et prédire l'intérêt de différents scénarios de gestion. Les modèles utilisés combineront des modèles en compartiments afin de considérer les dynamiques écologiques et épidémiologiques (modèles de type SEIR).

Master en écologie, biologie évolutive, épidémiologie ou microbiologie. Forte motivation pour la recherche en écologie des populations, éco-épidémiologie et pour l'intégration d'une diversité d'approches complémentaires. Curiosité, rigueur, intérêt pour le travail en équipe dans le contexte de collaboration nationales et internationales. Une expérience en modélisation en écologie et/ou épidémiologie est recommandée. Une expérience de terrain en écologie des populations sur les vertébrés est aussi un avantage.