Outils d'Analyse de Séries Temporelles d'Images Microscopiques 3D H/F - INRIA

A propos d'Inria

Inria est l'institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 215 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3900 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l'interface d'autres disciplines. L'institut fait appel à de nombreux talents dans plus d'une quarantaine de métiers différents. 900 personnels d'appui à la recherche et à l'innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde. Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 200 start-up. L'institut s'eorce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l'économie.

Outils d'analyse de séries temporelles d'images microscopiques 3D

Type de contrat : CDD

Niveau de diplôme exigé : Bac +5 ou équivalent

Fonction : Ingénieur scientifique contractuel

Niveau d'expérience souhaité : Jusqu'à 3 ans

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

L'Inria est l'Institut national de recherche en sciences du numérique, dont le centre Inria d'Université Côte d'Azur fait partie. Avec une forte expertise en informatique et mathématiques appliquées, les projets de recherche du centre Inria d'Université Côte d'Azur touchent toutes les dimensions des sciences et technologies du numérique, et génèrent de l'innovation. Implanté principalement à Sophia Antipolis, mais également à Nice ou Montpellier, il regroupe 47 équipes de recherche et neuf services d'appui. Il est présent dans les domaines de l'intelligence artificielle, la science des données, la sécurité des systèmes informatiques, la robotique, l'ingénierie de réseaux, la prévention des risques naturels, la transition écologique, la biologie numérique, les neurosciences computationnelles, les données de santé... Le Centre Inria d'Université Côte d'Azur est un acteur majeur en termes d'excellence scientifique par les résultats obtenus et les collaborations tant au niveau européen qu'international.

Contexte et atouts du poste

Le projet ciblé « Filling the gaps between scales to understand biomass properties » () issu du PEPR B-BEST () vise à explorer les différentes propriétés (chimiques, morphologiques, etc) de différents types de biomasse (arbres, plantes, algues) en vue de leur utilisation potentielle pour la production de biocarburants et bioproduits.

Dans ce contexte, le travail mené porte plus spécifiquement sur la déconstruction enzymatique de la biomasse lignocellulosique, en collaboration avec l'UMR FARE (Reims). L'objectif scientifique est de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à la libération de sucres fermentescibles, en particulier du glucose, sous l'action synergique de plusieurs familles d'enzymes. L'approche développée repose sur une combinaison originale de microscopie confocale pour imager la tige de maïs au cours de l'hydrolyse enzymatique, traitement d'images 4D (espace + temps), modélisation mathématique des phénomènes de déconstruction.

Afin d'être exploitables, les séries temporelles d'images microscopiques utilisées requièrent des pré-traitements spécifiques. Cette mission vise à intégrer des outils existants dans un cadre les rendant fonctionnels pour des utilisateurs non-informaticiens.

Mission confiée

Un protocole expérimental d'acquisition de séries temporelles a déjà été développé afin de suivre l'évolution de la biomasse lignocellulosique pendant l'hydrolyse enzymatique [1]. L'ingénieur d'étude recruté interagira avec les ingénieurs en charge de la collecte des données afin de participer à leur validation.

Des outils numériques existent déjà pour le traitement de séries temporelles acquises sur le bois d'épicéa [1, 2], présentant une structure tissulaire relativement homogène. La mission principale consistera à adapter et étendre ces outils au cas de la tige de maïs, dont l'organisation tissulaire est plus hétérogène et nécessite des approches d'analyse spécifiques.L'ingénieur d'étude contribuera au développement d'outils informatiques permettant :

- le traitement des séries temporelles acquises pendant l'hydrolyse enzymatique, en particulier la correction du mouvement de l'échantillon imagé, et
- l'extraction d'indicateurs morphologiques quantitatifs aux échelles tissulaire et cellulaire.

Les outils développés auront vocation à être intégrés dans un environnement existant de traitement d'image et de modélisation afin de favoriser leur diffusion et leur utilisation, par des utilisateurs non informaticiens, dans le cadre du projet.

[1] Zoghlami, A., Refahi, Y., Terryn, C., & Paës, G. (2020). Three-dimensional imaging of plant cell wall deconstruction using fluorescence confocal microscopy. Sustainable Chemistry, 1(2), 75-85.

[2] Hossein Khani, S., Ould Amer, K., Shiasi Ghalemaleki, F., Corré, M., Remy, N., Habrant, A., Lebas, B., Massah J., Faraj A., Paës G., Refahi, Y. (2026). Plant Cell Wall Enzymatic Hydrolysis: Predicting Yield Dynamics from Autofluorescence and Morphological Temporal Changes, Bioresource Technology, 442 (2026), p. 133642.

[3] Hossein Khani, S., Remy, N., Ould Amer, K., Lebas, B., Habrant, A., Malandain, G., Paës, G., & Refahi, Y. (2025). Time-lapse 3D image datasets of spruce tree wood enzymatic deconstruction. Data in Brief, 60, 111618.

Principales activités

- Travaux d'expérimentation (numérique)
- écriture de code
- génération de résultat
- Présentation (orale) des résultats obtenus

Compétences

- Capacité à travailler en équipe dans un contexte pluri-disciplinaire
- Langage python (expérience de programmation requise, utilisation de scipy/numpy)
- Utilisation de gestionnaire de version (git, etc)

Avantages

- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
- Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
- Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
- Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des oeuvres sociales d'Inria)
- Accès à la formation professionnelle
- Sécurité sociale

Rémunération

A partir de 2692 €brut mensuel (selon diplôme et expérience)