Thèse Modulation du Microbiote Digestif par l'Activité Physique Adaptée et l'Alimentation pour Prévenir la Fragilité Physique au Cours de la Maladie Rénale Chronique H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
Laboratoire de recherche : VBIC- Virulence Bactérienne et Infections Chroniques
Direction de la thèse : Jean-Philippe LAVIGNE ORCID 0000000294840304
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59

Avec une prévalence entre 8 et 10% de la population générale, la prise en charge de la Maladie Rénale Chronique (MRC) constitue un enjeu majeur de santé publique autant en France que dans les pays du Sud. Elle est associée à un risque accru de maladies cardiovasculaires et est particulièrement importante dans les populations défavorisées . Deux facteurs environnementaux apparaissent comme des facteurs de risques importants et potentiellement modulables : l'alimentation et l'activité physique. Leur mécanisme d'action implique des modifications des voies métaboliques et du microbiote.
L'alimentation et l'accessibilité alimentaire jouent un rôle majeur dans la prise en charge de la MRC, à la fois sur la progression de la maladie et sur la prévention de ses complications. Le régime méditerranéen, reconnu pour ses bénéfiques cardiovasculaires, est désormais recommandé chez les patients atteints de MRC. Les recommandations KDIGO 2024 préconisent un régime hypoprotidique (moins de 0,8 g/kg/j), puis hyperprotidique dans la suppléance (1,2 g/kg/j) avec une réduction des apports en protéines animales au profit des protéines végétales.
De tels régimes sont connus pour modifier la composition et l'activité du microbiote intestinal. Celui-ci produit de nombreuses molécules biologiquement actives, dont des toxines urémiques, qui s'accumulent à mesure que la fonction rénale décline et jouent un rôle clé de médiateurs dans la physiopathologie de la MRC. Ces métabolites peuvent avoir des effets bénéfiques ou délétères, notamment les dérivés du métabolisme du tryptophane. Ils résultent de composés alimentaires métabolisés par le microbiote intestinal puis absorbés au niveau de l'épithélium intestinal. Il a par ailleurs été montré que le microbiote intestinal influençait la masse et la fonction musculaire, établissant l'existence d'un axe microbiote intestinal-muscle. Les patients atteints de MRC présentent une dysbiose intestinale, et au cours de l'évolution de la maladie, le microbiote devient une source prédominante de toxines urémiques et du passage de composants bactériens dans la circulation générale. L'altération de la barrière intestinale et l'augmentation de sa perméabilité vont favoriser les effets systémiques de ces toxines urémiques, notamment sur la fonction musculaire, contribuant à la sarcopénie urémique et à la fragilité physique. Le passage de composants bactériens favorise l'inflammation infra-clinique. Ainsi, le microbiote intestinal apparaît à la fois comme un acteur clé et une cible thérapeutique potentielle de la MRC. Sa modulation par des interventions non médicamenteuses telles que l'alimentation adaptée et l'activité physique pourrait modifier la production de toxines urémiques, éviter le passage sanguin de bactéries et contribuer à la prévention ou à la réduction de la fragilité physique chez ces patients.
L'objectif principal de ce travail de thèse est d'évaluer l'impact de l'alimentation et de l'activité physique sur le développement d'un microbiote intestinal bénéfique, capable de limiter la sarcopénie urémique chez les patient atteints de MRC. L'objectif secondaire est d'identifier des marqueurs inflammatoires humains associés à l'évolution de la MRC et de la fonction musculaire. La thèse sera menée au sein du laboratoire VBIC (INSERM U1047), spécialisé dans l'étude des microbiotes (Plateforme Micro&Bio), en collaboration avec le laboratoire PHYMEDEX (INSERM U1046).

Avec une prévalence entre 8 et 10% de la population générale, la prise en charge de la Maladie Rénale Chronique (MRC) constitue un enjeu majeur de santé publique autant en France que dans les pays du Sud. Elle est associée à un risque accru de maladies cardiovasculaires et est particulièrement importante dans les populations défavorisées . Deux facteurs environnementaux apparaissent comme des facteurs de risques importants et potentiellement modulables : l'alimentation et l'activité physique. Leur mécanisme d'action implique des modifications des voies métaboliques et du microbiote.
L'alimentation et l'accessibilité alimentaire jouent un rôle majeur dans la prise en charge de la MRC, à la fois sur la progression de la maladie et sur la prévention de ses complications. Le régime méditerranéen, reconnu pour ses bénéfiques cardiovasculaires, est désormais recommandé chez les patients atteints de MRC. Les recommandations KDIGO 2024 préconisent un régime hypoprotidique (moins de 0,8 g/kg/j), puis hyperprotidique dans la suppléance (1,2 g/kg/j) avec une réduction des apports en protéines animales au profit des protéines végétales.
De tels régimes sont connus pour modifier la composition et l'activité du microbiote intestinal. Celui-ci produit de nombreuses molécules biologiquement actives, dont des toxines urémiques, qui s'accumulent à mesure que la fonction rénale décline et jouent un rôle clé de médiateurs dans la physiopathologie de la MRC. Ces métabolites peuvent avoir des effets bénéfiques ou délétères, notamment les dérivés du métabolisme du tryptophane. Ils résultent de composés alimentaires métabolisés par le microbiote intestinal puis absorbés au niveau de l'épithélium intestinal. Il a par ailleurs été montré que le microbiote intestinal influençait la masse et la fonction musculaire, établissant l'existence d'un axe microbiote intestinal-muscle. Les patients atteints de MRC présentent une dysbiose intestinale, et au cours de l'évolution de la maladie, le microbiote devient une source prédominante de toxines urémiques et du passage de composants bactériens dans la circulation générale. L'altération de la barrière intestinale et l'augmentation de sa perméabilité vont favoriser les effets systémiques de ces toxines urémiques, notamment sur la fonction musculaire, contribuant à la sarcopénie urémique et à la fragilité physique. Le passage de composants bactériens favorise l'inflammation infra-clinique. Ainsi, le microbiote intestinal apparaît à la fois comme un acteur clé et une cible thérapeutique potentielle de la MRC. Sa modulation par des interventions non médicamenteuses telles que l'alimentation adaptée et l'activité physique pourrait modifier la production de toxines urémiques, éviter le passage sanguin de bactéries et contribuer à la prévention ou à la réduction de la fragilité physique chez ces patients.

L'objectif principal de ce travail de thèse est d'évaluer l'impact de l'alimentation et de l'activité physique sur le développement d'un microbiote intestinal bénéfique, capable de limiter la sarcopénie urémique chez les patient atteints de MRC. L'objectif secondaire est d'identifier des marqueurs inflammatoires humains associés à l'évolution de la MRC et de la fonction musculaire.

Le/la doctorant(e) mènera ses recherches sur un sous-groupe de patients en France et Côte d'Ivoire : Suivi des cohortes de patients et identification des sous-groupes de patients issus de la cohorte et inclus dans l'étude Microbiote. Réalisation des extractions d'ADN à partir des selles et du sang. Réalisation du séquençage métagénomique Shotgun (NextSeq 2000, Illumina). Analyse bioinformatique des données de métagénomique digestive et sanguine (baseline, évolution temporelle). Analyse par méthode ELISA de marqueurs de perméabilité digestive et de translocation bactérienne.
L'analyse des métabolites du microbiote intestinal (par métabolomique non ciblée par LC-MS-MS) sera réalisée sur un sous-groupe de patients en France et Côte d'Ivoire pour déterminer les métabolites bactériens associés à la gravité de la pathologie, et aux états de transition (protéines animales vs végétales ; avant et après dialyse).
Tâches transversales : Intégration des données cliniques ; Interface avec les résultats des analyses de métabolomique (toxines urémiques) (Thèse n°2) ; Participation aux publications scientifiques ; Communication des résultats lors de congrès.

-Compétences techniques : Maitrise des techniques de biologie moléculaire et d'ELISA ; notion ou bases en bioinformatique
-Compétences analytiques : Capacité à traiter et analyser des données biologiques complexes. Une appétence pour la bioinformatique serait appréciée.
-Aptitudes personnelles : Rigueur scientifique et organisationnelle, curiosité intellectuelle, autonomie, capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire (chercheurs, cliniciens, microbiologistes) et à gérer plusieurs aspects d'un projet de recherche. Bonnes compétences de communication écrite et orale en français et en anglais.