Thèse Déterminants Épidémiologiques et Environnementaux de la Transmission du Paludisme Zoonotique à l'Interface Village-Forêt au Cambodge H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
Laboratoire de recherche : MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle
Direction de la thèse : Anne POINSIGNON ORCID 0000000329214486
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59

Les efforts d'élimination du paludisme en Asie du Sud-Est, et en particulier au Cambodge, sont aujourd'hui confrontés à l'émergence de parasites d'origine simienne, notamment Plasmodium knowlesi, qui circulent entre les singes macaques, les moustiques et les humains. Cette transmission zoonotique est de plus en plus rapportée dans les zones forestières soumises à de rapides transformations environnementales. La déforestation, l'expansion agricole et les mobilités humaines modifient les interactions entre hôtes, vecteurs et réservoirs, favorisant ainsi les conditions de transmission. Malgré ce risque émergent, les déterminants humains, écologiques et environnementaux de l'exposition et de la transmission du paludisme zoonotique restent encore mal caractérisés, en particulier au Cambodge. Ce projet propose de combler cette lacune en développant une approche intégrée de type One Health, combinant entomologie, parasitologie, épidémiologie moléculaire et écologie du paysage, afin de mieux comprendre les dynamiques de transmission du paludisme simien à l'interface village-forêt.
Des enquêtes communautaires seront conduites dans des villages situés à proximité des zones forestières. Des échantillons sanguins permettront de détecter les infections à Plasmodium (humaines et zoonotiques) par des approches moléculaires et d'évaluer l'exposition passée à P. knowlesi à l'aide de marqueurs sérologiques. L'exposition aux piqûres d'Anopheles sera estimée par la réponse IgG au peptide salivaire gSG6-P1. Ces données biologiques seront intégrées à des informations démographiques, socio-économiques et comportementales, recueillies au moyen de questionnaires, afin d'identifier les facteurs associés au risque d'exposition et d'infection.
Parallèlement, Des enquêtes entomologiques seront menées le long d'un gradient écologique allant des forêts aux zones d'habitation humaine, afin de caractériser la diversité des vecteurs Anopheles, leur abondance, leurs rythmes d'activité et leurs préférences trophiques dans différents écotypes. Ces données permettront d'identifier les espèces impliquées dans la transmission et d'évaluer les variations spatiales du risque vectoriel.
Enfin, les données entomologiques, parasitologiques et humaines seront intégrées dans un système d'information géographique (SIG) afin d'analyser les déterminants environnementaux et paysagers de la transmission. L'utilisation de données de télédétection (couverture forestière, occupation des sols, fragmentation, distance à la lisière) permettra d'identifier les configurations écologiques associées au risque et de produire des cartes de distribution spatiale de la transmission.
Cette thèse vise ainsi à produire des connaissances intégrées, directement mobilisables, pour anticiper et cibler les risques de transmission du paludisme zoonotique, et contribuer à adapter les stratégies de lutte dans un contexte de transformations environnementales rapides.

Le paludisme est une infection parasitaire, transmise par les moustiques du genre Anopheles et causée par des parasites du genre Plasmodium. Il demeure une maladie parasitaire majeure dans les régions tropicales, bien que les efforts de lutte aient permis une réduction importante de sa transmission au cours des dernières décennies (1). En Asie du Sud-Est, et en particulier dans la sous-région du Grand Mékong, ces progrès ont conduit à l'adoption d'objectifs ambitieux d'élimination à l'horizon 2030.
Cependant, cette dynamique est aujourd'hui confrontée à un défi émergent : la transmission zoonotique de parasites du paludisme chez l'humain. Plusieurs espèces de Plasmodium circulant chez les primates non humains, notamment P. knowlesi, P. cynomolgi et P. inui, peuvent être transmises à l'homme par des moustiques Anopheles du groupe Leucosphyrus.
Parmi ces espèces, P. knowlesi s'impose comme une menace croissante pour la santé humaine. Initialement considéré comme une zoonose rare, il est aujourd'hui responsable d'un nombre croissant de cas humains en Asie du Sud-Est, avec plus de 3 290 cas signalés en 2023, reflétant une augmentation de 18,9 % depuis 2022 (2). En Malaisie, il est devenu l'espèce prédominante du paludisme humain (2). Cette émergence est étroitement liée aux transformations rapides des écosystèmes forestiers, telles que la déforestation et l'expansion des activités agricoles, qui modifient les interactions entre humains, vecteurs et réservoirs animaux (3). Ces changements favorisent une augmentation des contacts à l'interface forêt-village, créant des conditions propices à la transmission zoonotique.
Le Cambodge illustre particulièrement cette transition épidémiologique. Alors que les cas liés à P. falciparum et P. vivax ont fortement diminué au cours de la dernière décennie, le pays connait parallèlement des changements environnementaux rapides et une augmentation de la population vivant à proximité des zones forestières. Dans ce contexte, des infections humaines à P. knowlesi, symptomatiques et asymptomatiques, ont récemment été détectées (4,5). Cependant, l'ampleur réelle de la transmission de P. knowlesi reste largement sous-estimée, notamment en raison des limites des outils diagnostiques de routine, tels que la microscopie et les tests de diagnostic rapide, qui ne permettent pas de différencier de manière fiable les espèces simiennes et humaines de Plasmodium. Malgré ce risque émergent, les dynamiques de transmission à l'interface entre forêts, zones agricoles et villages, ainsi que les facteurs écologiques et comportementaux qui les sous-tendent, restent encore mal caractérisés au Cambodge.
Dans ce contexte, une approche intégrée est nécessaire pour mieux comprendre les interactions entre humains, vecteurs et réservoirs animaux dans des environnements en mutation. Ce projet propose de répondre à cette lacune en combinant des approches entomologiques, épidémiologiques, sérologiques et spatiales, afin de mieux caractériser les déterminants de la transmission du paludisme zoonotique et d'orienter les stratégies de surveillance et de contrôle.Cette étude vise à identifier les déterminants écologiques, environnementaux et humains impliqués dans la transmission du paludisme d'origine zoonotique chez les populations vivant en zones forestières au Cambodge, à travers une approche intégrée combinant des approches épidémiologiques, entomologiques, parasitologiques, sérologiques et spatiales.

Les objectifs spécifiques sont :
1/ Analyser les facteurs de risque d'infection humaine, en combinant des approches moléculaires, sérologiques et épidémiologiques. L'étude portera sur la prévalence des infections à P. knowlesi, actuelles et passées, ainsi que sur leur association avec les profils socio-démographiques et comportementaux des populations, afin d'identifier les populations les plus exposées. Les risques d'exposition aux Anopheles seront également étudiés.

2/ Caractériser la diversité des moustiques vecteurs Anopheles et leurs taux d'infection par Plasmodium le long d'un gradient écologique, des villages aux forêts profondes, afin d'évaluer leur rôle dans la transmission. L'analyse des repas de sang permettra d'identifier leurs préférences d'hôtes.

3. Analyser les déterminants environnementaux et paysagers de la transmission à l'aide d'un système d'information géographique (SIG), en intégrant les données entomologiques, parasitologiques et humaines à des variables environnementales, afin d'identifier les profils écologiques associées au risque de transmission.

Ce projet repose sur une approche multidisciplinaire intégrée visant à caractériser les déterminants humains, écologiques et environnementaux de la transmission zoonotique de P. knowlesi, en combinant des données épidémiologiques, sérologiques, entomologiques et socio-comportementales. L'étude sera menée dans les zones forestières des provinces de Pursat et Pailin, au nord-ouest du Cambodge, où des cas de P. knowlesi ont été récemment confirmés.
1/ Une enquête communautaire sera menée auprès d'environ 1500 personnes afin de collecter des échantillons sanguins pendant la saison de transmission. Les infections actives à Plasmodium seront détectées par des méthodes moléculaires permettant de distinguer les espèces humaines et simiennes. En complément, une approche sérologique sera utilisée pour évaluer l'exposition passée à P. knowlesi, en mesurant les réponses en IgG et IgM dirigées contre l'antigène SERA32 par ELISA (6). L'exposition individuelle aux piqûres de moustiques Anopheles sera également estimée à l'aide de la réponse IgG au peptide salivaire gSG6-P1, biomarqueur validé d'exposition vectorielle (7). Cette approche combinée permettra de mieux capturer à la fois les infections actuelles et passées, dans un contexte de faible prévalence attendue.
2/ Une enquête quantitative sera réalisée à l'aide de questionnaires standardisés afin de collecter des données sur les caractéristiques démographiques (sexe, âge), socio-économiques (niveau de revenu du ménage, situation matrimoniale, profession, antécédents de voyage), et comportementales. Les variables étudiées incluront notamment les activités forestières et agricoles, les contacts avec les primates, les habitudes de sommeil, les déplacements, ainsi que l'utilisation des outils de prévention antivectorielle et les connaissances liées au paludisme, y compris le paludisme simien. Ces données seront intégrées aux résultats biologiques afin d'identifier les facteurs de risque d'exposition et d'infection à l'aide de modèles statistiques adaptés.
3/ Des enquêtes entomologiques seront menées le long d'un gradient écologique allant des villages à la forêt profonde, afin de caractériser l'abondance, la diversité et les comportements trophiques des moustiques Anopheles dans ces différents habitats. Des méthodes de capture complémentaires seront déployées dans les milieux domestiques et forestiers, selon des cycles jour/nuit, afin d'évaluer l'activité de piqûre et le risque d'exposition humaine. Les moustiques collectés seront identifiés morphologiquement, puis les espèces appartenant aux complexes Leucosphyrus et Dirus feront l'objet d'analyses moléculaires approfondies. Les sources de repas sanguins seront déterminées afin d'identifier les hôtes, et la présence de Plasmodium sera détectée par approches moléculaires.
4/ Une analyse spatiale intégrée sera développée à l'aide d'un système d'information géographique (SIG). Les coordonnées des villages, des ménages et des sites de collecte entomologique seront enregistrées. Des variables environnementales issues de la télédétection (couvert forestier, occupation des sols, fragmentation, distance à la lisière, zones agricoles) seront extraites. Les données entomologiques, parasitologiques et sérologiques seront couplées à ces variables afin d'explorer leur distribution spatiale. Des modèles statistiques permettront d'identifier les déterminants environnementaux associés au risque. Des cartes de risque seront produites afin de visualiser les gradients de transmission, en particulier à l'interface forêt-village.

Le ou la candidate devra avoir déjà des connaissances solides en entomologie médicale, parasitologie, analyses statistiques et une forte motivation pour un travail qui combinera enquêtes de terrain au Cambodge et laboratoire en France. Des compétences en biologie moléculaire sont également un prérequis. Il ou elle devra aller sur le terrain la première année du Doctorat, ce qui implique une bonne forme physique et une volonté de travail en conditions parfois difficiles. La troisième année sera consacrée à la rédaction des articles scientifiques et de la thèse.