Thèse l'Importance Clinique de Comprendre la Construction Usage et Évolution du Concept de Latence Virale H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
Laboratoire de recherche : MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle
Direction de la thèse : Ignacio GONZÁLEZ BRAVO ORCID 0000000333893389
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59

Ce projet de thèse vise à élucider la construction, les usages et l'évolution du concept de latence virale, à travers l'exemple des infections par les papillomavirus humains (VPH) et du cancer du col de l'utérus. Malgré sa large diffusion, le terme « latence » reste une notion mal définie, désignant tantôt une limite technique dans la détection de faibles charges virales, tantôt un stade biologique distinct du cycle de vie viral. Cette imprécision conceptuelle entrave la compréhension scientifique, complique le dialogue entre cliniciens et virologues, et influence le conseil aux patients.
La recherche adoptera une approche interdisciplinaire, associant virologie, histoire et philosophie des sciences. Elle se déroulera en trois temps :

(1) un historique conceptuel retraçant la généalogie de la notion de « latence » en virologie ;

(2) une typologie des états d'infection virale, tels que définis expérimentalement, permettant d'identifier les incohérences entre les cadres existants ; et

(3) une analyse philosophique mobilisant des distinctions clés en philosophie des sciences pour affiner la conceptualisation de la latence et de l'infection chronique par les VPH.

Accueilli au sein d'un laboratoire de virologie, la personne sélectionnée interagira quotidiennement avec des biologistes moléculaires, des biologistes de l'évolution et des épidémiologistes, tout en s'appropriant des outils conceptuels issus des sciences sociales. Le projet s'inscrit dans le cadre de travaux de recherche nationaux et internationaux en cours, incluant notamment des collaborations avec la International Papillomavirus Society. La personne sélectionnée présentera ses résultats lors de grandes conférences scientifiques et publiera dans des revues à comité de lecture couvrant les domaines de la virologie, de l'histoire et de la philosophie des sciences.
En réinterrogeant le vocabulaire employé pour décrire le ou les cycles de vie du VPH, cette thèse entend contribuer au dialogue entre virologues et cliniciens et améliorer la communication entre cliniciens et patients, renforçant ainsi notre compréhension des cancers infectieux.

This interdisciplinary PhD aims at clarifying the concept of viral latency, focusing on the literature on cervical cancer and HPVs. The candidate will analyze how the term is employed in scientific literature, examining its definition, use and evolution, and explore related concepts like chronic viral infection.
Every year, anogenital chronic infections by HPVs cause 5% of new cancer cases worldwide (1-3). In France, 30 million women are at risk for cervical cancer, with over 3350 new cases and over 1450 deaths every year (4). Vaccination as primary prevention and screening as secondary prevention try to mitigate this major public health concern (5).
Virtually all humans suffer anogenital HPVs infections early after sexual debut (6, 7) and most clear within a few years (5, 8). HPVs-related (pre)cancers occur decades later, suggesting a chronic, not detected viral infection over this period (9, 10). This phase is inconsistently termed lag, undetectable, asymptomatic or sub-clinical infection. The term latency has become prevalent in the biological and medical discourse (11-13), possibly by analogy with herpesvirus research (14).
Despite its common use, the notion of latent infection lacks a clear, biunivocal definition. It may correspond to a technical limitation for detecting very low amounts of viral material in screening samples. In this case, latency is a clinical concept of descriptive value. Alternatively, it can correspond to the existence of a defined stage in the viral life cycle. In this case, latency is a biological concept that refers to a specific, molecular and cellular reality.
Clinicians often use the term 'latent infection' descriptively, whereas virologists imply a precise molecular state.
There is no current consensus in the literature for the use of the term latency. This lack of definition hinders our understanding on infectious cancers, hampers communication between clinicians and virologists and creates stress in patients when informed about a positive result for a novel anogenital HPV infection.
This conceptual analysis may lead either to the redefinition of existing terms (especially latent infection), or to the proposal of new vocabulary to better describe the natural history(ies) of the infection (15). Finding the right words to characterize viral cycle(s) is a question as old as virology itself, and has given rise to multiple proposals (16-18). This thesis will explicitly follow this research tradition.

This interdisciplinary PhD aims at clarifying the concept of viral latency, focusing on the literature on cervical cancer and HPVs. The candidate will analyze how the term is employed in scientific literature, examining its definition, use and evolution, and explore related concepts like chronic viral infection.
This conceptual analysis may lead either to the redefinition of existing terms (especially latent infection), or to the proposal of new vocabulary to better describe the natural history(ies) of the infection (15). Finding the right words to characterize viral cycle(s) is a question as old as virology itself, and has given rise to multiple proposals (16-18). This thesis will explicitly follow this research tradition.

The thesis will unfold in three phases:
1.- CONCEPTUAL HISTORY. Tracing the genealogy of the term latency to clarify its uses and meanings in virology. This genealogy will involve primary sources as well as historical analyses on the development of virology (19).

2.- TYPOLOGY OF VIRAL INFECTION STATES. analysing the common use of latent viral infection in the models predominating in the literature (e.g. herpesviruses, papillomaviruses). The candidate will synthesise the experimental literature and will generate a taxonomy of categories of latent infections depending for instance on the nature of the host, the type of virus, the time of the infection, the cell type, the mode of reactivation, etc. The candidate will then apply tools from history and philosophy of science to identify categories in the natural history of viral infections and identify inconsistencies in existing frameworks.

3.- PHILOSOPHICAL ANALYSIS. Employing key dicothomies of the philosophy of science, e.g. epistemology/ontology, instrumentalism/realism, explanans/explanandum, to produce a satisfactory conceptualization.

Formation renforcée en latence virale, biologie virale et épidémiologie :
Le/la doctorant(e) devra acquérir ou renforcer ses connaissances en latence virale, biologie des papillomavirus humains (VPH), et épidémiologie des infections virales. Cette formation inclura la compréhension des mécanismes moléculaires, des interactions hôte-pathogène, et des enjeux épidémiologiques liés aux cancers infectieux. Une familiarité initiale avec ces domaines sera un atout, mais une montée en compétence active est attendue.

Analyse conceptuelle, historique et philosophique :
Capacité à interroger les concepts clés (latence, infection chronique, cycle viral, etc.), à retracer leur généalogie en virologie, et à mobiliser des outils de l'histoire et de la philosophie des sciences pour clarifier les ambiguïtés terminologiques. Aisance à identifier les incohérences entre cadres théoriques existants.

Lecture active de la littérature scientifique :
Lecture régulière et critique des publications en virologie, histoire et philosophie des sciences, notamment sur les HPV et les cancers infectieux. Veille sur l'évolution des débats et des méthodes dans ces domaines.

Synthèse et production scientifique :
Maîtrise de l'analyse critique de la littérature expérimentale et théorique. Capacité à synthétiser des données interdisciplinaires et à produire des textes clairs et rigoureux (articles, rapports, présentations), adaptés à des publics variés.

Engagement actif dans la vie scientifique :
Participation régulière aux séminaires, groupes de travail et réunions du laboratoire, ainsi qu'à la vie scientifique de l'équipe. Implication dans les échanges interdisciplinaires et contribution aux réflexions collectives.

Présentation et communication scientifiques :
Expérience ou motivation pour présenter des résultats lors de conférences nationales et internationales (ex. : Association francophone pour l'étude des infections à polyomavirus et papillomavirus, IPVS, ISHPSSB). Aisance à dialoguer avec des cliniciens, des virologues et des philosophes des sciences.

Autonomie, initiative et travail d'équipe :
Capacité à travailler de manière autonome, tout en s'intégrant dans une équipe pluridisciplinaire. Esprit d'initiative pour proposer des pistes de recherche originales et contribuer activement aux projets collectifs.

Adaptabilité et esprit critique :
Ouverture aux feedbacks, capacité à ajuster sa démarche en fonction des avancées du projet ou des discussions scientifiques. Volonté de contribuer à l'amélioration de la communication scientifique entre disciplines.

Rédaction de rapports et progression :
Production régulière de rapports d'avancement, de présentations et de supports de communication, clairs et adaptés aux besoins des différents interlocuteurs (collègues, encadrants, financeurs).

Motivation et curiosité intellectuelle :
Intérêt marqué pour les interfaces entre biologie, histoire et philosophie des sciences, ainsi que pour les enjeux épistémologiques et terminologiques en virologie. Volonté de s'investir dans un projet à la fois rigoureux et innovant.