Thèse Caractérisation des Systèmes de Sécrétion de Type Vii chez Mycobacterium Abscessus et Impact sur le Processus Infectieux H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Montpellier
École doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé
Laboratoire de recherche : IRIM - Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier
Direction de la thèse : Laurent KREMER ORCID 0000000266044458
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-11T23:59:59

Mycobacterium tuberculosis reste à ce jour l'un des agents pathogènes humains les plus dévastateurs, un constat lié à l'émergence des souches multi-résistantes aux antibiotiques et à l'efficacité relative du vaccin BCG. Néanmoins, dans certains pays industrialisés, les infections causées par des mycobactéries non-tuberculeuses (MNT) surpassent la tuberculose en terme de prévalence. Parmi ces MNT, Mycobacterium abscessus (Mabs) est une espèce à croissance rapide, particulièrement réfractaire à l'antibiothérapie classique, responsable d'infections pulmonaires sévères chez les patients porteurs d'une pathologie respiratoire, notamment dans la mucoviscidose. Mabs possède deux système de sécrétion de type VII, désignés ESX-3 et ESX-4, qui participent dans la virulence de Mabs mais qui restent à ce jour très peu caractérisés. Notre projet vise à i) étudier au niveau moléculaire et fonctionnel ces deux systèmes de sécrétion et de comprendre au niveau ultrastructural comment ils s'assemblent dans la membrane de la mycobactérie et par quels moyens ; ii) identifier/caractériser de nouveaux substrats sécrétés via les systèmes ESX; iii) déterminer leur rôle dans les interactions avec le macrophage et la pathogenèse de Mabs. Ce projet s'inscrit dans la cadre d'un consortium de plusieurs laboratoires français et étrangers. C'est dans ce contexte que s'inscrit notre proposition de thèse dont les principaux objectifs consisteront à :
- identifier les substrats sécrétés par la machinerie ESX-3 et ESX-4 par le biais d'études biochimiques/protéomiques.
- inactiver les gènes codant ces substrats chez Mabs selon des techniques de recombinaison homologues bien implantées dans l'équipe.
- déterminer le rôle et la contribution de ces effecteurs dans la virulence en réalisant des tests d'infection des souches mutées dans des macrophages humains ainsi que dans un modèle zebrafish parfaitement maîtrisé dans l'équipe et qui permet de suivre le processus infectieux dans un cadre spatio-temporel.
Cette étude se situe à l'interface entre le pathogène et l'hôte et combinera des techniques variées de microbiologie, de biochimie, d'imagerie, de biologie moléculaire, de biologie cellulaire et de micromanipulation des embryons de zebrafish. D'un point de vue fondamental, les résultats issus de ce projet devraient améliorer l'état de nos connaissances sur les systèmes de sécrétion de type VII dans la pathogenèse des MNT. D'un point de vue translationnel, il devrait permettre la mise en évidence de nouvelles cibles d'intérêt thérapeutiques et déboucher, à plus long terme, sur de nouvelles approches thérapeutiques et/ou vaccinales pour contrer les infections pulmonaires à Mabs.

L'étudiant(e) en sera encadré(e) et suivi(e) au quotidien sur les aspects techniques et scientifiques. Nous nous engageons à lui transmettre notre expertise pour qu'il (elle) puisse mener à bien son projet. L'étudiant(e) aura l'occasion de présenter régulièrement ses résultats devant les membres de l'équipe et des autres équipes de recherche associées au consortium.
Nous recherchons un(e) candidat(e) très motivé(e), curieux(se), travailleur et possédant l'esprit d'équipe.

Les infections pulmonaires à Mycobacterium abscessus sont en constante augmentation et extrêmement difficiles à éradiquer. Afin de pouvoir mieux contrôler ces infections, il apparait nécessaire de décrire et comprendre les mécanismes moléculaires de la pathogenèse de M. abscessus. A l'inverse des autres mycobactéries, M. abscessus ne possède que deux systèmes de sécrétion de type VII (ESX-3 et ESX-4), tous deux associés à la virulence de cette bactérie. Dès lors, il est possible de générer des mutants inactivés dans ces deux systèmes, soit individuellement soit simultanément pour déterminer la contribution de ESX-3 et de ESX-4 dans les interactions précoces avec le macrophage et dans l'établissement d'une infection chronique et létale chez l'hôte.

D'un point de vue fondamental, les résultats issus de ce projet devraient améliorer l'état de nos connaissances concernant les événements précoces et tardifs du processus infectieux et nous renseigner sur les mécanismes d'adaptation des mycobactéries pathogènes dans l'hôte infecté. D'un point de vue médical, les résultats issus de ces études pourraient également déboucher, à plus long terme, sur de nouvelles approches thérapeutiques/vaccinales vis-à-vis des infections pulmonaires à M. abscessus.

Les travaux consisteront à réaliser de l'inactivation génique non marquée chez les mycobactéries, de réaliser des expériences de complémentation fonctionnelle des mutants et d'identifier et caractériser les produits de sécrétion de ESX-3 et ESX-4 par des techniques de pull-down et d'immunoempreinte. Les autres méthodes utilisées consisteront à décrire les mécanismes d'invasion et de persistance des mutants de M. abscessus dans des macrophages humains. Des expériences d'infection seront réalisées dans les embryons de poisson-zèbre (micromanipulation, imagerie, suivi du processus infectieux) et qui représente un modèle animal de choix pour étudier dans un cadre spatio-temporel la physiopathologie infectieuse induite par M. abscessus. L'étudiant(e) recruté(e) aura également la possibilité de travailler, s'il (elle) le souhaite, en collaboration avec d'autres équipes impliquées dans le projet notamment en biologie structurale et expérimentation animale (infection dans des modèles murins).

Master 2 ou Equivalent (Diplôme d'ingénieur/pharmacien/médecin)
Notions en bactériologie requises. Des connaissances en biologie moléculaires sont un atout supplémentaire.