Thèse Génétique de l'Adaptation d'Une Bactérie Phytopathogène à son Environnement H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Laboratoire de recherche : LIPME - Laboratoire des Interactions Plantes-Microbes-Environnement Direction de la thèse : Alice BOULANGER ORCID 0000000159189547 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-01T23:59:59 Ce projet porte sur la caractérisation des déterminants génétiques associés à l'adaptation de la bactérie phytopathogène Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) à son environnement. Xcc est responsable de la nervation noire des Brassicacées (e.g. choux, navet, radis, Arabidopsis). Au cours de son cycle de vie, Xcc vit et se multiplie à la surface des feuilles puis accède au système vasculaire végétal via les blessures ou les hydathodes. Une fois dans ces tissus, les bactéries expriment des facteurs de pathogénie pour contourner l'immunité végétale, coloniser les tissus distants et se fournir en nutriments.
Grâce à une approche de criblage innovante appelée RB-TnSeq (Transposon sequencing), nous avons identifiés plusieurs gènes impliqués dans la colonisation de différents tissus végétaux (mésophylle, système vasculaire et hydathode).
Le projet de thèse se divisera en 2 axes principaux:
- L'axe 1 portera sur l'identification et la caractérisation des déterminants génétique de l'adaptation de Xcc à chacun des compartiments végétaux rencontrés au cours du cyclel. Le croisement des données RB-TnSeq permettra de sélectionner une quinzaine de gènes bactériens candidats à caractériser au niveau moléculaire via des approches de génétiques inverse et de phenotypage in vitro et in planta.
- L'axe 2 portera sur l'identification et la caractérisation des déterminants génétique de l'adaptation de Xcc aux variations de température. Pour cela, des criblages RB-TnSeq seront réalisés in vitro et in planta dans différentes conditions de températures. D'autre part, des analyses multi-omiques (RNAseq, protéomique, lipidomique) permettant de caractériser la réponse bactérienne aux variations de températures seront réalisées en collaboration avec une équipe de recherche du laboratoire MAP à l'INSA de Lyon (UMR5240).
Le projet ANR XBOX (2020-2024) a permis de réaliser des criblages génétiques à haut débit d'une banque de mutants bactériens in vitro et in planta. Ces criblages ont permis l'identification de nombreux gènes bactériens impliqués dans la colonisation de différents tissus végétaux. Certains gène ont été caractérisé et correspondent à des régulateurs centraux de la physiologie de Xcc et/ou à des facteurs de virulence. Le projet doctoral portera sur le choix et la caractérisation d'une quinzaine de gènes parmi les candidats ayant montré un phénotype intéressant lors des criblages.
D'autre part, un nouveau projet à démarré au sein de l'équipe portant sur l'étude de l'adaptation de Xcc à différentes conditions thermiques. Cette étude est actuellement financé via un projet INRAE (XccOnFire , 2025-2026) et fait l'objet d'une demande de financement ANR (Projet T-Rex). L'axe 2 du projet s'intégrera dans cette étude.

The ANR XBOX project (2020-2024) enabled high-throughput genetic screens of a bacterial mutant library in vitro and in planta. These screens led to the identification of numerous bacterial genes involved in the colonization of various plant tissues. Some of these genes have been characterized and correspond to key regulators of Xcc physiology and/or virulence factors. The doctoral project will focus on selecting and characterizing approximately fifteen genes from among the candidates that exhibited an interesting phenotype during the screens.
In addition, a new project has been launched within the team focusing on the study of Xcc's adaptation to different thermal conditions. This study is currently funded through an INRAE project (XccOnFire, 2025-2026) and is the subject of an ANR funding application (T-Rex Project). Axis 2 of the project will be integrated into this study. L'objectif du projet de thèse est la caractérisation des déterminants génétiques associé à l'adaptation de Xanthomonas campestris à divers environnements, notamment l'adaptation de la bactérie aux différents tissus végétaux colonisés ainsi que ceux impliqué dans l'adaptation aux variations thermiques.

The objective of this thesis project is to characterize the genetic factors associated with the adaptation of Xanthomonas campestris to various environments, including the bacterium's adaptation to the different plant tissues it colonizes, as well as those involved in its adaptation to temperature fluctuations. Génétique inverse/ Reverse genetics
Test de Pathologie in planta/ In Planta Assays
Microbiologie/ Microbiology
Phénotypage diverse /. Phenotyping
RNAseq
RB-TnSeq

Nous recherchons une personne titulaire d'un Master 2 en microbiologie ou en phytopathologie. Des compétences en phytopathologie, génétique bactérienne et en microbiologie moléculaire sont nécessaire à la réalisation du projet ainsi que des compétences en biostatistique et une maitrise de Rstudio.