Alternance - Bioinformatique Développement de Pipelines pour l'Analyse de Données en Metabarcoding H/F - Ifremer

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète

Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.

L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.

Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.

www.ifremer.fr

Date de clôture de réception des candidatures : 12/06/2026.

Qui sommes nous?

L'unité de recherche DYNECO (Dynamique des écosystèmes côtiers) développe une approche intégrée et pluridisciplinaire visant à comprendre le fonctionnement et l'évolution des écosystèmes marins côtiers soumis à des pressions naturelles et anthropiques. Les approches développées combinent observations de terrain, approches expérimentales et modélisation numérique. Parmi les thématiques abordées, l'unité accorde une importance particulière aux impactes anthropiques sur la faune marine et aux risques associés à l'introduction d'espèces non-indigènes et invasives.

Au sein du département IRSI, le SeBiMER (service de bioinformatique de l'Ifremer) accompagne les équipes de recherche de l'Ifremer dans leurs projets bioinformatiques, de la définition des questions scientifiques à la valorisation des résultats. Ses expertises couvrent notamment le métabarcoding, la métagénomique, la transcriptomique, l'assemblage et l'annotation de génomes. Le SeBiMER développe et maintien des workflows et outils bioinformatiques, administre la plateforme Galaxy de l'institut, et assure la gestion et la bancarisation des données bioinformatiques.

Quelles seront vos missions?

Vous développerez un workflow pour l'analyse de données metabarcoding, avec un focus particulier sur le gène COI utilisé pour l'étude des métazoaires. En tant que gène codant, le COI présente des spécificités qui le distinguent des marqueurs couramment utilisés tels que les gènes 16S, 18S et 23S (ARN ribosomiques) ; dans ce contexte, vous contribuerez à identifier et intégrer des outils adaptés à l'analyse de données de metabarcoding issues de ce marqueur. Vous participerez à l'optimisation des étapes de traitement bioinformatique, notamment en mettant en place des approches pour la détection et l'élimination des pseudogènes, ainsi qu'en testant et ajustant les paramètres d'assignation taxonomique. Une attention particulière sera portée à l'adaptation des pipelines aux données de séquençage à lectures courtes (Illumina) et longues (Oxford Nanopore Technologies). Vous contribuerez également à la valorisation de jeux de données existants, incluant des données de metabarcoding (lectures courtes et longues) issues de communautés associées à des structures éco-conçues sur le polder de Brest dans le cadre du projet CLIMAREST, ainsi que des communautés benthiques portuaires de sites au Cap-Vert (projet BIODIVERDE). Cette alternance vous offrira l'opportunité de travailler à l'interface entre écologie marine et bioinformatique, au sein d'un environnement de recherche collaboratif.

Quelles seront vos activités?

- Vous conduirez une étude sur l'état de l'art en analyse de données metabarcoding avec le marqueur COI :
- Outils et workflows existants ;
- Définition des étapes et des paramètres clés ;
- Identification des bases de données de références ;
- Vous construirez le workflow selon les principes FAIR mis en place dans les workflows déjà développés au sein de l'Institut :
- Utilisation du gestionnaire de workflow Nextflow
- Intégration d'un profil test
- Containeurisation des dépendances (docker / singularity)
- Gestion du code et versioning via GitLab
- Vous participerez à la valorisation des jeux de données existants :
- Analyse bioinformatique à l'aide du workflow crée
- Analyses statistiques, Représentations graphiques
- Rédaction de rapport

Avec qui allez-vous travailler?

- En interne : Unité de Recherche Dynamique des Écosystemes Cotiers (DYNECO), Service de Bioinformatique de l'Ifremer (SEBIMER),

Qui êtes-vous?

Vous cherchez un contrat d'alternance en apprentissage ou en contrat de professionnalisation d'une durée de 12 mois dans le cadre de la préparation d'un master 2.

Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

- Compétences en programmation (bash ou python)
- Connaissances en gestionnaire de workflow (Nextflow de préférence)
- Compétences en analyse statistique et numérique requises (R, RStudio)
- Connaissances en analyse de données metabarcoding

Vous avez les qualités suivantes :

- Curiosité intellectuelle
- Rigueur et sens de l'organisation
- Esprit d'équipe