Thèse Approche par Modélisation des Effecteurs du T6ss leurs Mécanismes de Transport et leurs Modes d'Action H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : EDISS - Interdisciplinaire Sciences-Santé Laboratoire de recherche : LBMC: Laboratoire de biologie et de modélisation de la cellule Direction de la thèse : Juliette MARTIN ORCID 0000000247870885 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-03T23:59:59 Le projet de thèse s'inscrit dans un cadre de recherche large sur l'étude des mécanismes d'infection et de transport des effecteurs bactériens et leurs effets sur les cellules infectées.
L'objectif est de mener un travail in silico afin d'identifier de nouveaux effecteurs bactériens, de proposer des hypothèses sur leurs modes de transports, ainsi que des des hypothèses sur leurs cibles cellulaires.
Dans un premier temps, nous visons à analyser des données existantes sur des effecteurs déjà identifiés pour sélectionner les stratégies optimales de prédiction des effecteurs ainsi que leurs modes de transports et leurs modes d'action contre les cibles cellulaires. Dans un deuxième temps, nous utiliserons ces stratégies pour identifier et caractériser de nouveaux effecteurs dans des souches d'intérêt clinique.
Les stratégies déployées feront usage des modèles structuraux prédits par les méthodes de Deep Learning comme AlphaFold.
L'équipe d'accueil dispose de moyens informatiques et d'accès à des ressources informatiques extérieures (méso-centre, calculateurs nationaux) pour atteindre ces obectifs.

Les infections bactériennes constituent la deuxième cause de mortalité dans le monde, tuant 14 millions de personnes chaque année. Au niveau moléculaire, les bactéries pathogènes libèrent des protéines toxiques, appelées effecteurs, dans les cellules infectées ou les bactéries voisines grâce à des systèmes de sécrétion, des nanomachines protéiques classées en différents types selon leur architecture, désignés par l'acronyme TxSS (système de sécrétion de type x). En collaboration avec l'équipe d'Éric Durand à Marseille, nous étudions le système de sécrétion de type VI (T6SS) et ses effecteurs chez la bactérie opportuniste émergente Acinetobacter baumannii.

Master ou diplôme d'ingénieur en biochimie/biophysique/biomédical. Compétences en programmation, intérêt pour la biologie struturale.