Thèse Ecologie et Gestion des Populations de Rongeurs Aquatiques Envahissants en France H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université d'Angers École doctorale : École doctorale Végétal, Animal, Aliment, Mer, Environnement Laboratoire de recherche : BiodivAG Direction de la thèse : Olivier PAYS-VOLARD ORCID https://orcid.org/00 Date limite de candidature : 2026-05-13T00:00:00 Les zones humides figurent parmi les écosystèmes les plus menacés par les espèces exotiques envahissantes (EEE). Limiter les invasions biologiques suppose une compréhension fine des mécanismes écologiques qui structurent les dynamiques d'établissement, de dispersion et de coexistence des espèces. Les rongeurs aquatiques envahissants (RAE), tels que le ragondin (Myocastor coypus) et le rat musqué (Ondatra zibethicus), constituent un modèle d'étude particulièrement pertinent pour analyser, en conditions naturelles, les déterminants démographiques, spatiaux et comportementaux de leur succès d'invasion dans les zones humides. Cette thèse vise à développer un cadre intégratif combinant écologie des populations et des communautés et écologie du paysage afin de mieux comprendre les processus régissant la distribution et la dynamique des RAE. Le premier objectif consistera à élaborer des modèles statistiques permettant d'estimer les densités locales des populations à partir de données hétérogènes (piégeage, pièges photographiques, drones), en intégrant des paramètres démographiques tels que structure d'âge, sex-ratio et reproduction. Le deuxième volet explorera, à plusieurs échelles spatiales, l'influence des variables paysagères sur la distribution des individus et la perméabilité du paysage à leurs déplacements, afin d'identifier les déterminants écologiques à la dispersion. Le troisième volet analysera les rythmes d'activité journaliers des RAE et des autres espèces de vertébrés occupant ces milieux afin de tester l'hypothèse d'un partitionnement de niche temporelle et d'évaluer ses implications pour la coexistence au sein des communautés des zones humides. À l'interface entre recherche fondamentale et appliquée, cette thèse contribuera à éclairer les processus écologiques sous-jacents aux invasions biologiques et renforcer les bases nécessaires à la gestion durable des RAE. Le projet de thèse sera encadré par le laboratoire BiodivAG à Angers et coencadré par le CEFE à Montpellier. Le projet de thèse est à l'interface entre une recherche fondamentale et une recherche appliquée au service d'un programme de gestion territoriale d'EEE à forts enjeux sur un territoire. Cette thèse bénéficiera des données récoltées depuis 2021 dans le cadre du programme de recherche-action sur les RAE piloté par le laboratoire BiodivAG et la FDGDON49, notamment sur le suivi de piégeage et des populations et de l'implication forte des partenaires académiques et non académiques (collectivités, syndicats de bassin, réseau des piégeurs,...). Depuis 2021, le programme de recherche-action collecte annuellement des données standardisées issues des dispositifs de suivi des captures et des pratiques de gestion, ainsi que des suivis de populations réalisés à l'aide de pièges photographiques, d'autopsies de carcasses et de comptages par drone. Le projet de thèse, structuré en trois volets principaux, s'appuiera sur ces dispositifs de suivi, qui seront maintenus tout au long de la thèse. L'originalité du projet réside dans la combinaison de données issues de différents protocoles de suivi. Le projet mobilisera ainsi les données collectées sur la période 2021-2025, qu'il combinera aux données acquises durant la thèse. Le suivi des pratiques de piégeage est assuré par des piégeurs pilotes bénévoles dans le département du Maine-et-Loire (49), qui appliquent un protocole strict fondé sur l'utilisation de carnets de piégeage standardisés. Le suivi des populations repose sur un protocole de monitoring des individus dans leur milieu naturel (pièges photographiques et drone), complété par un suivi des captures des piégeurs permettant d'extraire des variables démographiques telles que le sexe, l'âge, le statut reproducteur et la taille de la portée. Les pièges photographiques permettront également de collecter des données relatives à la présence et aux rythmes d'activité des espèces, notamment des mammifères, fréquentant les points d'eau suivis. L'objectif est d'estimer les densités locales des individus en intégrant l'ensemble de ces sources de données. Enfin, les variables paysagères seront extraites à partir de bases de données géographiques en libre accès, notamment COSIA, BDTOPAGE, RGEAlti. Concernant les moyens financiers, la FDGDON49 et l'EPTBN-SN financent l'environnement du travail de thèse permettant de déployer tous les suivis précédemment cités. Beaucoup de matériels du suivi des captures existent déjà (pièges photographiques, drones,...) et seront pleinement mobilisés dans cette thèse. Le détail du budget est présenté dans une pièce jointe.
Les enjeux du projet sont à la fois fondamentaux sur les mécanismes sous-jacents à l'invasion biologique mais aussi appliqués pour une gestion durable des EEE. En effet, bien que la perte d'habitat demeure la principale menace pour la biodiversité, l'invasion d'espèces exotiques envahissantes (EEE), définies comme des espèces non indigènes introduites par l'homme qui menacent les écosystèmes, les habitats et les espèces, a été documentée comme contribuant à la dégradation des écosystèmes (Doherty et al. 2016), affectant l'économie, la sécurité alimentaire, et la santé humaine (IPBES 2023). Comme beaucoup d'autres écosystèmes, les zones humides sont menacées par les EEE (Vilà et Hulme 2017). Parmi ces EEE, les rongeurs aquatiques envahissants (RAE), dont le ragondin (Myocastor coypus) et le rat musqué (Ondatra zibethicus), originaires respectivement d'Amérique du Sud et du Nord, provoquent d'importants dommages économiques (Cuthbert et al. 2021), peuvent transmettre des maladies infectieuses (Chinchio et al. 2020), et dégradent très fortement les écosystèmes (Bertolino et al. 2005). Les coûts des dommages associés aux RAE (ragondin en particulier) figurent parmi les plus élevés de ceux recensés pour les EEE à l'échelle mondiale (Diagne et al. 2020). A titre d'exemple, les dommages causés à l'échelle mondiale par le ragondin sont estimés à 19 milliards de dollars sur les dernières décennies (Diagne et al. 2020) et augmentent de façon exponentielle (Cuthbert et al. 2021). Alors que ces RAE ont colonisé la quasi-totalité du territoire français métropolitain, les tailles de populations ne sont pas connues et l'ensemble des impacts qui leur sont associés restent encore très mal quantifiés (Bonnet et al. 2021). Face à cette colonisation massive des EEE dont l'éradication est impossible, des programmes de contrôle visant à réduire les impacts dans les zones à enjeux sont préconisés (Braysher 1993). Depuis 5 ans, dans le département du Maine et Loire, BiodivAG coordonne avec la FDGDON49 un programme de recherche-action autour de la gestion des RAE impliquant un réseau de partenaires dont plusieurs syndicats de bassin versant et collectivités (e.g., EPTBSN) et de bénévoles fortement mobilisés. En s'insérant dans ce programme existant, la thèse aura pour objectif de développer des outils standardisés de suivis des populations de RAE (densité locale, reproduction, dispersion,...), en combinant plusieurs indicateurs écologiques et différentes échelles spatiales afin i) d'estimer la distribution des individus et les densités locales, et d'en comprendre les principaux déterminants, ii) d'étudier la perméabilité du paysage aux déplacements des individus, et iii) d'analyser la cooccurrence entre des espèces natives et les RAE présents. In fine, ce projet doit permettre aux acteurs du territoire de développer une stratégie de gestion plus intégrée qui couple les données relatives à l'état des populations et celles définies par les enjeux socio-économiques et écologiques du territoire (Pays et al. 2026).