Thèse Caractérisation et Fonction des Microvésicules Extracellulaires dans la Pneumopathie Interstitielle Diffuse Associée à la Polyarthrite Rhumatoïde H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Claude Bernard Lyon 1 École doctorale : EDISS - Interdisciplinaire Sciences-Santé Laboratoire de recherche : LyOS- Pathophysiologie, Diagnostic et Traitement des Maladies Osseuses- Équipe: «Os et maladies chroniques» Direction de la thèse : Caroline REYNAUD ORCID 0000000307600263 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-03T23:59:59 Les pneumopathies interstitielles diffuses regroupent des affections pulmonaires hétérogènes, fréquemment associées aux connectivites comme la sclérodermie systémique ou la polyarthrite rhumatoïde. Elles associent, à des degrés variables, des lésions inflammatoires et/ou fibrosantes du parenchyme pulmonaire. L'évolution vers une fibrose, imprévisible, parfois rapide, et irréversible, altère le pronostic vital et constitue un facteur majeur de gravité. Il n'existe pas de biomarqueurs fiables permettant d'anticiper la progression vers une forme fibrosante. De tels outils, utilisables en pratique pour évaluer le risque évolutif et guider la prise en charge, font défaut et représentent donc un enjeu central de la recherche dans le domaine des connectivites. Nous proposons d'identifier ces biomarqueurs par une analyse multiomique des vésicules extracellulaires issues de tissus pulmonaires provenant de deux modèles précliniques de pneumopathie interstitielle diffuse, l'une fibrosante et l'autre non. Les biomarqueurs candidats ainsi identifiés seront ensuite validés chez des patients atteints de sclérodermie systémique ou de polyarthrite rhumatoïde, en mesurant leur concentration dans des expectorations induites. Les pneumopathies interstitielles diffuses (PID) regroupent des affections hétérogènes caractérisées par des atteintes inflammatoires et fibrosantes du parenchyme pulmonaire. Leur prévalence est estimée à environ 98 pour 100 000 habitants, avec une incidence annuelle proche de 19 pour 100 000 (1). Les PID constituent une manifestation fréquente de la sclérodermie systémique (SSc) et de la polyarthrite rhumatoïde (PR). Elles concernent près d'un patient sur deux atteint de SSc et représentent la première cause de mortalité dans cette pathologie (2). Au cours de la PR, elles constituent la troisième cause de décès après les maladies cardiovasculaires et les cancers, avec une médiane de survie de 3 à 10 ans chez les patients symptomatiques (3). Les options thérapeutiques disponibles dans les PID associées aux connectivites restent limitées et l'amélioration du pronostic vital et fonctionnel est un défi majeur dans la prise en charge des patients. Ceci nécessite un diagnostic précoce pour permettre l'instauration d'un traitement, ainsi qu'une détection rapide de la progression et/ou d'un échec du traitement pour permettre l'ajustement immédiat des médicaments.

Certains sous-types de PID évoluent vers une forme fibrosante progressive. Sur le plan physiopathologique, des lésions répétées des cellules épithéliales alvéolaires et endothéliales entraînent une fibrose pulmonaire progressive. L'activation des fibroblastes et leur différenciation en myofibroblastes favorisent une production excessive de matrice extracellulaire. La rigidification du tissu pulmonaire entretient ce processus, conduisant à des mécanismes de réparation incontrôlés et autoentretenus. Les facteurs expliquant la rapidité d'évolution chez certains patients demeurent mal compris.
En raison de sa gravité, la PID fibrosante progressive constitue une priorité de recherche dans les connectivites. Toutefois, son évolution reste difficile à anticiper, marquée par une grande hétérogénéité, et aucun biomarqueur prédictif n'est actuellement disponible en routine en France.
Ce projet vise à identifier des biomarqueurs précliniques innovants capables de prédire l'évolution d'une pneumopathie interstitielle diffuse (PID) vers une forme fibrosante progressive, puis à valider ces candidats chez l'homme. Ces biomarqueurs seraient d'une aide cruciale pour stratifier le risque des patients et améliorer leur prise en charge. Deux modèles précliniques murins de PID seront utilisés : Le premier repose sur des souris transgéniques Fra-2 (TgFra2), en collaboration avec le laboratoire du Pr Allanore (Institut Cochin, Paris). Ce modèle reproduit les principales atteintes de la sclérodermie systémique, notamment une PID fibrosante progressive apparaissant entre 14 et 18 semaines d'âge, associée à une aggravation des signes respiratoires, des anomalies au micro-scanner thoracique, une altération de la fonction respiratoire et des lésions histologiques caractéristiques.
Le second modèle correspond à des souris transgéniques exprimant le TNF humain 3647 (TghTNF), disponibles au laboratoire (4). Elles développent un phénotype polyarthritique responsable d'une impotence fonctionnelle progressive, entièrement contrôlable par un traitement anti-TNF (infliximab). Ces souris présentent également une atteinte pulmonaire inflammatoire non fibrosante, détectable au micro-scanner, qui s'aggrave entre 14 et 18 semaines et régresse sous infliximab.

Afin d'identifier des biomarqueurs de la PID associée à la polyarthrite rhumatoïde (PR-PID) et de sa progression vers une forme fibrosante, nous isolerons des vésicules extracellulaires murines (EVs) à partir des poumons de souris TgFra2 et TghTNF, en comparaison avec des souris témoins sauvages. Les EVs portent à leur surface une véritable « carte d'identité » reflétant la cellule dont elles sont issues et peuvent transférer divers contenus biologiques entre cellules (5). Leur composition sera étudiée par une approche multiomique globale (transcriptomique par RNA Seq, protéomique et métabolomique par RMN) en collaboration avec les plateformes de la SFR Santé de Lyon. Cette stratégie devrait permettre d'identifier des molécules spécifiques de l'inflammation et de la fibrose dont l'expression augmente au cours du temps, susceptibles de constituer des biomarqueurs prédictifs de l'évolution vers une atteinte pulmonaire fibrosante.
Pour valider si les molécules identifiées dans les EVS pulmonaires sont de potentiels biomarqueurs de l'évolution pulmonaire de la SSc ou de la PR, il faudra déterminer si les résultats obtenus sont transposables à ce qui est observable chez les patients. Nous mesurerons leur concentration par ELISA ou par la technologie ultrasensible Quanterix SiMoA (Single Molecule Array) dans les expectorations induites de patients atteints de PID au cours de la SSc ou de la PR (cohorte LYSLUNG, Hospices Civils de Lyon).

Le candidat recherché doit avoir des compétences en biologie cellulaire, biochimie et physiologie. L'esprit scientifique, l'autonomie et la curiosité sont également attendus.