Thèse Rôle des Animaux dans la Transmission de la Schistosomiase une Approche One Health H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Perpignan Via Domitia École doctorale : Energie et Environnement Laboratoire de recherche : Interactions Hôtes-Pathogènes Environnements Direction de la thèse : Jérôme BOISSIER ORCID 0000000207933108 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-08T23:59:59 La schistosomiase, ou bilharziose, est une maladie parasitaire causée par des vers du genre Schistosoma, touchant plus de 200 millions de personnes dans le monde, principalement en zones tropicales et subtropicales. La contamination survient lors du contact avec de l'eau douce infestée par des larves issues de mollusques. Les infections chroniques peuvent provoquer des atteintes graves, notamment urinaires (sang dans les urines, lésions de la vessie) ou digestives et hépatiques (diarrhées, fibrose, hypertension portale). Le traitement repose principalement sur le praziquantel, administré lors de campagnes de masse ciblant surtout les enfants, mais cette stratégie reste incomplète car elle ignore d'autres réservoirs potentiels.
L'émergence récente de formes hybrides de parasites, notamment entre Schistosoma haematobium et des espèces animales comme Schistosoma bovis, soulève des inquiétudes quant à une transmission zoonotique. Ces hybrides ont été identifiés chez l'homme et chez divers animaux (rongeurs, bovins) en Afrique et même en Europe (Corse). La présence d'animaux infectés implique deux enjeux majeurs : d'une part, ils peuvent agir comme réservoirs, compliquant les stratégies de contrôle qui doivent alors inclure les animaux et les environnements partagés ; d'autre part, ils favorisent les échanges génétiques entre parasites, augmentant leur diversité et leur capacité d'adaptation. Cette hybridation peut rendre les parasites plus infectieux ou potentiellement résistants aux traitements.
Le projet de recherche présenté s'organise en deux volets. Le premier volet vise à étudier le rôle des animaux dans la transmission. Une approche d'épidémiologie moléculaire sera menée au Bénin et au Cameroun : des parasites prélevés chez l'homme, les bovins et les rongeurs seront analysés par séquençage haut débit afin d'évaluer leur diversité génétique et les flux de gènes entre hôtes. Des échantillons d'eau seront également étudiés, et les déplacements des bovins suivis par GPS pour mieux identifier les zones de transmission. Parallèlement, différents hôtes potentiels (rongeurs et ruminants) seront exposés à diverses souches parasitaires pour tester leur compatibilité et analyser l'expression des gènes des parasites afin de décrypter les mécanismes moléculaires impliqués dans le spectre d'hôtes. Le second volet porte sur les conséquences pour la santé humaine. Il s'agit d'étudier le lien entre diversité génétique des parasites et gravité des symptômes chez les patients, ainsi que l'impact des traitements répétés sur cette diversité. Des prélèvements avant et après traitement permettront de détecter une éventuelle sélection de souches hybrides résistantes.
Ainsi, ce projet s'inscrit dans une démarche « One Health » et vise à mieux comprendre la dynamique zoonotique de la schistosomiase et à adapter les stratégies de lutte en intégrant les réservoirs animaux.
La schistosomiase, également appelée bilharziose, est une maladie provoquée par des vers plats du genre Schistosoma. Plus de 200 millions de personnes sont touchées à travers le monde, faisant de cette parasitose un véritable enjeu de santé publique, avec d'importantes répercussions sanitaires, sociales et économiques. La transmission se fait lors du contact avec de l'eau douce contaminée par des larves issues de mollusques servant d'hôtes intermédiaires ; ce sont surtout les habitants des zones rurales tropicales et subtropicales qui sont concernés. Une infection prolongée peut entraîner diverses complications selon l'espèce du parasite, telles que la présence de sang dans les urines ou des lésions de la vessie, ainsi que des troubles intestinaux ou hépatiques comme la diarrhée, les hémorragies, la fibrose hépatique et l'hypertension portale. Le principal moyen de lutte contre la schistosomiase reste l'administration de praziquantel, un médicament antihelminthique, surtout par le biais de campagnes de traitement de masse à destination des enfants scolarisés. Cependant, cette approche présente des limites, puisqu'elle néglige les autres réservoirs humains (adultes, enfants non scolarisés) et certains animaux.
Depuis l'apparition de la schistosomiase urogénitale en Corse du Sud et la découverte d'un pathogène hybride issu de parasites humains (Schistosoma haematobium) et animaux (Schistosoma bovis ou S. mattheei), des craintes de transmission zoonotique ont émergé. Ces parasites hybrides ont été détectés chez l'Homme dans plusieurs pays africains (Sénégal, Mali, Côte d'Ivoire, Bénin, Cameroun) et chez l'animal, notamment chez les rongeurs (Sénégal, Bénin) et les bovins (Malawi, Bénin). La présence d'animaux hébergeant les mêmes pathogènes que l'homme a deux principales conséquences. (i) La première est le rôle de réservoir que pourrait jouer les animaux. En effet, si l'animal abrite le même parasite que l'humain les stratégies de lutte vont devoir s'adapter à ce système multi-hôtes. Il faut donc intégrer l'animal dans les stratégies de contrôle comme traiter les animaux ou limiter les environnements aquatiques ou homme et animal peuvent se rencontrer. (i) La deuxième conséquence est plus subtile. Si les animaux sont impliqués dans la transmission ils vont favoriser les flux de gènes des parasites entre les hôtes, augmenter la diversité génétique et donc l'adaptabilité du parasite. Cette diversité génétique va également augmenter sous l'influence de l'hybridation interspécifique. En effet, lorsque le parasite humain s'hybride avec le parasite de l'animal, l'introgression génétique va augmenter la diversité génétique du pathogène. Nous avons récemment démontré que plus les schistosomes hybrides sont fréquents sur un site de transmission et plus les populations de parasites sont génétiquement diversifiées. Ce parasite génétiquement plus diversifié pourra être plus infectieux ou mieux résister aux moyens de lutte actuellement déployé comme les traitements médicamenteux. Le projet de recherche s'articule donc sur deux volets. Le premier volet vise à étudier le rôle des animaux réservoirs (rongeurs et ruminants) selon deux approches (i) l'épidémiologie moléculaire dans plusieurs sites de transmission en Afrique de l'Ouest (Bénin et Cameroun) et (ii) l'étude de la compatibilité des réservoirs et l'analyse des mécanismes moléculaires sous-jacent. Le deuxième volet va s'intéresser aux conséquences des schistosomiases zoonotiques sur la santé humaine en termes (i) de morbidité induite chez les patients infectés par des hybrides de schistosomes et (ii) de sélection de souches de parasites hybrides potentiellement résistantes au traitement.1) Rôle des animaux dans la transmission de la schistosomiase
Epidémiologie moléculaire. Des parasites issus des Hommes et des animaux (bovins et rongeurs) sont prélevés au Bénin dans le cadre de l'ANR Afzoon et au Cameroun dans le cadre du projet SCHISCAM financé par la fondation Wellcome Trust. Des analyses de génomique des populations seront effectuées après séquençage haut débit (RADseq) des parasites. Nous analyserons la diversité génétique des différentes populations de parasites ainsi que les flux de gènes de parasites entre les différentes espèces hôte. Nous prélèverons également de l'eau dans les sites de transmission. Ces sites seront définis chez les humains à partir d'enquêtes sociales réalisés par nos partenaires de l'IRD au Bénin. Concernant les animaux, les bovins en particulier, ceux-ci seront équipés de traceurs GPS solaire pour suivre leurs mouvements. Ce travail sera réalisé en partenariat avec nos collègues vétérinaires de la Liverpool School of Tropical Medecine.
Compatibilité des réservoirs et analyse des mécanismes moléculaires sous-jacent. Nous exposerons des rongeurs sauvages (Mastomys et Rattus) et des ruminants à trois souches de parasites provenant, de rongeurs, de ruminants ou d'humains (ANR Afzoon). Ces expériences qui seront réalisés au Bénin permettront d'étudier la compatibilité des différents hôtes aux différentes souches du parasite. En plus des paramètres classiques de parasitologie expérimentale, une analyse de transcriptomique globale (RNAseq) sera réalisée sur les parasites qui se seront développés dans les différentes espèces hôtes afin de déterminer les mécanismes mis en jeu dans le spectre d'hôtes.

2) Conséquence des schistosomiases zoonotiques sur la santé humaine
Diversité génétique et virulence. Des parasites issus de patients qui ont développés des formes plus ou moins graves de la maladie (i.e. Etude de cas témoins) seront prélevés et génotypés (RADseq). L'objectif sera ensuite d'établir un lien éventuel entre la diversité génétique de l'infrapopulation parasitaire et les critères de morbidité mesurés chez les patients.
Diversité génétique et traitement prophylactique. Lorsque l'on prélève des parasites sur un patient, ceux-ci sont systématiquement traités. Malheureusement pour les personnes vivant dans les zones d'endémie à la schistosomiase, ceux-ci seront rapidement réinfectés. Dans le cadre du projet SCHISCAM nous prélèveront des parasites avant et après plusieurs runs de traitement. La diversité génétique des parasites sera analysée avant et après traitement avec pour objectif d'étudier l'effet du traitement sur le pathogène et d'identifier une éventuelle résistance des parasites hybrides au traitement.
(i) Inférer le rôle des animaux (rongeurs et bovins) dans la transmission de la schistosomiase urogénitale ;
(ii) Etudier les conséquences des schistosomiases zoonotiques sur la santé humaine. Génomique des populations - Parasitologie expérimentale - Travail de terrain - Analyse transcriptomique

Master 2 en parasitologie ou sur les systèmes hôte/pathogène
Base de génétique des populations
Connaissance et pratique de données issus de séquençage haut débit
Participer aux missions de terrain en Afrique