Thèse Caractérisation de l'Immunité Anti-Avipoxvirus chez l'Outarde Houbara H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Institut National Polytechnique de Toulouse École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Laboratoire de recherche : IHAP - Laboratoire Interactions Hôtes-Agents Pathogènes Direction de la thèse : Guillaume LE LOC'H ORCID 0000000196218474 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-07-31T23:59:59 La conservation des espèces menacées repose en partie sur des programmes d'élevage conservatoire et de renforcement des populations sauvages. La captivité expose ces animaux à des risques infectieux spécifiques (densité élevée, contacts interspécifiques, interactions humaines). Les outardes houbara, africaines et asiatiques, font l'objet de tels programmes depuis plus de 30 ans, constituant un modèle pertinent pour étudier les enjeux sanitaires associés à la conservation.
Parmi les agents pathogènes affectant ces populations, les avipoxvirus représentent une menace majeure. Leur circulation est fréquente en élevage, avec une grande diversité de souches appartenant aux clades des fowlpox-like et canarypox-like virus, d'origines variées. Les infections peuvent entraîner des formes cliniques variées, parfois sévères et létales. La prophylaxie repose essentiellement sur la vaccination (utilisant des vaccins canarypox et fowlpox), mais son efficacité reste incertaine en raison des la diversité des virus et du manque d'outils permettant d'évaluer précisément les réponses immunitaires et la protection conférée.
Ce projet de thèse vise à caractériser l'immunité anti-avipoxvirus chez l'outarde houbara afin d'améliorer les stratégies de contrôle. Trois questions principales seront abordées : (i) l'identification de marqueurs génétiques de virulence des avipoxvirus, (ii) le développement d'outils pour évaluer la réponse immunitaire protectrice chez l'hôte, et (iii) l'étude de la protection croisée entre différentes souches virales.
Le programme scientifique s'articule autour de ces trois axes. Le premier consiste à analyser les relations entre génotypes viraux et pathotypes à partir de données d'élevage, incluant le séquençage complet de souches représentatives et l'identification de marqueurs de virulence. Le second axe vise à produire par isolement une banque de virus qui servira ensuite à développer des outils sérologiques, notamment des tests de séroneutralisation. Le troisième axe portera sur l'évaluation de la protection croisée via des essais vaccinaux homologues et hétérologues, combinés à des analyses immunologiques (séroneutralisation, recherche de marqueurs moléculaires tels que cytokines et interféron gamma).
Les résultats attendus incluent la cartographie des déterminants génétiques de virulence, la constitution d'une banque de souches virales, le développement d'outils d'évaluation immunitaire, et une meilleure compréhension des mécanismes de protection croisée. À terme, ces travaux permettront d'optimiser les stratégies vaccinales et de renforcer la gestion sanitaire des élevages d'outardes houbaras, tout en apportant des connaissances transférables à d'autres contextes de conservation et de contrôle des infections par les avipoxvirus. La conservation de la biodiversité est devenue une préoccupation majeure qui donne lieu à de nombreuses initiatives au niveau international, notamment le développement depuis plusieurs dizaines d'années d'élevages conservatoires d'espèces menacées. Très peu de connaissances sur les maladies de ces espèces sont disponibles et lorsqu'elles le sont, elles sont souvent issues d'individus sauvages. Or le maintien en captivité modifie profondément le risque infectieux pour ces espèces. Les contraintes inhérentes aux élevages telles que des densités élevées, des contacts plus fréquents avec l'Homme, la proximité possible avec d'autres espèces domestiques ou sauvages (...) peuvent augmenter le risque d'exposition et/ou de dissémination d'agents infectieux. Les Outardes houbara africaine et asiatique sont deux espèces faisant l'objet depuis plus de 30 ans d'efforts de conservation de leurs populations sauvages, notamment à travers le relâcher en milieu naturel d'individus nés et élevés en captivité. Ces élevages constituent des modèles intéressants pour étudier les enjeux de conservation d'espèces menacées
Parmi les agents infectieux ayant un impact majeur sur la santé des outardes houbara captives, les avipoxvirus font l'objet d'une attention particulière. Des études menées il y a une dizaine d'années au sein d'élevages ont en effet montré une circulation régulière et relativement intense de ces virus, conduisant à l'exposition à de nombreuses souches (appartenant aux deux principaux clades des fowlpox virus-like et canarypox virus-like) d'origine a priori variées (domestiques et sauvages) et à des formes cliniques variées, parfois à fort impact clinique. La prophylaxie mise en oeuvre, très coûteuse, s'appuie majoritairement sur la vaccination, historiquement à l'aide d'un vaccin canarypox et plus récemment à l'aide d'un vaccin fowlpox. Toutefois l'efficacité de cette stratégie vaccinale est mise en question au regard notamment de la diversité et la variabilité des souches auxquelles sont exposées les outardes et de la difficulté d'évaluer correctement les réponses vaccinales et les protections réelles conférées par les protocoles vaccinaux utilisés. L'objectif général du projet et d'acquérir des connaissances sur l'immunité vis-à-vis des avipoxvirus chez l'Outarde houbara. Pour répondre à cet objectif, le projet propose de répondre aux trois questions suivantes :
1. Existent-ils des marqueurs génétiques de virulences chez les avipoxvirus et quels sont-ils ?
2. Comment évaluer la réponse immunitaire (protectrice) vis-à-vis des infections par les avipoxvirus chez l'Outarde houbara ?
3. Quelle est la protection croisée conférée par l'infection/ vaccination par un avipoxvirus vis-à-vis d'autres clades d'avipoxvirus ? 1.Étude des associations pathotypes / génotypes et identification de marqueurs de virulence
-Bilan des données disponibles auprès des élevages d'outardes (historiques médicaux, prélèvements disponibles, séquences virales obtenues), identification des principaux pathotypes et sélection de cas représentatifs ;
-Génotypage complet de lots de souches représentatives de chaque pathotype ainsi que des souches vaccinales ;
-Alignement et analyses des génomes, identification de potentiels marqueurs de virulence ;
-Recherche de variants au sein des souches vaccinales.
2.Développement d'outils d'étude de la réponse immunitaire
-Isolement sur oeufs embryonnés, membrane chorioallantoïdienne et cultures cellulaires des souches représentatives de chaque pathotype précédemment sélectionnées ;
-Mise en place de test de séroneutralisation à partir de sérums issus d'outardes différemment vaccinées.
3.Étude de la protection croisée entre souches d'avipoxvirus
-Mise en place au sein d'élevages d'outardes houbara des tests vaccinaux homologues et hétérologues utilisant différents vaccins disponibles (canarypox et fowlpox) ;
-Analyse par séroneutralisation des réponses immunitaires ;
-Recherche par biologie moléculaire de marqueurs de la réponse immunitaire (cytokines, interféron gamma...)

-Les candidats doivent être titulaires d'un master, idéalement en biologie cellulaire, en microbiologie, en virologie ou dans un domaine équivalent. Une expérience de travail en biologie moléculaire ou en immunologie serait un plus. Des compétences en bio-informatique (alignement et analyse de séquence) et en statistique sont fortement souhaitées.
-Un enthousiasme pour les maladies infectieuses, la santé animale et le travail en équipe et interdisciplinaire est souhaitable.