Thèse Dégradation Enzymatique de Composés Pharmaceutiques Halogénés H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : INSA Lyon École doctorale : E2M2 - Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation Laboratoire de recherche : MAP - MICROBIOLOGIE, ADAPTATION ET PATHOGENIE Direction de la thèse : Philippe OGER ORCID 0000000162986870 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-09T23:59:59 Les médicaments prennent une place croissante au coeur des préoccupations concernant les contaminants environnementaux émergents. Parmi eux, beaucoup sont halogénés (-X), fluorés ou chlorés pour augmenter leur stabilité et leur activité biologique.
Ce projet de thèse vise à découvrir de nouvelles enzymes pour dégrader les médicaments halogénés en utilisant des approches fonctionnelles avec de nouvelles sondes de détection de la déshalogénation et des techniques de criblage de pointe. La thèse sera encadrée entre deux laboratoires aux domaines d'expertise hautement complémentaires en microbiologie, et biochimie, biologie moléculaire.
Ce projet de recherche part du principe que (1) des déshalogénases dégradant les produits pharmaceutiques existent mais ne sont souvent pas identifiables par leur séquence; (2) de nouvelles méthodes de détection impliquant une série d'analogues de substrats fluorogènes aideront à les découvrir; et (3), l'incubation en laboratoire d'échantillons environnementaux contaminés par des médicaments halogénés permettra d'enrichir les micro-organismes dégradant ces composés, en en facilitant ainsi le criblage et la découverte.
Cette thèse ciblera une sélection de médicaments halogénés couvrant une diversité de structures chimiques et de modes d'halogénation utilisés dans le développement de composés biologiquement actifs. La candidate appliquera de nouvelles sondes fluorogènes imitant des groupes fonctionnels aliphatiques et aromatiques mono- et polyhalogénés et des hôtes bactériens résistants aux halogénures en utilisant un pipeline de détection de pointe pour découvrir de nouvelles enzymes mécanistiquement diverses. En faisant progresser les connaissances sur la biodégradabilité des médicaments halogénés, cette thèse contribuera aussi au développement de nouveaux produits pharmaceutiques plus durables. Les produits halogénés ont été produits depuis plus d'un siècle pour leur propriétés de stabilité et d'activité biologique. Ils sont aujourd'hui omniprésents dans tous les domaines, de l'agriculture à l'industrie lourde, en passant par la pharmacopée. Or, comme ces molécules ont été dessinées pour avoir des propriétés de résistance accrues, elles sont accumulées dans l'environnement à des niveaux aujourd'hui très élevés. Une des approches envisagée pour un traitement doux et respectueux de l'environnement est une capture suivie d'une dégradation par voie enzymatique des ces molécules. a

Microbiologiste avec des compétences en chimie organique et en écotoxicologie